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万見
- EMDB-2624: Recognition intermediate of Regulation of the mammalian elongatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2624
タイトルRecognition intermediate of Regulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement
マップデータreconstruction of codon-recognition / GTPase activation state of 80S ribosome
試料
  • 試料: Codon recognition /GTPase activated state of mammalian 80S ribosome
  • 複合体: Re-associated 80S
  • RNA: transfer RNA
  • RNA: transfer RNA
  • RNA: transfer RNA
  • RNA: messenger RNA
  • タンパク質・ペプチド: elongation factor 1A
キーワードtranslation / mammalian 80S ribosome / elongation cycle / tRNA selection / eukaryotic ternary complex / elongation factor eEF1A / cryo-electron microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl nucleotide binding / positive regulation by host of viral genome replication / kinase activator activity / protein-synthesizing GTPase / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cortical actin cytoskeleton / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Protein hydroxylation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery ...guanyl nucleotide binding / positive regulation by host of viral genome replication / kinase activator activity / protein-synthesizing GTPase / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cortical actin cytoskeleton / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Protein hydroxylation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation elongation factor activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / rough endoplasmic reticulum / cytosolic ribosome / stress granule assembly / cellular response to epidermal growth factor stimulus / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ruffle membrane / ribosomal small subunit biogenesis / cytosolic small ribosomal subunit / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / tRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / synapse / protein kinase binding / GTP binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal ...Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12 / Elongation factor 1-alpha 1 / Elongation factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Budkevich TV / Giesebrecht J / Behrmann E / Loerke J / Ramrath D / Mielke T / Ismer J / Hildebrand P / Tung C-S / Nierhaus KH ...Budkevich TV / Giesebrecht J / Behrmann E / Loerke J / Ramrath D / Mielke T / Ismer J / Hildebrand P / Tung C-S / Nierhaus KH / Sanbonmatsu KY / Spahn CMT
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Regulation of the mammalian elongation cycle by subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement.
著者: Tatyana V Budkevich / Jan Giesebrecht / Elmar Behrmann / Justus Loerke / David J F Ramrath / Thorsten Mielke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Chang-Shung Tung / Knud H Nierhaus / Karissa ...著者: Tatyana V Budkevich / Jan Giesebrecht / Elmar Behrmann / Justus Loerke / David J F Ramrath / Thorsten Mielke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Chang-Shung Tung / Knud H Nierhaus / Karissa Y Sanbonmatsu / Christian M T Spahn /
要旨: The extent to which bacterial ribosomes and the significantly larger eukaryotic ribosomes share the same mechanisms of ribosomal elongation is unknown. Here, we present subnanometer resolution ...The extent to which bacterial ribosomes and the significantly larger eukaryotic ribosomes share the same mechanisms of ribosomal elongation is unknown. Here, we present subnanometer resolution cryoelectron microscopy maps of the mammalian 80S ribosome in the posttranslocational state and in complex with the eukaryotic eEF1A⋅Val-tRNA⋅GMPPNP ternary complex, revealing significant differences in the elongation mechanism between bacteria and mammals. Surprisingly, and in contrast to bacterial ribosomes, a rotation of the small subunit around its long axis and orthogonal to the well-known intersubunit rotation distinguishes the posttranslocational state from the classical pretranslocational state ribosome. We term this motion "subunit rolling." Correspondingly, a mammalian decoding complex visualized in substates before and after codon recognition reveals structural distinctions from the bacterial system. These findings suggest how codon recognition leads to GTPase activation in the mammalian system and demonstrate that in mammalia subunit rolling occurs during tRNA selection.
履歴
登録2014年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月16日-
マップ公開2014年7月9日-
更新2014年7月16日-
現状2014年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4cxh
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4cxh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2624_500...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of codon-recognition / GTPase activation state of 80S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.26 Å/pix.
x 360 pix.
= 453.6 Å		1.26 Å/pix.
x 360 pix.
= 453.6 Å		1.26 Å/pix.
x 360 pix.
= 453.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.26 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-5.81728458 - 14.470520970000001
平均 (標準偏差)0.22896801 (±0.95430303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin180180180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.261.261.26
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z453.600453.600453.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS180180180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-5.81714.4710.229

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Codon recognition /GTPase activated state of mammalian 80S ribosome

全体名称: Codon recognition /GTPase activated state of mammalian 80S ribosome
要素
  • 試料: Codon recognition /GTPase activated state of mammalian 80S ribosome
  • 複合体: Re-associated 80S
  • RNA: transfer RNA
  • RNA: transfer RNA
  • RNA: transfer RNA
  • RNA: messenger RNA
  • タンパク質・ペプチド: elongation factor 1A

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超分子 #1000: Codon recognition /GTPase activated state of mammalian 80S ribosome

超分子名称: Codon recognition /GTPase activated state of mammalian 80S ribosome
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: 80S were re-associated and the sample was assembled in vitro from individual components
集合状態: one 80S binds three tRNAs, one elongation factor eEF1A and one mRNA
Number unique components: 6
分子量理論値: 4.5 MDa

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超分子 #1: Re-associated 80S

超分子名称: Re-associated 80S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Liver
分子量理論値: 4.5 MDa

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分子 #1: transfer RNA

分子名称: transfer RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: tRNA / 詳細: tRNAPhe / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit
分子量理論値: 25 KDa

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分子 #2: transfer RNA

分子名称: transfer RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit
分子量理論値: 25 KDa

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分子 #3: transfer RNA

分子名称: transfer RNA / タイプ: rna / ID: 3 / Name.synonym: tRNA / 詳細: Val-tRNAVal / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit
分子量理論値: 25 KDa

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分子 #5: messenger RNA

分子名称: messenger RNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL-1 blue
分子量理論値: 15 KDa
配列文字列:
GGGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAUGUUCGUU AAAGAAAAGA AAAGAAAU

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分子 #4: elongation factor 1A

分子名称: elongation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: eEF1A / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Liver
分子量理論値: 50 KDa
配列UniProtKB: Elongation factor 1-alpha 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Hepes, 5 mM MgCl2, 100 mM NH4Cl, 6 mM beta-mercaptoethanol, 0.8 mM spermidine, 0.6 mM spermine
グリッド詳細: Quantifoil grids with additional continuous carbon support.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: blot for 2/4 sec before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
詳細minimal dose system
日付2008年9月22日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 230 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 65520 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using SIGNATURE and processed using SPIDER and SPARX.
CTF補正詳細: defocus group
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Sparx / 使用した粒子像数: 52686

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3vmf


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-4cxh:
Regulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2xqd
PDB 未公開エントリ


Chain - Chain ID: Y
ソフトウェア名称: Chimera, Coot
詳細Acceptor stem loop (2XQD) and tRNA body (1TTT) (cutting points 26-27, 43-44) were docked separately as rigid bodies. Cutting points were restored using Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-4cxh:
Regulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1ttt


Chain - Chain ID: D
ソフトウェア名称: Chimera, Coot
詳細Acceptor stem loop (2XQD) and tRNA body (1TTT) (cutting points 26-27, 43-44) were docked separately as rigid bodies. Cutting points were restored using Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-4cxh:
Regulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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