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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9866 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Rabbit Cav1.1-Nifedipine Complex | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Rabbit Cav1.1-DHP Antagonist(Nifedipine) | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane protein complex modulated by FDA approved drug. / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhao Y / Huang G | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Molecular Basis for Ligand Modulation of a Mammalian Voltage-Gated Ca Channel. 著者: Yanyu Zhao / Gaoxingyu Huang / Jianping Wu / Qiurong Wu / Shuai Gao / Zhen Yan / Jianlin Lei / Nieng Yan / 要旨: The L-type voltage-gated Ca (Ca) channels are modulated by various compounds exemplified by 1,4-dihydropyridines (DHP), benzothiazepines (BTZ), and phenylalkylamines (PAA), many of which have been ...The L-type voltage-gated Ca (Ca) channels are modulated by various compounds exemplified by 1,4-dihydropyridines (DHP), benzothiazepines (BTZ), and phenylalkylamines (PAA), many of which have been used for characterizing channel properties and for treatment of hypertension and other disorders. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Ca1.1 in complex with archetypal antagonistic drugs, nifedipine, diltiazem, and verapamil, at resolutions of 2.9 Å, 3.0 Å, and 2.7 Å, respectively, and with a DHP agonist Bay K 8644 at 2.8 Å. Diltiazem and verapamil traverse the central cavity of the pore domain, directly blocking ion permeation. Although nifedipine and Bay K 8644 occupy the same fenestration site at the interface of repeats III and IV, the coordination details support previous functional observations that Bay K 8644 is less favored in the inactivated state. These structures elucidate the modes of action of different Ca ligands and establish a framework for structure-guided drug discovery. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9866.map.gz | 116.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9866-v30.xml emd-9866.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9866.png | 14 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9866.cif.gz | 8.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9866 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9866_validation.pdf.gz | 567.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9866_full_validation.pdf.gz | 567 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9866_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9866_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9866 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Rabbit Cav1.1-DHP Antagonist(Nifedipine) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cav1.1-drug complex
+超分子 #1: Cav1.1-drug complex
+超分子 #2: Cav1.1-beta1a-alpha2-delta1-gamma complex
+分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
+分子 #2: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
+分子 #3: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
+分子 #4: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
+分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #8: CALCIUM ION
+分子 #9: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
+分子 #10: dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-d...
+分子 #11: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #12: ETHANOLAMINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 245171 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |