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- PDB-2n1f: Structure and assembly of the mouse ASC filament by combined NMR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n1f
タイトルStructure and assembly of the mouse ASC filament by combined NMR spectroscopy and cryo-electron microscopy
要素Apoptosis-associated speck-like protein
キーワードAPOPTOSIS / mouse ASC filament / ASC Apoptosis-associated speck like protein containing a CARD / PYRIN domain / inflammasomes / death domain
機能・相同性
機能・相同性情報


CLEC7A/inflammasome pathway / The NLRP3 inflammasome / Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidase activator activity involved in apoptotic process ...CLEC7A/inflammasome pathway / The NLRP3 inflammasome / Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidase activator activity involved in apoptotic process / IkappaB kinase complex / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / macropinocytosis / interleukin-6 receptor binding / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / osmosensory signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / activation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of actin filament polymerization / regulation of GTPase activity / tropomyosin binding / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of T cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / activation of innate immune response / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of chemokine production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-1 beta production / regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / positive regulation of JNK cascade / regulation of protein stability / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / defense response to virus / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / transmembrane transporter binding / microtubule / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein dimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / nucleolus / apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. ...CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法個体NMR / 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / simulated annealing / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Sborgi, L. / Ravotti, F. / Dandey, V. / Dick, M. / Mazur, A. / Reckel, S. / Chami, M. / Scherer, S. / Bockmann, A. / Egelman, E. ...Sborgi, L. / Ravotti, F. / Dandey, V. / Dick, M. / Mazur, A. / Reckel, S. / Chami, M. / Scherer, S. / Bockmann, A. / Egelman, E. / Stahlberg, H. / Broz, P. / Meier, B. / Hiller, S.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structure and assembly of the mouse ASC inflammasome by combined NMR spectroscopy and cryo-electron microscopy.
著者: Lorenzo Sborgi / Francesco Ravotti / Venkata P Dandey / Mathias S Dick / Adam Mazur / Sina Reckel / Mohamed Chami / Sebastian Scherer / Matthias Huber / Anja Böckmann / Edward H Egelman / ...著者: Lorenzo Sborgi / Francesco Ravotti / Venkata P Dandey / Mathias S Dick / Adam Mazur / Sina Reckel / Mohamed Chami / Sebastian Scherer / Matthias Huber / Anja Böckmann / Edward H Egelman / Henning Stahlberg / Petr Broz / Beat H Meier / Sebastian Hiller /
要旨: Inflammasomes are multiprotein complexes that control the innate immune response by activating caspase-1, thus promoting the secretion of cytokines in response to invading pathogens and endogenous ...Inflammasomes are multiprotein complexes that control the innate immune response by activating caspase-1, thus promoting the secretion of cytokines in response to invading pathogens and endogenous triggers. Assembly of inflammasomes is induced by activation of a receptor protein. Many inflammasome receptors require the adapter protein ASC [apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase-recruitment domain (CARD)], which consists of two domains, the N-terminal pyrin domain (PYD) and the C-terminal CARD. Upon activation, ASC forms large oligomeric filaments, which facilitate procaspase-1 recruitment. Here, we characterize the structure and filament formation of mouse ASC in vitro at atomic resolution. Information from cryo-electron microscopy and solid-state NMR spectroscopy is combined in a single structure calculation to obtain the atomic-resolution structure of the ASC filament. Perturbations of NMR resonances upon filament formation monitor the specific binding interfaces of ASC-PYD association. Importantly, NMR experiments show the rigidity of the PYD forming the core of the filament as well as the high mobility of the CARD relative to this core. The findings are validated by structure-based mutagenesis experiments in cultured macrophages. The 3D structure of the mouse ASC-PYD filament is highly similar to the recently determined human ASC-PYD filament, suggesting evolutionary conservation of ASC-dependent inflammasome mechanisms.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2971
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-2971
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-associated speck-like protein
B: Apoptosis-associated speck-like protein
C: Apoptosis-associated speck-like protein
D: Apoptosis-associated speck-like protein
E: Apoptosis-associated speck-like protein
F: Apoptosis-associated speck-like protein
G: Apoptosis-associated speck-like protein
H: Apoptosis-associated speck-like protein
I: Apoptosis-associated speck-like protein
J: Apoptosis-associated speck-like protein
K: Apoptosis-associated speck-like protein
L: Apoptosis-associated speck-like protein
M: Apoptosis-associated speck-like protein
N: Apoptosis-associated speck-like protein
O: Apoptosis-associated speck-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,78015
ポリマ－151,78015
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
対称性らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 8 / Rise per n subunits: 14.2 Å / Rotation per n subunits: 53 °)
詳細The helical parameters generate the filament from any single chain.

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要素

#1: タンパク質
Apoptosis-associated speck-like protein / mASC


分子量: 10118.684 Da / 分子数: 15 / 断片: pyrin domain (UNP residues 2-90) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pycard, Asc / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EPB4

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実験情報

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実験

実験
手法
個体NMR
電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NCACX
121NCOCX
131NCACB
141CANCO
151CCC
161NCA
171NCO
18120msDARR
191N(CO)CACB
1101CAN(CO)CA
1111N(CA)CBCX
1121100msPDSD

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Mouse ASC-PYD filamentCOMPLEX0
2ASC filament1
緩衝液名称: 25 mM Tris, 300 mM sodium chloride / pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, 300 mM sodium chloride
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: Grids were blotted for one second before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
詳細内容: 15 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] ASC filament, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 15 mg/mL / 構成要素: ASC filament-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態圧: ambient / 温度: 288 K

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月10日
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 倍率（公称値）: 22500 X
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角・最大: 12 ° / 傾斜角・最小: -12 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 21138
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2３次元再構成
2IHRSR３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND3
らせん対称回転角度/サブユニット: 53 ° / 軸方向距離/サブユニット: 14.2 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成手法: layer line analysis / 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ピクセルサイズ（公称値）: 0.67 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 0.67 Å / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10590 0 0 0 10590
NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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