PDB-3exd: Sulfur-SAD phased HEWL Crystal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3exd

タイトル

Sulfur-SAD phased HEWL Crystal

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / HEWL / Sulfur / SAD phasing / Allergen / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Nascimento, A.S. / Liberato, M.V. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2009
タイトル: The MX2 macromolecular crystallography beamline: a wiggler X-ray source at the LNLS.
著者: Guimaraes, B.G. / Sanfelici, L. / Neuenschwander, R.T. / Rodrigues, F. / Grizolli, W.C. / Raulik, M.A. / Piton, J.R. / Meyer, B.C. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2008年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3exd.cif.gz	67.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3exd.ent.gz	50.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3exd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3exd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3exd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3atn-d 6f1p-d 5tk0-d 2xbr-d 5lyt-d 5ole-d 4h8y-d 1bwj-d 2xbs-d 4owa-1 4xji-d 1lsf-d 5kj9-d 2bly-d 3tmx-d 6frq-d 1lsa-d 1lz9-d 2w1m-d 2d4k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.682, 78.682, 36.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-152- HOH
2	1	A-230- HOH
3	1	A-251- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100MM SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 / 詳細: Si monochromator
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→30.76 Å / Num. all: 26074 / Num. obs: 25761 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 24.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 31.1
反射シェル	解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3431 / R_sym value: 0.719 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.49→7.989 Å / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.19 / σ(I): 0.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1836	1926	10 %	RANDOM
R_work	0.1632	-	-	-
obs	0.1652	19252	99.53 %	-
all	-	19343	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 99.112 Å² / k_sol: 0.532 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→7.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1005	0	0	233	1238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.5271	0.2023	133	0.1609	1203	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5271-1.5681	0.1725	133	0.1615	1194	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5681-1.6139	0.1911	135	0.1534	1220	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6139-1.6655	0.1628	134	0.1455	1205	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6655-1.7245	0.1987	135	0.1525	1208	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7245-1.7928	0.192	136	0.153	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7928-1.8734	0.1934	136	0.1525	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8734-1.9707	0.1764	138	0.1498	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9707-2.0921	0.1973	137	0.1534	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0921-2.2503	0.1835	138	0.1553	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2503-2.4707	0.1822	140	0.1566	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4707-2.8144	0.1826	139	0.1689	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8144-3.4957	0.1641	142	0.1568	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4957-7.989	0.1739	150	0.1646	1345	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2536	0.3988	-0.294	0.3002	-0.2643	0.667	0.0063	0.1562	0.0032	-0.0578	-0.045	-0.2666	-0.0455	0.0979	0.0001	0.133	-0.0075	0.0302	0.1954	0.0133	0.1824	45.3675	22.3753	8.6845
2	0.5738	-0.1014	-0.1098	0.437	0.5222	0.4039	-0.1812	0.3213	0.143	0.2607	0.2129	-0.6516	-0.4128	0.3969	0.0018	0.1286	-0.0095	-0.0173	0.2091	0.0237	0.2068	51.6242	19.2364	19.8682
3	0.5846	0.2004	-0.3861	0.6247	0.1767	0.6294	0.0532	0.0279	-0.0284	-0.0194	-0.0463	-0.0413	0.0266	0.0621	-0.0002	0.0948	0.0063	0.0142	0.1088	-0.0051	0.1267	41.2366	15.6269	13.6212
4	0.5753	-0.2909	0.3162	1.1435	0.6731	0.7359	-0.0037	-0.0243	0.0128	0.2039	0.0515	0.098	0.2855	-0.0206	0	0.1272	0.0037	0.0319	0.1246	0.0223	0.1183	29.586	21.2967	20.7247
5	0.4158	-0.0938	-0.0195	0.4602	0.306	0.3588	-0.3096	-0.5729	-0.0341	0.3995	0.2848	0.284	0.3196	-0.0911	0.0013	0.2151	0.0389	0.0248	0.2052	0.0174	0.1684	31.383	23.4237	29.4998
6	1.568	-0.7346	0.8019	1.4607	0.6106	0.5817	-0.1105	-0.2092	0.197	0.1578	0.1008	-0.1616	-0.073	-0.0195	0.0001	0.1384	0.0071	-0.0062	0.1376	-0.0011	0.1578	38.4804	26.5628	25.2082
7	0.657	-0.2768	-0.0318	0.3325	-0.0317	0.296	-0.0638	-0.2758	0.106	0.2849	0.051	-0.0244	-0.0222	-0.074	-0.0002	0.1659	0.013	0.0002	0.153	-0.003	0.1665	42.0888	13.3561	26.5502
8	0.5822	0.2479	1.2306	0.92	-0.0648	0.4242	0.0391	-0.1403	0.1109	-0.1582	-0.0632	-0.015	0.271	-0.0804	0.0001	0.1166	-0.0101	0.0006	0.1454	-0.0148	0.1423	39.1203	6.2798	16.2047
9	0.0267	0.2074	-0.0533	0.092	-0.054	0.1317	-0.0553	0.3915	-0.1357	-0.0458	-0.0234	-0.5491	0.6537	0.4658	-0.0001	0.139	0.0334	0.0163	0.1739	-0.0348	0.1736	46.9589	10.1871	7.9697
10	0.1236	-0.2219	-0.0933	0.1215	-0.3061	-0.0813	-0.0816	0.7942	-0.4653	-0.1339	0.1691	-1.1432	0.3798	0.3783	0.007	0.1955	-0.0306	0.1073	0.4152	-0.0809	0.3444	52.8793	16.3339	3.1387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 14:21)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 22:40)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 41:58)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 59:68)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 69:96)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 97:108)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 109:119)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 120:124)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 125:129)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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