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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4663 | ||||||||||||
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タイトル | Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer in complex with 5' cRNA promoter | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza A / RNA polymerase / Influenza polymerase / Influenza dimer / RDRP / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.07 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Carrique L / Keown JR | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication. 著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor / 要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4663.map.gz | 37.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4663-v30.xml emd-4663.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4663_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4663.png | 70.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4663.cif.gz | 8.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4663 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4663 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4663_validation.pdf.gz | 255.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4663_full_validation.pdf.gz | 254.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4663_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4663 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4663 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6qx8MC 4660C 4661C 4664C 4666C 4986C 6qnwC 6qpfC 6qpgC 6qwlC 6qx3C 6qxeC 6rr7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.043 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer...
全体 | 名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer in complex with 5' cRNA promoter |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer...
超分子 | 名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer in complex with 5' cRNA promoter タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration. |
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分子量 | 理論値: 250 KDa |
-超分子 #2: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer...
超分子 | 名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer in complex with 5' cRNA promoter タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
-超分子 #3: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer...
超分子 | 名称: Influenza A virus (A/NT/60/1968) polymerase dimer of heterotrimer in complex with 5' cRNA promoter タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
-分子 #1: Polymerase acidic protein
分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 83.100797 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINEQGES IVVELDDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SENTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINEQGES IVVELDDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SENTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMANRGLW DSFRQSERGE ETIEERFEIT GTMRRLADQS LPPNFSCLEN FRAYVDGFEP NG YIEGKLS QMSKEVNAKI EPFLKTTPRP IRLPDGPPCF QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMRTFFGW KEP YIVKPH EKGINPNYLL SWKQVLAELQ DIENEEKIPR TKNMKKTSQL KWALGENMAP EKVDFDNCRD VSDLKQYDSD EPEL RSLSS WIQNEFNKAC ELTDSTWIEL DEIGEDVAPI EYIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGDMLLRSAI GQMSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEDGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS PQLEGFSAES RKLLLVVQAL RDNLEPGTFD LEGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLT HALR UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 86.524086 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRVNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT KNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNESTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FELKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: Polymerase basic protein 2
分子 | 名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 86.163391 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPMTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列: MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPMTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRAAVSADPL ASLLEMCHST QIGGTRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SIKREEELLT GNLQTLKIRV HDGYEEFTMV GKRATAILRK ATRRLVQLIV SGRDEQSVAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEHID NVMGMIGVLP DMTPSTEMSM RGIRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAIRGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTT QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPAFNYNKTT KRLTILGKDA GTLIEDPDEG TSGVESAVLR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAIN UniProtKB: Polymerase basic protein 2 |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/nt/60/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 4.901097 KDa |
配列 | 文字列: (P)AGCAAAAGC AGGCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
詳細: Sample was purified in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl with Tween 20 added to a final concentration 0f 0.05% prior to plunging grids. | |||||||||
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1178 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 1.32 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |