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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b40 | |||||||||
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タイトル | BbRAGL-3'TIR synaptic complex with nicked DNA refined with C2 symmetry | |||||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION / DNA transposase / DNA cut and paste transposition / DDE family RNase H fold DNA transposase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-stranded DNA endonuclease activity / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / pre-B cell allelic exclusion / V(D)J recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus ...double-stranded DNA endonuclease activity / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / pre-B cell allelic exclusion / V(D)J recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Cheng, T.C. / Xiong, Y. / Schatz, D.G. | |||||||||
資金援助 | 米国, Romania, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Transposon molecular domestication and the evolution of the RAG recombinase. 著者: Yuhang Zhang / Tat Cheung Cheng / Guangrui Huang / Qingyi Lu / Marius D Surleac / Jeffrey D Mandell / Pierre Pontarotti / Andrei J Petrescu / Anlong Xu / Yong Xiong / David G Schatz / 要旨: Domestication of a transposon (a DNA sequence that can change its position in a genome) to give rise to the RAG1-RAG2 recombinase (RAG) and V(D)J recombination, which produces the diverse repertoire ...Domestication of a transposon (a DNA sequence that can change its position in a genome) to give rise to the RAG1-RAG2 recombinase (RAG) and V(D)J recombination, which produces the diverse repertoire of antibodies and T cell receptors, was a pivotal event in the evolution of the adaptive immune system of jawed vertebrates. The evolutionary adaptations that transformed the ancestral RAG transposase into a RAG recombinase with appropriately regulated DNA cleavage and transposition activities are not understood. Here, beginning with cryo-electron microscopy structures of the amphioxus ProtoRAG transposase (an evolutionary relative of RAG), we identify amino acid residues and domains the acquisition or loss of which underpins the propensity of RAG for coupled cleavage, its preference for asymmetric DNA substrates and its inability to perform transposition in cells. In particular, we identify two adaptations specific to jawed-vertebrates-arginine 848 in RAG1 and an acidic region in RAG2-that together suppress RAG-mediated transposition more than 1,000-fold. Our findings reveal a two-tiered mechanism for the suppression of RAG-mediated transposition, illuminate the evolution of V(D)J recombination and provide insight into the principles that govern the molecular domestication of transposons. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b40.cif.gz | 374.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b40.ent.gz | 277.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b40_validation.pdf.gz | 983.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b40_full_validation.pdf.gz | 1004.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6b40_validation.xml.gz | 55 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b40_validation.cif.gz | 82.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AEMN
#1: タンパク質 | 分子量: 74440.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) 遺伝子: RAG1L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A185KID9 #5: タンパク質 | 分子量: 39509.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) 遺伝子: RAG2L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A185KIE0 |
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-DNA鎖 , 1種, 2分子 BF
#2: DNA鎖 | 分子量: 19218.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) |
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-31TIR pre-nicked strand of ... , 2種, 4分子 CGDH
#3: DNA鎖 | 分子量: 14357.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) #4: DNA鎖 | 分子量: 4601.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) |
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-非ポリマー , 2種, 4分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BbRAGL-31TIR synaptic complex with nicked DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Branchiostoma belcheri (ナメクジウオ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4429 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 496221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 350143 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |