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- PDB-6fti: Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fti
タイトルCryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 6
  • (Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 3
  • (Protein transport protein Sec61 subunit ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 10
  • (uL14) x 2
  • 28S rRNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • DAD1
  • OST48
  • Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
  • RPN1
  • TMEM258
  • Unidentified TM
  • eL13
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL28
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL42
  • eL8
  • p-Site tRNA
  • uL13
  • uL15
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL6
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Protein translocon of the endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / oligosaccharyltransferase complex / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / cotranslational protein targeting to membrane ...: / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / oligosaccharyltransferase complex / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / protein glycosylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / rough endoplasmic reticulum / maturation of LSU-rRNA / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / post-translational protein modification / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of translation / cellular response to gamma radiation / phospholipid binding / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / retina development in camera-type eye / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / AglB core domain / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Protein transport Sec61-beta/Sbh ...Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / AglB core domain / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UB / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / Large ribosomal subunit protein eL24 ...Chem-9UB / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta / Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Braunger, K. / Becker, T. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
European Research CouncilCRYOTRANSLATION ドイツ
German Research FoundationSFB646 ドイツ
Center for Integrated Protein Science Munich ドイツ
Boehringer Ingelheim FondsPhD Fellowship ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structural basis for coupling protein transport and N-glycosylation at the mammalian endoplasmic reticulum.
著者: Katharina Braunger / Stefan Pfeffer / Shiteshu Shrimal / Reid Gilmore / Otto Berninghausen / Elisabet C Mandon / Thomas Becker / Friedrich Förster / Roland Beckmann /
要旨: Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and ...Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and oligosaccharyltransferase (OST). Here we used different cryo-electron microscopy approaches to determine structures of native and solubilized ribosome-Sec61-OST complexes. A molecular model for the catalytic OST subunit STT3A (staurosporine and temperature sensitive 3A) revealed how it is integrated into the OST and how STT3-paralog specificity for translocon-associated OST is achieved. The OST subunit DC2 was placed at the interface between Sec61 and STT3A, where it acts as a versatile module for recruitment of STT3A-containing OST to the ribosome-Sec61 complex. This detailed structural view on the molecular architecture of the cotranslational machinery for N-glycosylation provides the basis for a mechanistic understanding of glycoprotein biogenesis at the endoplasmic reticulum.
履歴
登録2018年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 2.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 2.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / em_entity_assembly / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4316
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4316
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uL2
B: uL3
C: Ribosomal protein L4
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6
F: uL30
G: eL8
H: uL6
I: Ribosomal protein L10 (Predicted)
J: Ribosomal protein L11
L: eL13
M: Ribosomal protein L14
N: Ribosomal protein L15
O: uL13
P: uL22
Q: uL14
R: eL19
S: eL20
T: eL21
U: eL22
V: uL14
W: Ribosomal protein L24
X: uL23
Y: Ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
a: uL15
b: 60S ribosomal protein L29
c: eL30
d: eL31
e: eL32
f: eL33
g: eL34
h: uL29
i: 60S ribosomal protein L36
j: Ribosomal protein L37
k: eL38
l: eL39
m: eL40
n: 60s ribosomal protein l41
o: eL42
p: Ribosomal protein L37a
r: eL28
s: 60S acidic ribosomal protein P0
t: Ribosomal protein L12
q: p-Site tRNA
u: 28S rRNA
v: 5S ribosomal RNA
w: 5.8S ribosomal RNA
x: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
y: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
z: Protein transport protein Sec61 subunit beta
1: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1,RPN1
2: TMEM258
3: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
4: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4
5: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A
6: DAD1
7: OST48
8: RPN1
0: Unidentified TM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,289,696226
ポリマ－2,283,45560
非ポリマー6,240166
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 31種, 31分子 ABFGHLOPQRSTUVXacdefghkmors2368

#1: タンパク質 uL2


分子量: 26570.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#2: タンパク質 uL3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#6: タンパク質 uL30


分子量: 26662.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#7: タンパク質 eL8


分子量: 27480.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#8: タンパク質 uL6


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#11: タンパク質 eL13


分子量: 24216.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#14: タンパク質 uL13


分子量: 23248.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#15: タンパク質 uL22


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#16: タンパク質 uL14


分子量: 21457.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#17: タンパク質 eL19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#18: タンパク質 eL20


分子量: 20696.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#19: タンパク質 eL21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#20: タンパク質 eL22


分子量: 11481.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: タンパク質 uL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#23: タンパク質 uL23


分子量: 13856.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#26: タンパク質 uL15


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#28: タンパク質 eL30


分子量: 10496.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#29: タンパク質 eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#30: タンパク質 eL32


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUN8
#31: タンパク質 eL33


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#32: タンパク質 eL34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#33: タンパク質 uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#36: タンパク質 eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#38: タンパク質 eL40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#40: タンパク質 eL42


分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#42: タンパク質 eL28


分子量: 15652.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#43: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 21747.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U6N2
#53: タンパク質 TMEM258


分子量: 4282.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
#54: タンパク質 Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC


分子量: 13375.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P86218
#57: タンパク質 DAD1


分子量: 9294.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
#59: タンパク質 RPN1


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)

-
Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 CIJMNWYjpt

#3: タンパク質 Ribosomal protein L4


分子量: 41115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#9: タンパク質 Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#10: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#12: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#13: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#22: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 7512.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#24: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#35: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#41: タンパク質 Ribosomal protein L37a


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#44: タンパク質 Ribosomal protein L12


分子量: 17689.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7

-
60S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 DEZbin

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34006.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 28529.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG04
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8706.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN82
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#39: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41


分子量: 3213.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 l70

#37: タンパク質・ペプチド eL39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYU7
#58: タンパク質・ペプチド OST48


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
#60: タンパク質・ペプチド Unidentified TM


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 quvw

#45: RNA鎖 p-Site tRNA


分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#47: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#48: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 xyz

#49: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Sec61 alpha-1


分子量: 50758.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 組織: pankreas / 参照: UniProt: P38377
#50: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit gamma


分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 組織: pankreas / 参照: UniProt: P60058
#51: タンパク質・ペプチド Protein transport protein Sec61 subunit beta


分子量: 3265.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 組織: pankreas / 参照: UniProt: P60467

-
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 3種, 3分子 145

#52: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1,RPN1 / Ribophorin I / RPN-I / Ribophorin-1


分子量: 12552.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: E2RQ08
#55: タンパク質・ペプチド Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4


分子量: 3809.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
#56: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A / STT3-A


分子量: 80657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ)
参照: UniProt: F1PJP5, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase

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糖 , 1種, 1分子

#61: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 165分子

#62: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#63: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#64: 化合物 ChemComp-9UB / [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid


分子量: 651.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H51NO11P2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Mammalian Oligosaccharyltransferase in complex with Sec61 and the 80S RibosomeCOMPLEXMap obtained after refinement with a mask on the membrane components#1-#600MULTIPLE SOURCES
260S Ribosomal SubunitCOMPLEX#1-#481NATURAL
3Sec61 protein conducting channelCOMPLEX#49-#511NATURAL
4OligosaccharyltransferaseCOMPLEX#52-#601NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Canis lupus familiaris (イヌ)9615
34Canis lupus familiaris (イヌ)9615
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188900 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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