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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6puy | ||||||||||||
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タイトル | Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/DNA / integrase / intasome / transposition / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA endonuclease activity / DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
![]() | Lyumkis, D. / Jozwik, I.K. / Passos, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for strand-transfer inhibitor binding to HIV intasomes. 著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Ilona K Jóźwik / Xue Zhi Zhao / Diogo Santos-Martins / Renbin Yang / Steven J Smith / Youngmin Jeon / Stefano Forli / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / ...著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Ilona K Jóźwik / Xue Zhi Zhao / Diogo Santos-Martins / Renbin Yang / Steven J Smith / Youngmin Jeon / Stefano Forli / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Robert Craigie / Dmitry Lyumkis / ![]() 要旨: The HIV intasome is a large nucleoprotein assembly that mediates the integration of a DNA copy of the viral genome into host chromatin. Intasomes are targeted by the latest generation of ...The HIV intasome is a large nucleoprotein assembly that mediates the integration of a DNA copy of the viral genome into host chromatin. Intasomes are targeted by the latest generation of antiretroviral drugs, integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs). Challenges associated with lentiviral intasome biochemistry have hindered high-resolution structural studies of how INSTIs bind to their native drug target. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of HIV intasomes bound to the latest generation of INSTIs. These structures highlight how small changes in the integrase active site can have notable implications for drug binding and design and provide mechanistic insights into why a leading INSTI retains efficacy against a broad spectrum of drug-resistant variants. The data have implications for expanding effective treatments available for HIV-infected individuals. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 20484MC ![]() 6putC ![]() 6puwC ![]() 6puzC ![]() 6v3kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 4.4 TB Data #1: Aligned, summed and exposure weighted micrographs of HIV-1 intasome bound to compound 4d. [micrographs - single frame] Data #2: Unaligned raw movies of HIV-1 intasome bound to compound 4d [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42321.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: sso7d, sso7d-1, SSO10610 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#2: DNA鎖 | 分子量: 8188.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 7773.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 207分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/OZ1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/OZ1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-OZ1 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Assembly of HIV integrase and viral DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 37000 X / 倍率(補正後): 63291 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2024 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 80 / 利用したフレーム数/画像: 4-80 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.16_3549: ???) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 234582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138770 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 解像度: 2.8→214.508 Å / SU ML: 1.11 / 位相誤差: 59.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7002→2.7677 Å
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