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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ilp | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full Echovirus 6 particle at PH 7.4 | ||||||
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![]() | VIRUS / Echovirus 6 / Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #20 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / SPHINGOSINE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Gao, G.F. / Liu, S. / Zhao, X. / Peng, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human Neonatal Fc Receptor Is the Cellular Uncoating Receptor for Enterovirus B. 著者: Xin Zhao / Guigen Zhang / Sheng Liu / Xiangpeng Chen / Ruchao Peng / Lianpan Dai / Xiao Qu / Shihua Li / Hao Song / Zhengrong Gao / Pengfei Yuan / Zhiheng Liu / Changyao Li / Zifang Shang / ...著者: Xin Zhao / Guigen Zhang / Sheng Liu / Xiangpeng Chen / Ruchao Peng / Lianpan Dai / Xiao Qu / Shihua Li / Hao Song / Zhengrong Gao / Pengfei Yuan / Zhiheng Liu / Changyao Li / Zifang Shang / Yan Li / Meifan Zhang / Jianxun Qi / Han Wang / Ning Du / Yan Wu / Yuhai Bi / Shan Gao / Yi Shi / Jinghua Yan / Yong Zhang / Zhengde Xie / Wensheng Wei / George F Gao / ![]() 要旨: Enterovirus B (EV-B), a major proportion of the genus Enterovirus in the family Picornaviridae, is the causative agent of severe human infectious diseases. Although cellular receptors for ...Enterovirus B (EV-B), a major proportion of the genus Enterovirus in the family Picornaviridae, is the causative agent of severe human infectious diseases. Although cellular receptors for coxsackievirus B in EV-B have been identified, receptors mediating virus entry, especially the uncoating process of echovirus and other EV-B remain obscure. Here, we found that human neonatal Fc receptor (FcRn) is the uncoating receptor for major EV-B. FcRn binds to the virus particles in the "canyon" through its FCGRT subunit. By obtaining multiple cryo-electron microscopy structures at different stages of virus entry at atomic or near-atomic resolution, we deciphered the underlying mechanisms of enterovirus attachment and uncoating. These structures revealed that different from the attachment receptor CD55, binding of FcRn to the virions induces efficient release of "pocket factor" under acidic conditions and initiates the conformational changes in viral particle, providing a structural basis for understanding the mechanisms of enterovirus entry. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9690MC ![]() 9684C ![]() 9685C ![]() 9686C ![]() 9687C ![]() 9688C ![]() 9689C ![]() 6iljC ![]() 6ilkC ![]() 6illC ![]() 6ilmC ![]() 6ilnC ![]() 6iloC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31364.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28064.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26378.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7325.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: 化合物 | ChemComp-SPH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Echovirus E6 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 5.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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画像処理 | 詳細: Cryo-EM structure of full Echovirus 6 particle at PH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45346 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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