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- PDB-6p5k: Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5k
タイトルStructure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3)
要素
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • IAPV-IRES
  • L14e
  • RACK1
  • eL13
  • eL15
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL23
  • eL24
  • eL27
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL35
  • eL36
  • eL37
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL41
  • eL42
  • eL43
  • eL6
  • eL8
  • eS1
  • eS10
  • eS12
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS29
  • eS30
  • eS31
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • uL1
  • uL11
  • uL13
  • uL14
  • uL15
  • uL16
  • uL18
  • uL2
  • uL22
  • uL24
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS4
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / Israeli Acute Paralysis Virus / Internal Ribosome Entry Site / IRES / Small Ribosomal Subunit / 40S / Large Ribosomal Subunit / 60S / 80S / ribosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal subunit / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage ...ribosomal subunit / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of translation / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / heparin binding / retina development in camera-type eye / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / T cell differentiation in thymus / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cell body / cytoplasmic translation / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of apoptotic process / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / translation / cell division / DNA repair / mRNA binding / centrosome / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein S19A/S15e / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ribosomal protein L19 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Acosta-Reyes, F.J. / Neupane, R. / Frank, J. / Fernandez, I.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM029169 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2019
タイトル: The Israeli acute paralysis virus IRES captures host ribosomes by mimicking a ribosomal state with hybrid tRNAs.
著者: Francisco Acosta-Reyes / Ritam Neupane / Joachim Frank / Israel S Fernández /
要旨: Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a ...Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a causing agent of CCD. This family of viruses employs non-coding RNA sequences, called internal ribosomal entry sites (IRESs), to precisely exploit the host machinery for viral protein production. Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we have characterized how the IRES of Israeli acute paralysis virus (IAPV) intergenic region captures and redirects translating ribosomes toward viral RNA messages. We reconstituted two in vitro reactions targeting a pre-translocation and a post-translocation state of the IAPV-IRES in the ribosome, allowing us to identify six structures using image processing classification methods. From these, we reconstructed the trajectory of IAPV-IRES from the early small subunit recruitment to the final post-translocated state in the ribosome. An early commitment of IRES/ribosome complexes for global pre-translocation mimicry explains the high efficiency observed for this IRES. Efforts directed toward fighting CCD by targeting the IAPV-IRES using RNA-interference technology are underway, and the structural framework presented here may assist in further refining these approaches.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20257
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
5: 28S rRNA
7: 5S rRNA
8: 5.8S rRNA
AA: uL2
AB: uL3
AC: uL4
AD: uL18
AE: eL6
AF: uL30
AG: eL8
AH: uL6
AI: uL16
AJ: uL11
AL: eL13
AM: L14e
AN: eL15
AO: uL13
AP: uL22
AQ: eL18
AR: eL19
AS: eL20
AT: eL21
AU: eL22
AV: uL14
AW: eL24
AX: eL23
AY: uL24
AZ: eL27
Aa: uL15
Ab: eL29
Ac: eL30
Ad: eL31
Ae: eL32
Af: eL33
Ag: eL34
Ah: eL35
Ai: eL36
Aj: eL37
Ak: eL38
Al: eL39
Am: eL40
An: eL41
Ao: eL42
Ap: eL43
Ar: eL28
AK: uL1
2: 18S rRNA
B: uS2
C: eS1
D: uS5
E: uS3
F: eS4
G: uS7
H: eS6
I: eS7
J: eS8
K: uS4
L: eS10
M: uS17
N: eS12
O: uS15
P: uS11
Q: uS19
R: uS9
S: eS17
T: uS13
U: eS19
V: uS10
W: eS21
X: uS8
Y: uS12
Z: eS24
a: eS25
b: eS26
c: eS27
d: eS28
e: eS29
f: eS30
g: eS31
h: RACK1
1: IAPV-IRES


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,412,01681
ポリマ－3,412,01681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 57821

#1: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1164741.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#47: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#81: RNA鎖 IAPV-IRES


分子量: 81572.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cell Free Synthesis. The RNA molecule was made in vitro
由来: (組換発現) Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
発現宿主: Synthetic construct

+
タンパク質 , 75種, 75分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAe...

#4: タンパク質 uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#5: タンパク質 uL3


分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#6: タンパク質 uL4


分子量: 44232.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#7: タンパク質 uL18


分子量: 34479.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#8: タンパク質 eL6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#9: タンパク質 uL30


分子量: 29514.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#10: タンパク質 eL8


分子量: 27655.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#11: タンパク質 uL6


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#12: タンパク質 uL16


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#13: タンパク質 uL11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#14: タンパク質 eL13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#15: タンパク質 L14e


分子量: 21950.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#16: タンパク質 eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#17: タンパク質 uL13


分子量: 23547.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#18: タンパク質 uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#19: タンパク質 eL18


分子量: 21821.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#20: タンパク質 eL19


分子量: 23480.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJR3
#21: タンパク質 eL20


分子量: 20743.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#22: タンパク質 eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#23: タンパク質 eL22


分子量: 14936.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TSG1
#24: タンパク質 uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#25: タンパク質 eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#26: タンパク質 eL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#27: タンパク質 uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#28: タンパク質 eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#29: タンパク質 uL15


分子量: 16617.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#30: タンパク質 eL29


分子量: 24931.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#31: タンパク質 eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#32: タンパク質 eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#33: タンパク質 eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#34: タンパク質 eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#35: タンパク質 eL34


分子量: 14210.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#36: タンパク質 eL35


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#37: タンパク質 eL36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#38: タンパク質 eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#39: タンパク質 eL38


分子量: 8272.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#40: タンパク質 eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#41: タンパク質 eL40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#43: タンパク質 eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U344
#44: タンパク質 eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#45: タンパク質 eL28


分子量: 15783.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#46: タンパク質 uL1


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8
#48: タンパク質 uS2


分子量: 33003.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#49: タンパク質 eS1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#50: タンパク質 uS5


分子量: 27485.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#51: タンパク質 uS3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#52: タンパク質 eS4


分子量: 29658.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#53: タンパク質 uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#54: タンパク質 eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#55: タンパク質 eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#56: タンパク質 eS8


分子量: 24134.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#57: タンパク質 uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#58: タンパク質 eS10


分子量: 17156.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#59: タンパク質 uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#60: タンパク質 eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#61: タンパク質 uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#62: タンパク質 uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U472
#63: タンパク質 uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#64: タンパク質 uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#65: タンパク質 eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#66: タンパク質 uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#67: タンパク質 eS19


分子量: 16235.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#68: タンパク質 uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#69: タンパク質 eS21


分子量: 9043.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#70: タンパク質 uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#71: タンパク質 uS12


分子量: 15784.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#72: タンパク質 eS24


分子量: 15548.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#73: タンパク質 eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#74: タンパク質 eS26


分子量: 12961.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFE8
#75: タンパク質 eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#76: タンパク質 eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#77: タンパク質 eS29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#78: タンパク質 eS30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#79: タンパク質 eS31


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#80: タンパク質 RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 An

#42: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2100 mMKCl1
38 mMMgCl21
42 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Ribosomal complexes for the pre-translocated state were assembled at 240-390 nM concentration and applied to plasma treated holey carbon or holey gold grids.
試料支持詳細: Plasma cleaning for both holey carbon and holey gold grids was done on a Gatan Solarus with Hydrogen (6.4 sccm gas flow) and Oxygen (27.5 sccm gas flow) and 10 W cleaning power.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Blot force = 3s Wait time = 15s Drain time = 0s Blot time = 2.5 to 3 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 42.09 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1240275
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68697 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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