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- EMDB-8369: Methicillin Resistant, Linezolid resistant Staphylococcus aureus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8369
タイトルMethicillin Resistant, Linezolid resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta S145 uL3)
マップデータ
試料
  • 複合体: Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome
    • RNA: x 4種
    • タンパク質・ペプチド: x 38種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type ...Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / : / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / : / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL33 ...Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L27 / : / : / : / : / 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL30
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Belousoff MJ / Lithgow T / Eyal Z / Yonath A / Radjainia M
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
NHMRC1092262 オーストラリア
引用ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Linezolid Binding Site Rearrangement in the Ribosome.
著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y ...著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y Peleg / Shashi Bhushan / Trevor Lithgow / Ada Yonath /
要旨: An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution ...An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution structural information demonstrated that a single amino acid deletion in ribosomal protein uL3 confers linezolid resistance despite being located 24 Å away from the linezolid binding pocket in the peptidyl-transferase center. The mutation induces a cascade of allosteric structural rearrangements of the rRNA that ultimately results in the alteration of the antibiotic binding site. The growing burden on human health caused by various antibiotic resistance mutations now includes prevalent resistance to last-line antimicrobial drugs such as linezolid and daptomycin. Structure-informed drug modification represents a frontier with respect to designing advanced clinical therapies, but success in this strategy requires rapid, facile means to shed light on the structural basis for drug resistance (D. Brown, Nat Rev Drug Discov 14:821-832, 2015, https://doi.org/10.1038/nrd4675). Here, detailed structural information demonstrates that a common mechanism is at play in linezolid resistance and provides a step toward the redesign of oxazolidinone antibiotics, a strategy that could thwart known mechanisms of linezolid resistance.
履歴
登録2016年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2017年5月31日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5t7v
  • 表面レベル: 0.05
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8369.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.46595314 - 0.73986906
平均 (標準偏差)0.002786672 (±0.027086237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.4660.7400.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome

全体名称: Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome
要素
  • 複合体: Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • RNA: E-site tRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome

超分子名称: Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#42
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 500.520406 KDa
配列文字列: UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGAUGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAUAC AUGCAAGUCG AGCGAACGGA CGAGAAGCUU GCUUCUCUG AUGUUAGCGG CGGACGGGUG AGUAACACGU GGAUAACCUA CCUAUAAGAC UGGGAUAACU UCGGGAAACC G GAGCUAAU ...文字列:
UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGAUGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAUAC AUGCAAGUCG AGCGAACGGA CGAGAAGCUU GCUUCUCUG AUGUUAGCGG CGGACGGGUG AGUAACACGU GGAUAACCUA CCUAUAAGAC UGGGAUAACU UCGGGAAACC G GAGCUAAU ACCGGAUAAU AUUUUGAACC GCAUGGUUCG AAAGUGAAAG ACGGUCUUGC UGUCACUUAU AGAUGGAUCC GC GCUGCAU UAGCUAGUUG GUAAGGUAAC GGCUUACCAA GGCAACGAUG CAUAGCCGAC CUGAGAGGGU GAUCGGCCAC ACU GGAACU GAGACACGGU CCAGACUCCU ACGGGAGGCA GCAGUAGGGA AUCUUCCGCA AUGGGCGAAA GCCUGACGGA GCAA CGCCG CGUGAGUGAU GAAGGUCUUC GGAUCGUAAA ACUCUGUUAU UAGGGAAGAA CAUAUGUGUA AGUAACUGUG CACAU CUUG ACGGUACCUA AUCAGAAAGC CACGGCUAAC UACGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUACGUAGG UGGCAAGCGU UAUCCG GAA UUAUUGGGCG UAAAGCGCGC GUAGGCGGUU UUUUAAGUCU GAUGUGAAAG CCCACGGCUC AACCGUGGAG GGUCAUU GG AAACUGGAAA ACUUGAGUGC AGAAGAGGAA AGUGGAAUUC CAUGUGUAGC GGUGAAAUGC GCAGAGAUAU GGAGGAAC A CCAGUGGCGA AGGCGACUUU CUGGUCUGUA ACUGACGCUG AUGUGCGAAA GCGUGGGGAU CAAACAGGAU UAGAUACCC UGGUAGUCCA CGCCGUAAAC GAUGAGUGCU AAGUGUUAGG GGGUUUCCGC CCCUUAGUGC UGCAGCUAAC GCAUUAAGCA CUCCGCCUG GGGAGUACGA CCGCAAGGUU GAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGACCCGCA CAAGCGGUGG AGCAUGUGGU U UAAUUCGA AGCAACGCGA AGAACCUUAC CAAAUCUUGA CAUCCUUUGA CAACUCUAGA GAUAGAGCCU UCCCCUUCGG GG GACAAAG UGACAGGUGG UGCAUGGUUG UCGUCAGCUC GUGUCGUGAG AUGUUGGGUU AAGUCCCGCA ACGAGCGCAA CCC UUAAGC UUAGUUGCCA UCAUUAAGUU GGGCACUCUA AGUUGACUGC CGGUGACAAA CCGGAGGAAG GUGGGGAUGA CGUC AAAUC AUCAUGCCCC UUAUGAUUUG GGCUACACAC GUGCUACAAU GGACAAUACA AAGGGCAGCG AAACCGCGAG GUCAA GCAA AUCCCAUAAA GUUGUUCUCA GUUCGGAUUG UAGUCUGCAA CUCGACUACA UGAAGCUGGA AUCGCUAGUA AUCGUA GAU CAGCAUGCUA CGGUGAAUAC GUUCCCGGGU CUUGUACACA CCGCCCGUCA CACCACGAGA GUUUGUAACA CCCGAAG CC GGUGGAGUAA CCUUUUAGGA GCUAGCCGUC GAAGGUGGGA CAAAUGAUUG GGGUGAAGUC GUAACAAGGU AGCCGUAU C GGAAGGUGCG GCUGGAUCAC CUCCUU

+
分子 #14: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 945.427812 KDa
配列文字列: GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA ...文字列:
GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA GCAUAUCAGA AGGCACACCC GGAGAACUGA AACAUCUUAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGA AAAUUCGAUU CC CUUAGUA GCGGCGAGCG AAACGGGAAG AGCCCAAACC AACAAGCUUG CUUGUUGGGG UUGUAGGACA CUCUAUACGG AGU UACAAA GGACGACAUU AGACGAAUCA UCUGGAAAGA UGAAUCAAAG AAGGUAAUAA UCCUGUAGUC GAAAAUGUUG UCUC UCUUG AGUGGAUCCU GAGUACGACG GAGCACGUGA AAUUCCGUCG GAAUCUGGGA GGACCAUCUC CUAAGGCUAA AUACU CUCU AGUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGCACCCCG GAAGGGGAGU GAAAUAGAAC CUGAAA CCG UGUGCUUACA AGUAGUCAGA GCCCGUUAAU GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG UAGAAUGAAC CGGCGAGUUA CGAUUUG AU GCAAGGUUAA GCAGUAAAUG UGGAGCCGUA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUUUAGU AUUUGGUCGU AGACCCGA A ACCAGGUGAU CUACCCUUGG UCAGGUUGAA GUUCAGGUAA CACUGAAUGG AGGACCGAAC CGACUUACGU UGAAAAGUG AGCGGAUGAA CUGAGGGUAG CGGAGAAAUU CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGGGCUA GCCUCAAGU GAUGAUUAUU GGAGGUAGAG CACUGUUUGG ACGAGGGGCC CUCUCGGGUU ACCGAAUUCA GACAAACUCC G AAUGCCAA UUAAUUUAAC UUGGGAGUCA GAACAUGGGU GAUAAGGUCC GUGUUCGAAA GGGAAACAGC CCAGACCACC AG CUAAGGU CCCAAAAUAU AUGUUAAGUG GAAAAGGAUG UGGCGUUGCC CAGACAACUG GGAUGUUGGC UUAGAAGCAG CCA UCAUUU AAAGAGUGCG UAAUAGCUCA CUAGUCGAGU GACACUGCGC CGAAAAUGUA CCGGGGCUAA ACAUAUUACC GAAG CUGUG GAUUGUCCUU UGGACAAUGG UAGGAGAGCG UUCUAAGGGC GUUGAAGCAU GAUCGUAAGG ACAUGUGGAG CGCUU AGAA GUGAGAAUGC CGGUGUGAGU AGCGAAAGAC GGGUGAGAAU CCCGUCCACC GAUUGACUAA GGUUUCCAGA GGAAGG CUC GUCCGCUCUG GGUUAGUCGG GUCCUAAGCU GAGGCCGACA GGCGUAGGCG AUGGAUAACA GGUUGAUAUU CCUGUAC CA CCUAUAAUCG UUUUAAUCGA UGGGGGGACG CAGUAGGAUA GGCGAAGCGU GCGAUUGGAU UGCACGUCUA AGCAGUAA G GCUGAGUAUU AGGCAAAUCC GGUACUCGUU AAGGCUGAGC UGUGAUGGGG AGAAGACAUU GUGUCUUCGA GUCGUUGAU UUCACACUGC CGAGAAAAGC CUCUAGAUAG AAAAUAGGUG CCCGUACCGC AAACCGACAC AGGUAGUCAA GAUGAGAAUU CUAAGGUGA GCGAGCGAAC UCUCGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGACCCC GUAACUUCGG GAGAAGGGGU GCUCUUUAGG G UUAACGCC CAGAAGAGCC GCAGUGAAUA GGCCCAAGCG ACUGUUUAUC AAAAACACAG GUCUCUGCUA AACCGUAAGG UG AUGUAUA GGGGCUGACG CCUGCCCAGU GCUGGAAGGU UAAGAGGAGU GGUUAGCUUC UGCGAAGCUA CGAAUCGAAG CCC CAGUAA ACGGCGGCCG UAACUAUAAC GGUCCUAAGG UAGCGAAAUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCCGCACGAA AGGC GUAAC GAUUUGGGCA CUGUCUCAAC GAGAGACUCG GUGAAAUCAU AGUACCUGUG AAGAUGCAGG UUACCCGCGA CAGGA CGGA AAGACCCCGU GGAGCUUUAC UGUAGCCUGA UAUUGAAAUU CGGCACAGCU UGUACAGGAU AGGUAGGAGC CUUUGA AAC GUGAGCGCUA GCUUACGUGG AGGCGCUGGU GGGAUACUAC CCUAGCUGUG UUGGCUUUCU AACCCGCACC ACUUAUC GU GGUGGGAGAC AGUGUCAGGC GGGCAGUUUG ACUGGGGCGG UCGCCUCCUA AAAGGUAACG GAGGCGCUCA AAGGUUCC C UCAGAAUGGU UGGAAAUCAU UCAUAGAGUG UAAAGGCAUA AGGGAGCUUG ACUGCGAGAC CUACAAGUCG AGCAGGGUC GAAAGACGGA CUUAGUGAUC CGGUGGUUCC GCAUGGAAGG GCCAUCGCUC AACGGAUAAA AGCUACCCCG GGGAUAACAG GCUUAUCUC CCCCAAGAGU UCACAUCGAC GGGGAGGUUU GGCACCUCGA UGUCGGCUCA UCGCAUCCUG GGGCUGUAGU C GGUCCCAA GGGUUGGGCU GUUCGCCCAU UAAAGCGGUA CGCGAGCUGG GUUCAGAACG UCGUGAGACA GUUCGGUCCC UA UCCGUCG UGGGCGUAGG AAAUUUGAGA GGAGCUGUCC UUAGUACGAG AGGACCGGGA UGGACAUACC UCUGGUGUAC CAG UUGUCG UGCCAACGGC AUAGCUGGGU AGCUAUGUGU GGACGGGAUA AGUGCUGAAA GCAUCUAAGC AUGAAGCCCC CCUC AAGAU GAGAUUUCCC AACUUCGGUU AUAAGAUCCC UCAAAGAUGA UGAGGUUAAU AGGUUCGAGG UGGAAGCAUG GUGAC AUGU GGAGCUGACG AAUACUAAUC GAUCGAAGAC UUAAU

+
分子 #15: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.652777 KDa
配列文字列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUC CUUAGCGACG AUGGUAGUCA ACUUACGUU CCGCUAGAGU AGAACGUUGC CAGGC

+
分子 #42: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 42 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.851152 KDa
配列文字列:
GCCCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGG GCAC

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.214458 KDa
配列文字列:
YDHRVIDQSA EKIVETAKRS GADVSGPIPL PTEKSVYTII RAVHGYKDSR EQFEQRTHKR LIDIVNPTPK TVDALMGLNL PS

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.146741 KDa
配列文字列:
NIENGVAHIR STFNNTIVTI TDEFGNALSW SSAGALGFKG SKKSTPFAAQ MASETASKSA MEHGLKTVEV TVKGPGPGRE SAIRALQSA GLEVTAIRDV TPVPHNGCRP PKRRRV

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.131569 KDa
配列文字列:
PTINQLVRKP RQSKIKKSDS PALNKGFNSK KKKFTDLNSP QARGVCTRVG TMTPKKPNSA LRKYARVRLS NNIEINAYIP GIGHNLQEH SVVLVRGGRV KDLPGVRYHI VRGALDTSGV DGRRQGRSLY GTKKPKN

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.34594 KDa
配列文字列:
AISQERKNEI IKEYRVHETD TGSPEVQIAV LTAEINAVNE HLRTHKKDHH SRRGLLKMVG RRRHLLNYLR SKDIQRYREL IKSLGIR

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.455689 KDa
配列文字列:
AVKIRLTRLG SKRNPFYRIV VADARSPRDG RIIEQIGTYN PTSANAPEIK VDEALALKWL NDGAKPTDTV HNILSK

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.623185 KDa
配列文字列:
RNDRKVYVGK VVSDKMDKTI TVLVETYKTH KLYGKRVKYS KKYKTHDENN SAKLGDIVKI QETRPLSATK RFRLVEIVEE SV

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.533737 KDa
配列文字列:
THIDYKDTEL LKRFISERGK ILPRRVTGTS AKYQRMLTTA IKRSRHMALL PYVKE

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.295577 KDa
配列文字列:
KSAIKRVKTT EKAEARNISQ KSAMRTAVKN AKTAVSNNAD NKNELVSLAV KLVDKAAQSN LIHSNKADRI KSQLMT

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.763027 KDa
配列文字列: ARFRGSNWKK SRRLGISLSG TGKELEKRPY APGQHGPNQR KKLSEYGLQL REKQKLRYLY GMTERQFRNT FDIAGKKFGV HGENFMILL ASRLDAVVYS LGLARTRRQA RQLVNHGHIL VDGKRVDIPS YSVKPGQTIS VREKSQKLNI IVESVEINNF V PEYLNFDA ...文字列:
ARFRGSNWKK SRRLGISLSG TGKELEKRPY APGQHGPNQR KKLSEYGLQL REKQKLRYLY GMTERQFRNT FDIAGKKFGV HGENFMILL ASRLDAVVYS LGLARTRRQA RQLVNHGHIL VDGKRVDIPS YSVKPGQTIS VREKSQKLNI IVESVEINNF V PEYLNFDA DSLTGTFVRL PERSELPAEI NEQLIVEYYS

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.245786 KDa
配列文字列:
EFEERVVTIN RVAKVVKGGR RFRFTALVVV GDKNGRVGFG TGKAQEVPEA IKKAVEAAKK DLVVVPRVEG TTPHTITGRY GSGSVFMKP AAPGTGVIAG GPVRAVLELA GITDILSKSL GSNTPINMVR ATIDGLQNLK NAEDVAKLRG KTVEE

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.86437 KDa
配列文字列:
RTYEVMYIVR PNIEEDAKKA LVERFNGILA TEGAEVLEAK DWGKRRLAYE INDFKDGFYN IVRVKSDNNK ATDEFQRLAK ISDDIIRYM VIR

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.536908 KDa
配列文字列:
TMTDPIADML TRVRNANMVR HEKLELPASN IKKEIAEILK SEGFIKNVEY VEDDKQGVLR LFLKYGQNDE RVITGLKRIS KPGLRVYAK ASEMPKVLNG LGIALVSTSE GVITDKEARK RNVGGEIIAY V

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.003277 KDa
配列文字列:
NHKLIEAVTK SQLRTDLPSF RPGDTLRVHV RIIEGTRERI QVFEGVVIKR RGGGVSETFT VRKISSGVGV ERTFPLHTPK IEKIEVKRR GKVRRAKLYY LRSLRGKAAR IQEI

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 29.956789 KDa
配列文字列: AIKKYKPITN GRRNMTSLDF AEITKTTPEK SLLKPLPKKA GRNNQGKLTV RHHGGGHKRQ YRVIDFKRNK DGINAKVDSI QYDPNRSAN IALVVYADGE KRYIIAPKGL EVGQIVESGA EADIKVGNAL PLQNIPVGTV VHNIELKPGK GGQIARSAGA S AQVLGKEG ...文字列:
AIKKYKPITN GRRNMTSLDF AEITKTTPEK SLLKPLPKKA GRNNQGKLTV RHHGGGHKRQ YRVIDFKRNK DGINAKVDSI QYDPNRSAN IALVVYADGE KRYIIAPKGL EVGQIVESGA EADIKVGNAL PLQNIPVGTV VHNIELKPGK GGQIARSAGA S AQVLGKEG KYVLIRLRSG EVRMILSTCR ATIGQVGNLQ HELVNVGKAG RSRWKGIRPT VRGSVMNPND HPHGGGEGRA PI GRPSPMS PWGKPTLGKK TRRGKKSSDK LIVRGRKK

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.459919 KDa
配列文字列:
PRVKGGTVTR ARRKKTIKLA KGYFGSKHTL YKVAKQQVMK SGQYAFRDRR QRKRDFRKLW ITRINAAARQ HEMSYSRLMN GLKKAGIDI NRKMLSEIAI SDEKAFAQLV TKAKDAL

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.1689 KDa
配列文字列:
MFAIIETGGK QIKVEEGQEI FVEKLDVNEG DTFTFDKVLF VGGDSVKVGA PTVEGATVTA TVNKQGRGKK ITVFTYKRRK NSKRKKGHR QPYTKLTIDK I

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.199245 KDa
配列文字列:
MEAKAVARTI RIAPRKVRLV LDLIRGKNAA EAIAILKLTN KASSPVIEKV LMSALANAEH NYDMNTDELV VKEAYANEGP TLKRFRPRA QGRASAINKR TSHITIVVSD GK

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.181837 KDa
配列文字列:
RDILKRPVIT EKSSEAMAED KYTFDVDTRV NKTQVKMAVE EIFNVKVASV NIMNYKPKKK RMGRYQGYTN KRRKAIVTLK EGSDDLF

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.115025 KDa
配列文字列:
HIKKGDNVKV IAGKDKGKEG KVIATLPKKD RVVVEGVNIM KKHQKPTQLN PEGGILETEA AIHVSNVQLL DPKTNEPTRV GYKFVDGKK VRIAKKSGEE IK

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.348097 KDa
配列文字列:
ASLKSIIRQG KQTRSDLKQL RKSGKVPAVV YGYGTKNVSV KVDEVEFIKV IREVGRNGVI ELGVGSKTIK VMVADYQFDP LKNQITHID FLAI

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.496557 KDa
配列文字列:
SSTKNGRDSE SKRLGAKRAD GQFVTGGSIL YRQRGTKIYP GENVGRGGDD TLFAKIDGVV KFERKGRDKK QVSVYAVA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.607769 KDa
配列文字列:
GKQCFVTGRK ASTGNRRSHA LNSTKRRWNA NLQKVRILVD GKPKKVWVSA RALKSGKVT

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.2053 KDa
配列文字列:
MKAKEIRDLT TSEIEEQIKS SKEELFNLRF QLATGQLEET ARIRTVRKTI ARLKTVARER E

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.112465 KDa
配列文字列: TKGILGRKIG MTQVFGENGE LIPVTVVEAK ENVVLQKKTV EVDGYNAIQV GFEDKKAYKK DAKSNKYANK PAEGHAKKAD AAPKRFIRE FRNVDVDAYE VGQEVSVDTF VAGDVIDVTG VSKGKGFQGA IKRHGQSRGP MSHGHFHRAP GSVGMASDAS R VFKGQKMP ...文字列:
TKGILGRKIG MTQVFGENGE LIPVTVVEAK ENVVLQKKTV EVDGYNAIQV GFEDKKAYKK DAKSNKYANK PAEGHAKKAD AAPKRFIRE FRNVDVDAYE VGQEVSVDTF VAGDVIDVTG VSKGKGFQGA IKRHGQSRGP MSHGHFHRAP GSVGMASDAS R VFKGQKMP GRMGGNTVTV QNLEVVQVDT ENKVILVKGN VPGPKKGLVE IRTSIK

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.305308 KDa
配列文字列:
AKLQITLTRS VIGRPETQRK TVEALGLKKT NSSVVVEDNP AIRGQINKVK HLVTVEE

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.098078 KDa
配列文字列:
AVPKRRTSKT RKNKRRTHFK ISVPGMTECP NCGEYKLSHR VCKNCGSYNG EEV

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.6555 KDa
配列文字列:
MRVNVTLACT ECGDRNYITT KNKRNNPERV EMKKFCSREN KQTLHRE

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.323446 KDa
配列文字列:
VKRTYQPNKR KHSKVHGFRK RMSTKNGRKV LARRRRKGRK VLSA

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.461992 KDa
配列文字列:
PKMKTHRGAA KRVKRTASGQ LKRSRAFTSH LFANKSTKQK RQLRKARLVS KSDMKRVKQL LAYK

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIKRK GKVMVICENP KHKQRQG

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.179322 KDa
配列文字列: YDVLKLDGTK SGSIELSDAV FGIEPNNSVL FEAINLQRAS LRQGTHAVKN RSAVSGGGRK PWKQKGTGRA RQGTIRAPQW RGGGIVFGP TPRSYAYKMP KKMRRLALRS ALSFKAQENG LTVVDAFNFE APKTKEFKNV LSTLEQPKKV LVVTENEDVN V ELSARNIP ...文字列:
YDVLKLDGTK SGSIELSDAV FGIEPNNSVL FEAINLQRAS LRQGTHAVKN RSAVSGGGRK PWKQKGTGRA RQGTIRAPQW RGGGIVFGP TPRSYAYKMP KKMRRLALRS ALSFKAQENG LTVVDAFNFE APKTKEFKNV LSTLEQPKKV LVVTENEDVN V ELSARNIP GVQVTTAQGL NVLDITNADS LVITEAAAKK VEEVLG

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 19.414076 KDa
配列文字列:
SRVGKKIIDI PSDVTVTFDG NHVTVKGPKG ELSRTLNERM TFKQEENTIE VVRPSESKED RTNHGTTRAL LNNMVQGVSQ GYVKVLELV GVGYRAQMQG KDLILNVGYS HPVEIKAEEN ITFSVEKNTV VKVEGISKEQ VGALASNIRS VRPPEPYKGK G IRYQGEYV RRKEGK

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.17118 KDa
配列文字列:
RQTFMANESN IERKWYVIDA EGQTLGRLSS EVASILRGKN KVTYTPHVDT GDYVIVINAS KIEFTGNKET DKVYYRHSNH PGGIKSITA GELRRTNPER LIENSIKGML PSTRLGEKQG KKLFVYGGAE HPHAAQQPEN YELR

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.044184 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKNATPGG VVKKGDVVKA VIVRTKSGVR RNDGSYIKFD ENACVIIRD DKGPRGTRIF GPVARELREG NFMKIVSLAP EV

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.384533 KDa
配列文字列:
KLHELKPAEG SRKERNRVGR GVATGNGKTS GRGHKGQKAR SGGGVRPGFE GGQLPLFRRL PKRGFTNINR KEYAIVNLDQ LNKFEDGTE VTPALLVESG VVKNEKSGIK ILGNGSLDKK LTVKAHKFSA SAAEAIDAKG GAHEV

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.486276 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR RQHRPKTTGR SKGGNYVTFG EFGLQATTTS WITSRQIESA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HTPYTKKPLE VRMGAGKGA VEGWIAVVKP GRILFEVAGV SEEVAREALR LASHKLPVKT KFVKREE

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.640575 KDa
配列文字列:
GYRKLGRTSD QRKAMLRDLA TSLIISERIE TTEARAKEVR SVVEKLITLG KKGDLASRRN AAKTLRNVEI LNEDETTQTA LQKLFGEIA ERYTERQGGY TRILKQGPRR GDGAESVIIE LV

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.792662 KDa
配列文字列:
KIDKNKVRLK RHARVRTNLS GTAEKPRLNV YRSNKHIYAQ IIDDNKGVTL AQASSKDSDI ATTATKVELA TKVGEAIAKK AADKGIKEI VFDRGGYLYH GRVKALAEAA RESGLEF

+
分子 #43: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 17 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3j9z

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80500
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5t7v:
Methicillin Resistant, Linezolid resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta S145 uL3)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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