+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f14 | ||||||
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Title | Structure of native hen egg-white lysozyme | ||||||
Components | Lysozyme C | ||||||
Keywords | HYDROLASE / lysozyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.148 Å | ||||||
Authors | McGlone, C. / Nix, J.C. / Page, R.C. | ||||||
Citation | Journal: Biomacromolecules / Year: 2016 Title: Investigating the Impact of Polymer Functional Groups on the Stability and Activity of Lysozyme-Polymer Conjugates. Authors: Lucius, M. / Falatach, R. / McGlone, C. / Makaroff, K. / Danielson, A. / Williams, C. / Nix, J.C. / Konkolewicz, D. / Page, R.C. / Berberich, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f14.cif.gz | 77.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f14.ent.gz | 56.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f14.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f14 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5f16C 1ieeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14331.160 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Gallus gallus (chicken) / Tissue: egg-white / References: UniProt: P00698, lysozyme | ||
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#2: Chemical | ChemComp-NA / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: 10% (w/v) sodium chloride, 0.1M sodium acetate / PH range: 4.4-4.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Jul 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.148→55.73 Å / Num. obs: 40396 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 25.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.15→1.21 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4314 / % possible all: 72.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IEE Resolution: 1.148→55.73 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.148→55.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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