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- EMDB-61604: Cryo-EM structure of the GD-BatCoV (BtCoV/Ii/GD/2014-422) RBD in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61604
タイトルCryo-EM structure of the GD-BatCoV (BtCoV/Ii/GD/2014-422) RBD in complex with human DPP4
マップデータ
試料
  • 複合体: GD-BatCoV-RBD (BtCoV/Ii/GD/2014-422): human DPP4 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcomplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / Fc-gamma receptor I complex binding / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / Fc-gamma receptor I complex binding / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / FCGR activation / endocytic vesicle / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / behavioral fear response / endothelial cell migration / aminopeptidase activity / antigen binding / T cell costimulation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / serine-type peptidase activity / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / T cell activation / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / antibacterial humoral response / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / membrane fusion / response to hypoxia / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / apical plasma membrane / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / signaling receptor binding / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / fusion of virus membrane with host endosome membrane / positive regulation of cell population proliferation / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU4-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU4-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yuan H / Xiong X
資金援助3件
OrganizationGrant number国
Other governmentSRPG22-002
Other government2021YFA1300903
Other government2022A1515110495
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structures and receptor binding activities of merbecovirus spike proteins reveal key signatures for human DPP4 adaptation.
著者: Hang Yuan / Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Xijie Gao / Gul Habib / Banghui Liu / Jing Chen / Jun He / Peng Zhou / Zheng-Li Shi / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong /
要旨: Merbecoviruses from bats, pangolins, and hedgehogs pose significant zoonotic threats, with a limited understanding of receptor binding by their spike (S) proteins. Here, we report cryo-EM structures ...Merbecoviruses from bats, pangolins, and hedgehogs pose significant zoonotic threats, with a limited understanding of receptor binding by their spike (S) proteins. Here, we report cryo-EM structures of GD-BatCoV (BtCoV-422) and SE-PangolinCoV (MjHKU4r-CoV-1) RBDs in complex with human DPP4 (hDPP4). These structures exhibit a substantial offset in their hDPP4 interaction interfaces, revealing a conserved hydrophobic cluster as a convergent signature of DPP4 binding within the MERS-HKU4 clade of merbecoviruses. Structure-guided mutagenesis demonstrates that favorable interactions are distributed across multiple receptor binding motif (RBM) regions, working synergistically to confer high-affinity hDPP4 binding. Swapping of the merbecovirus RBM regions indicate limited plasticity and interchangeability among these regions. In addition, we report cryo-EM structures of six merbecovirus S-trimers. Structure-based phylogenetics suggests that hDPP4-binding merbecoviruses undergo convergent evolution, while ACE2-binding merbecoviruses exhibit diversification in their binding mechanisms. These findings offer critical insights into merbecovirus receptor utilization, providing a structural understanding for future surveillance.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61604.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021
最小 - 最大-0.10814377 - 0.19177765
平均 (標準偏差)-0.000006119179 (±0.005409809)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61604_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61604_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GD-BatCoV-RBD (BtCoV/Ii/GD/2014-422): human DPP4 complex

全体名称: GD-BatCoV-RBD (BtCoV/Ii/GD/2014-422): human DPP4 complex
要素
  • 複合体: GD-BatCoV-RBD (BtCoV/Ii/GD/2014-422): human DPP4 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: GD-BatCoV-RBD (BtCoV/Ii/GD/2014-422): human DPP4 complex

超分子名称: GD-BatCoV-RBD (BtCoV/Ii/GD/2014-422): human DPP4 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

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分子 #1: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin h...

分子名称: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 114.306672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLASRKTYT LTDYLKNTYR LKLYSLRWIS DHEYLYKQEN NILVFNAEYG NSSVFLENST FDEFGHSIN DYSISPDGQF ILLEYNYVKQ WRHSYTASYD IYDLNKRQLI TEERIPNNTQ WVTWSPVGHK LAYVWNNDIY V KIEPNLPS ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLASRKTYT LTDYLKNTYR LKLYSLRWIS DHEYLYKQEN NILVFNAEYG NSSVFLENST FDEFGHSIN DYSISPDGQF ILLEYNYVKQ WRHSYTASYD IYDLNKRQLI TEERIPNNTQ WVTWSPVGHK LAYVWNNDIY V KIEPNLPS YRITWTGKED IIYNGITDWV YEEEVFSAYS ALWWSPNGTF LAYAQFNDTE VPLIEYSFYS DESLQYPKTV RV PYPKAGA VNPTVKFFVV NTDSLSSVTN ATSIQITAPA SMLIGDHYLC DVTWATQERI SLQWLRRIQN YSVMDICDYD ESS GRWNCL VARQHIEMST TGWVGRFRPS EPHFTLDGNS FYKIISNEEG YRHICYFQID KKDCTFITKG TWEVIGIEAL TSDY LYYIS NEYKGMPGGR NLYKIQLSDY TKVTCLSCEL NPERCQYYSV SFSKEAKYYQ LRCSGPGLPL YTLHSSVNDK GLRVL EDNS ALDKMLQNVQ MPSKKLDFII LNETKFWYQM ILPPHFDKSK KYPLLLDVYA GPCSQKADTV FRLNWATYLA STENII VAS FDGRGSGYQG DKIMHAINRR LGTFEVEDQI EAARQFSKMG FVDNKRIAIW GWSYGGYVTS MVLGSGSGVF KCGIAVA PV SRWEYYDSVY TERYMGLPTP EDNLDHYRNS TVMSRAENFK QVEYLLIHGT ADDNVHFQQS AQISKALVDV GVDFQAMW Y TDEDHGIASS TAHQHIYTHM SHFIKQCFSL PDPLVPRGSG GGGDPEPKSC DKTHTCPPCP APELLGGPSV FLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPREEQYNST YRVVSVLTVL HQDWLNGKEY KCKVSNKALP APIEKTISK AKGQPREPQV YTLPPSRDEL TKNQVSLTCL VKGFYPSDIA VEWESNGQPE NNYKTTPPVL DSDGSFFLYS K LTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSPGK

UniProtKB: Dipeptidyl peptidase 4, Immunoglobulin heavy constant gamma 1

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分子 #2: Spike glycoprotein,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1

分子名称: Spike glycoprotein,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant gamma 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.544816 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLSVCLLMF LLTPIKEVHS RGQFIEQPNS VECDFTKLLS GTPPQVYNFN RLVFTNCNYN LTKLLSLFMV NEFSCDGISP DAIARGCYS SLTVDYFAYP LSMKSYMQPG SAGVISQYNY KQSFANPTCR IFATAPANLT ITKPSSYSFI SKCSRLTGDN S HIETPIVI ...文字列:
MRLSVCLLMF LLTPIKEVHS RGQFIEQPNS VECDFTKLLS GTPPQVYNFN RLVFTNCNYN LTKLLSLFMV NEFSCDGISP DAIARGCYS SLTVDYFAYP LSMKSYMQPG SAGVISQYNY KQSFANPTCR IFATAPANLT ITKPSSYSFI SKCSRLTGDN S HIETPIVI NPGEYSICKN FAPNGFSQDG DYFTRQLSQL EGGGILVGVG SVTPMTDTLQ MGFIISVQYG TDTNSVCPMM DL GNSTTIT DKLGVCVEYD PLVPRGSGGG GDPEPKSCDK THTCPPCPAP ELLGGPSVFL FPPKPKDTLM ISRTPEVTCV VVD VSHEDP EVKFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQYNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVSNKALPAP IEKTISKAKG QPRE PQVYT LPPSRDELTK NQVSLTCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSC SVMH EALHNHYTQK SLSLSPGK

UniProtKB: Spike glycoprotein, Immunoglobulin heavy constant gamma 1

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4kr0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72715
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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