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- PDB-3c9v: C7 Symmetrized Structure of Unliganded GroEL at 4.7 Angstrom Reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c9v
タイトルC7 Symmetrized Structure of Unliganded GroEL at 4.7 Angstrom Resolution from CryoEM
要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / GroEL / ATP-binding / Cell cycle / Cell division / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Ludtke, S.J. / Baker, M.L. / Chen, D.H. / Song, J.L. / Chuang, D. / Chiu, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: De novo backbone trace of GroEL from single particle electron cryomicroscopy.
著者: Steven J Ludtke / Matthew L Baker / Dong-Hua Chen / Jiu-Li Song / David T Chuang / Wah Chiu /
要旨: In this work, we employ single-particle electron cryo-microscopy (cryo-EM) to reconstruct GroEL to approximately 4 A resolution with both D7 and C7 symmetry. Using a newly developed skeletonization ...In this work, we employ single-particle electron cryo-microscopy (cryo-EM) to reconstruct GroEL to approximately 4 A resolution with both D7 and C7 symmetry. Using a newly developed skeletonization algorithm and secondary structure element identification in combination with sequence-based secondary structure prediction, we demonstrate that it is possible to achieve a de novo Calpha trace directly from a cryo-EM reconstruction. The topology of our backbone trace is completely accurate, though subtle alterations illustrate significant differences from existing crystal structures. In the map with C7 symmetry, the seven monomers in each ring are identical; however, the subunits have a subtly different structure in each ring, particularly in the equatorial domain. These differences include an asymmetric salt bridge, density in the nucleotide-binding pocket of only one ring, and small shifts in alpha helix positions. This asymmetric conformation is different from previous asymmetric structures, including GroES-bound GroEL, and may represent a "primed state" in the chaperonin pathway.
履歴
登録2008年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年7月1日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5002
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
H: 60 kDa chaperonin
I: 60 kDa chaperonin
J: 60 kDa chaperonin
K: 60 kDa chaperonin
L: 60 kDa chaperonin
M: 60 kDa chaperonin
N: 60 kDa chaperonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)776,48714
ポリマ－776,48714
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
60 kDa chaperonin / Protein Cpn60 / groEL protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 55463.387 Da / 分子数: 14 / 断片: residues 2-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: groL, groEL, mopA / プラスミド: pGroESL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ESts CG-712 / 参照: UniProt: P0A6F5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GroEL / タイプ: COMPLEX / 詳細: 14-mer. Two back to back homo-heptameric rings.
緩衝液名称: 20 mM Tris.HCl, pH 7.5, 50 mM MgCl2 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris.HCl, pH 7.5, 50 mM MgCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: ETHANE. Vitrobot, blot for 2 sec.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FS / 日付: 2005年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 1.6 mm
試料ホルダ温度: 4 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

CTF補正詳細: per micrograph
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成手法: EMAN, single particle / 解像度: 4.7 Å / 粒子像の数: 20401 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.06 Å / 詳細: C7 symmetry, This entry contains CA atom only / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7364 0 0 0 7364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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