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- PDB-6fuw: Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fuw
タイトルCryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
  • pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
キーワードRNA BINDING PROTEIN / 3' pre-mRNA processing / polyadenylation / CPSF / beta propeller / AAUAAA
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / DNA damage tolerance ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / DNA damage tolerance / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) ...Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Zinc finger C3H1-type profile. / : / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified adenovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Clerici, M. / Faini, M. / Jinek, M.
資金援助 ベルギー, ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-StG-337284 ベルギー
European Molecular Biology OrganizationEMBO ALTF-343-2013 ドイツ
European Research CouncilERC Advanced Grants no. 233226 and no. 670821 ベルギー
European UnionPROSPECTS, HEALTH-F4-2008-201648 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural basis of AAUAAA polyadenylation signal recognition by the human CPSF complex.
著者: Marcello Clerici / Marco Faini / Lena M Muckenfuss / Ruedi Aebersold / Martin Jinek /
要旨: Mammalian mRNA biogenesis requires specific recognition of a hexanucleotide AAUAAA motif in the polyadenylation signals (PAS) of precursor mRNA (pre-mRNA) transcripts by the cleavage and ...Mammalian mRNA biogenesis requires specific recognition of a hexanucleotide AAUAAA motif in the polyadenylation signals (PAS) of precursor mRNA (pre-mRNA) transcripts by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) complex. Here we present a 3.1-Å-resolution cryo-EM structure of a core CPSF module bound to the PAS hexamer motif. The structure reveals the molecular interactions responsible for base-specific recognition, providing a rationale for mechanistic differences between mammalian and yeast 3' polyadenylation.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年3月21日ID: 6FBS
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22023年2月22日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4225
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
B: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,6477
ポリマ－232,4504
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14140 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area66850 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 160 kDa subunit / CPSF 160 kDa subunit


分子量: 161346.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF1, CPSF160
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q10570
#2: タンパク質 pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / WD repeat-containing protein 33 / WD repeat-containing protein WDC146


分子量: 47448.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR33, WDC146
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9C0J8
#3: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector domain-binding protein 1 / Neb-1 / No arches homolog


分子量: 20422.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: O95639
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3232.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimer bound to the AAUAAA motif of the Polyadenylation SignalCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Human CPSF160-WDR33-CPSF30 heterotrimerCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3AAUAAA motif of the Polyadenylation SignalCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.22 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33unidentified adenovirus (ウイルス)10535
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)1491790
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1140 mMPotassium ChlorideKCl1
220 mMHEPESHEPES1
31 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: 15 seconds wait time prior to blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 47259 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1070
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1b1_cu8.0粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION2.1b1_cu8.0CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
9PHENIX1.12-2829モデル精密化
10RELION2.1b1_cu8.0初期オイラー角割当
11RELION2.1b1_cu8.0最終オイラー角割当
12RELION2.1b1_cu8.0分類
13RELION2.1b1_cu8.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 263000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refine
原子モデル構築PDB-ID: 6F9N

6f9n


Accession code: 6F9N / 詳細: fitted manually in Coot / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.07 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0113762
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96818688
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8268173
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0582081
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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