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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mj1 | ||||||
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タイトル | FITTING THE TERNARY COMPLEX OF EF-Tu/tRNA/GTP AND RIBOSOMAL PROTEINS INTO A 13 A CRYO-EM MAP OF THE COLI 70S RIBOSOME | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 70S RIBOSOME / LOW RESOLUTION MODEL TERNARY COMPLEX / EF-Tu | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity / positive regulation of RNA splicing / maintenance of translational fidelity / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity / positive regulation of RNA splicing / maintenance of translational fidelity / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13 Å | ||||||
データ登録者 | Stark, H. / Rodnina, M.V. / Wieden, H.-J. / Zemlin, F. / Wintermeyer, W. / Vanheel, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2002 タイトル: Ribosome interactions of aminoacyl-tRNA and elongation factor Tu in the codon-recognition complex. 著者: Holger Stark / Marina V Rodnina / Hans-Joachim Wieden / Friedrich Zemlin / Wolfgang Wintermeyer / Marin van Heel / 要旨: The mRNA codon in the ribosomal A-site is recognized by aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) in a ternary complex with elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here we report the 13 A resolution three-dimensional ...The mRNA codon in the ribosomal A-site is recognized by aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) in a ternary complex with elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here we report the 13 A resolution three-dimensional reconstruction determined by cryo-electron microscopy of the kirromycin-stalled codon-recognition complex. The structure of the ternary complex is distorted by binding of the tRNA anticodon arm in the decoding center. The aa-tRNA interacts with 16S rRNA, helix 69 of 23S rRNA and proteins S12 and L11, while the sarcin-ricin loop of 23S rRNA contacts domain 1 of EF-Tu near the nucleotide-binding pocket. These results provide a detailed snapshot view of an important functional state of the ribosome and suggest mechanisms of decoding and GTPase activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mj1.cif.gz | 163.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mj1.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mj1_validation.pdf.gz | 779.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mj1_full_validation.pdf.gz | 835.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mj1_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mj1_validation.cif.gz | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/1mj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/1mj1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 4分子 DCQR
#1: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRIES 1GIX, 1TRA / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) #2: RNA鎖 | | 分子量: 13369.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRY 1GIY / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) #3: RNA鎖 | | 分子量: 8688.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRY 1GIY / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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-タンパク質 , 4種, 4分子 AOPL
#4: タンパク質 | 分子量: 46064.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRY 1B23 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01698*PLUS |
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#5: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRY 1GIX / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3, UniProt: Q5SHN3*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRY 1GIX / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80377*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 15111.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TAKEN FROM PDB ENTRY 1GIY / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29395*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EF-Tu/tRNA/GTP E. COLI 70S RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: Tris-HCl / pH: 7.5 / 詳細: Tris-HCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
結晶化 | *PLUS 手法: cryo-electron microscopy / 詳細: cryo-electron microscopy |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/SOPHIE / 日付: 2000年3月10日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 58500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 1.35 mm |
試料ホルダ | 温度: 4.2 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: phase flip | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: "exact filter" backprojection / 解像度: 13 Å / 粒子像の数: 24000 / ピクセルサイズ(実測値): 2.25 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL Target criteria: best visual fit using the program Amira (ribosomal proteins), best fit using the program Situs (EF-Tu) 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--FOR S12, S13, SRL, HELIX69 ANS L11 ONLY BACKBONE COORDINATES ARE DEPOSITED | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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