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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lzt | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian ribosomal termination complex with eRF1 and eRF3. | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Translation / Elongation | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity ...translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exit from mitosis / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / Protein hydroxylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / spindle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA 5'-UTR binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / retina development in camera-type eye / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to Gram-negative bacterium / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / killing of cells of another organism / cytoplasmic translation / tRNA binding / cell differentiation / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / centrosome / dendrite / synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||||||||
![]() | Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes. 著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity. #1: ![]() タイトル: Decoding mammalian ribosome-mRNA states by translational GTPase complexes 著者: Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S. | ||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 365.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 630 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4131MC ![]() 4129C ![]() 4130C ![]() 4132C ![]() 4133C ![]() 4134C ![]() 4135C ![]() 4136C ![]() 4137C ![]() 5lzsC ![]() 5lzuC ![]() 5lzvC ![]() 5lzwC ![]() 5lzxC ![]() 5lzyC ![]() 5lzzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 78種, 78分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 n1
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#45: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1788.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 7種, 7分子 235789hh
#46: RNA鎖 | 分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#47: RNA鎖 | 分子量: 24102.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: RNA鎖 | 分子量: 1148115.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: RNA鎖 | 分子量: 602778.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#85: RNA鎖 | 分子量: 4753.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 291分子 




#88: 化合物 | ChemComp-MG / #89: 化合物 | ChemComp-ZN / #90: 化合物 | ChemComp-GCP / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstituted with eRF1 and eRF3. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 104478 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 2611 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 16 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 211664 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61752 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 63.3 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSCaverage | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.65→300.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / SU B: 28.364 / SU ML: 0.425 / ESU R: 1.362 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.613 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 222676 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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