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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k7o | ||||||
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タイトル | MicroED structure of lysozyme at 1.8 A resolution | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | de la Cruz, M.J. / Hattne, J. / Shi, D. / Seidler, P. / Rodriguez, J. / Reyes, F.E. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Gonen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED. 著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen / 要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k7o.cif.gz | 38 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k7o.ent.gz | 26.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k7o_validation.pdf.gz | 779 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5k7o_full_validation.pdf.gz | 778.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k7o_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k7o_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8217MC 8216C 8218C 8219C 8220C 8221C 8222C 8472C 5k7nC 5k7pC 5k7qC 5k7rC 5k7sC 5k7tC 5ty4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/285 / データの種類: diffraction image data / 詳細: SB Data Grid |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lysozyme / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.014386 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 4.7 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 | ||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION | ||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN | ||||||||||||||||||||||||
撮影 | 平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 0.004 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) Num. of diffraction images: 1058 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1058 | ||||||||||||||||||||||||
画像スキャン | サンプリングサイズ: 0.0311999992 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 1500 mm | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 シェル | 解像度: 1.8→2.06 Å / フーリエ空間範囲: 91.8 % / 多重度: 1.8 / 構造因子数: 3170 / 位相残差: 46.4 ° | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 82.5 % / 再高解像度: 1.5 Å / 測定した強度の数: 100693 / 構造因子数: 14955 / 位相誤差: 29.91 ° / 位相残差: 47.6 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.618 / Rsym: 0.618 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→30.58 Å / Num. all: 100693 / Num. obs: 14955 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Rpim(I) all: 0.26 / Net I/σ(I): 2.7 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.10_2155: ???) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 76.1 Å / B: 76.1 Å / C: 36.8 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J6K PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 1-129 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.8→30.584 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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