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- EMDB-61608: Cryo-EM structure of Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) S-trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61608
タイトルCryo-EM structure of Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) S-trimer
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) Spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID
キーワードspike protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Bat coronavirus (ウイルス) / Tequatrovirus T4 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yuan H / Xiong X
資金援助3件
OrganizationGrant number国
Other governmentSRPG22-002
Other government2021YFA1300903
Other government2022A1515110495
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structures and receptor binding activities of merbecovirus spike proteins reveal key signatures for human DPP4 adaptation.
著者: Hang Yuan / Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Xijie Gao / Gul Habib / Banghui Liu / Jing Chen / Jun He / Peng Zhou / Zheng-Li Shi / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong /
要旨: Merbecoviruses from bats, pangolins, and hedgehogs pose significant zoonotic threats, with a limited understanding of receptor binding by their spike (S) proteins. Here, we report cryo-EM structures ...Merbecoviruses from bats, pangolins, and hedgehogs pose significant zoonotic threats, with a limited understanding of receptor binding by their spike (S) proteins. Here, we report cryo-EM structures of GD-BatCoV (BtCoV-422) and SE-PangolinCoV (MjHKU4r-CoV-1) RBDs in complex with human DPP4 (hDPP4). These structures exhibit a substantial offset in their hDPP4 interaction interfaces, revealing a conserved hydrophobic cluster as a convergent signature of DPP4 binding within the MERS-HKU4 clade of merbecoviruses. Structure-guided mutagenesis demonstrates that favorable interactions are distributed across multiple receptor binding motif (RBM) regions, working synergistically to confer high-affinity hDPP4 binding. Swapping of the merbecovirus RBM regions indicate limited plasticity and interchangeability among these regions. In addition, we report cryo-EM structures of six merbecovirus S-trimers. Structure-based phylogenetics suggests that hDPP4-binding merbecoviruses undergo convergent evolution, while ACE2-binding merbecoviruses exhibit diversification in their binding mechanisms. These findings offer critical insights into merbecovirus receptor utilization, providing a structural understanding for future surveillance.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 360 pix.
= 316.8 Å		0.88 Å/pix.
x 360 pix.
= 316.8 Å		0.88 Å/pix.
x 360 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.05966602 - 0.11732481
平均 (標準偏差)0.000008419106 (±0.004590262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61608_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61608_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) Spike protein

全体名称: Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) Spike protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) Spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID

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超分子 #1: Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) Spike protein

超分子名称: Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) Spike protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bat coronavirus (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tequatrovirus T4 (ウイルス)
分子量理論値: 151.802391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTHLMFLLMF LLTPIRGDVD LGPDSTRDTC DEVVVQVSAF QKDWPQPINP LFADGIIYPT GRSYSNISLS YQGLFPRQGD LGRQYIYSV THAGDSTLYP PQGIGKHFIS NYSAETLPFG NGFVVRIGFS ANKTGSLVIS PTTSKVIKKI YPAFMLGTAV T SFAHGHAG ...文字列:
MTHLMFLLMF LLTPIRGDVD LGPDSTRDTC DEVVVQVSAF QKDWPQPINP LFADGIIYPT GRSYSNISLS YQGLFPRQGD LGRQYIYSV THAGDSTLYP PQGIGKHFIS NYSAETLPFG NGFVVRIGFS ANKTGSLVIS PTTSKVIKKI YPAFMLGTAV T SFAHGHAG RYLNHTLVIL PESCGTSLTV FYCILEPRNG TRCPNHQDYT SYVIWETPHL DCGSSVNRNA TLNSFKVSFN LR QCKFMRT YNISDDENQE WFGITQNAQG VHLYSSRKGD LYGGNMFLFD TLPVYETLKY YTVIPRSLRS RLNERQAWAA FYV YSLHKL TYLLDFSVDG YVRRAIDCGY DDVAQLFCSY ESFDVDSGVY SVSSFEAQPR GYFVEQPHSS ECDFSAMFSS QPPQ VYNFS RLVFTNCNYN LTRLLSLFQV SEFSCHQVSP SALASGCYSS LTVDYFAYPL SMASYLRQGS TGPIAQFNYK QDFTN PTCR ILAAVPSNVT IPLPQSYMWL TQCYTNSPSN SHYVEAGSYT PCLGLASRGF NTFNSMHYDP ATGLTATGSY QYISEE ALE MAFIISVQYG TDSNSVCPLQ AVHNDTKVDD KLGRCIEYSL YGVTGRGVFQ NCTPVGLKQQ RFVYDGFDNL VGYHSDN GN YYCVRPCVSV PVSVIYDKAT NNHATLFGSV ACEHVDTMMS QFSRMTQSRL RVRNIDDAGP MQTSVGCVVG LVNTSLIV D NCQLPLGQSL CAVPATTIRA ATGTTSSLQL ATINFTEPHM LTPINSSRFI VEIPTNFSFG VTQEFIQTTI QKVTVDCKQ YVCNGFEKCE QLLREYGQFC AKINQALHGA NLRQDESVSN LFSNIKTQAT QPLDAGLTGD FNLTLLQVPK VVTSQYSYRS AIEDLLFNK VTIADPGYMQ GYDECMKQGP PSARDLICAQ FVAGYKVLPP LYDPNMESMY TTSLTGAILG AAWTAGASSF A AIPFAQSV FYRMNGIGIT QQVLSENQKQ IANKFNQALG AMQTGFTTTN LAFAKVQEAV NANAQALSKL ASELSNTFGA IS SSISDIL KRLDAVEQEA QIDRLINGRL TSLNAFVAQQ LVRSETAARS SQLAVDKVNE CVKSQSKRNG FCGSGNHIVS FVS NAPNGL YFFHVGYVPT AHINATAAYG LCNTELPPRC IAPIDGYFVT NSSATRDADP EWYYTGSAFY NPEPITLANT RYVS KDTKY QELNNKLPPP LLSNQTDESF RDELEEFFKN VSSQGPNFQE ISKINATLLD LSDEMKVLNE VVKQLNESYI DLKEL GNYT YYQKWPGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSAW SHP QFEKSA

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 31 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: LINOLEIC ACID

分子名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: EIC
分子量理論値: 280.445 Da
Chemical component information

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6q04

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 198806
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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