+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3exd | ||||||
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Title | Sulfur-SAD phased HEWL Crystal | ||||||
Components | Lysozyme C | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HEWL / Sulfur / SAD phasing / Allergen / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.49 Å | ||||||
Authors | Nascimento, A.S. / Liberato, M.V. / Polikarpov, I. | ||||||
Citation | Journal: J.Synchrotron Radiat. / Year: 2009 Title: The MX2 macromolecular crystallography beamline: a wiggler X-ray source at the LNLS. Authors: Guimaraes, B.G. / Sanfelici, L. / Neuenschwander, R.T. / Rodrigues, F. / Grizolli, W.C. / Raulik, M.A. / Piton, J.R. / Meyer, B.C. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3exd.cif.gz | 66.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3exd.ent.gz | 50.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3exd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3exd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3exd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14331.160 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Gallus gallus (chicken) / References: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 100MM SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.46 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2008 / Details: Si monochromator |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.46 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.35→30.76 Å / Num. all: 26074 / Num. obs: 25761 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 24.5 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 31.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.35→1.42 Å / Redundancy: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3431 / Rsym value: 0.719 / % possible all: 92.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.49→7.989 Å / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.19 / σ(I): 0.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99.112 Å2 / ksol: 0.532 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.49→7.989 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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