+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4219 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Teneurin3 monomer | |||||||||
マップデータ | Teneurin3 monomer map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of homophilic cell adhesion / synaptic membrane adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / presynaptic active zone membrane / cell adhesion molecule binding / cell projection / positive regulation of neuron projection development / membrane => GO:0016020 ...regulation of homophilic cell adhesion / synaptic membrane adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / presynaptic active zone membrane / cell adhesion molecule binding / cell projection / positive regulation of neuron projection development / membrane => GO:0016020 / neuron projection / protein heterodimerization activity / axon / glutamatergic synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Janssen BJC / Meijer DHM / van Bezouwen LS | |||||||||
資金援助 | オランダ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structures of Teneurin adhesion receptors reveal an ancient fold for cell-cell interaction. 著者: Verity A Jackson / Dimphna H Meijer / Maria Carrasquero / Laura S van Bezouwen / Edward D Lowe / Colin Kleanthous / Bert J C Janssen / Elena Seiradake / 要旨: Teneurins are ancient cell-cell adhesion receptors that are vital for brain development and synapse organisation. They originated in early metazoan evolution through a horizontal gene transfer event ...Teneurins are ancient cell-cell adhesion receptors that are vital for brain development and synapse organisation. They originated in early metazoan evolution through a horizontal gene transfer event when a bacterial YD-repeat toxin fused to a eukaryotic receptor. We present X-ray crystallography and cryo-EM structures of two Teneurins, revealing a ~200 kDa extracellular super-fold in which eight sub-domains form an intricate structure centred on a spiralling YD-repeat shell. An alternatively spliced loop, which is implicated in homophilic Teneurin interaction and specificity, is exposed and thus poised for interaction. The N-terminal side of the shell is 'plugged' via a fibronectin-plug domain combination, which defines a new class of YD proteins. Unexpectedly, we find that these proteins are widespread amongst modern bacteria, suggesting early metazoan receptor evolution from a distinct class of proteins, which today includes both bacterial proteins and eukaryotic Teneurins. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4219.map.gz | 195.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-4219-v30.xml emd-4219.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4219_fsc.xml | 16 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4219.png | 132 KB | ||
その他 | emd_4219_half_map_1.map.gz emd_4219_half_map_2.map.gz | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4219 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4219 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4219_validation.pdf.gz | 457.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_4219_full_validation.pdf.gz | 456.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4219_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4219 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4219 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 206 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Teneurin3 monomer map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 1 for Teneurin3 monomer
ファイル | emd_4219_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half-map 1 for Teneurin3 monomer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 for Teneurin3 monomer
ファイル | emd_4219_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half-map 2 for Teneurin3 monomer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Teneurin3 monomer
全体 | 名称: Teneurin3 monomer |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Teneurin3 monomer
超分子 | 名称: Teneurin3 monomer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Odz3 protein
分子 | 名称: Odz3 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 211.429734 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSFYDRISFL IGSDSTHVLP GESPFNKSLA SVIRGQVLTA DGTPLIGVNV SFLHYSEYGY TITRQDGMFD LVANGGASLT LVFERSPFL TQYHTVWIPW NVFYVMDTLV MKKEENDIPS CDLSGFVRPS PIIVSSPLST FFRSSPEDSP IIPETQVLHE E TTIPGTDL ...文字列: GSFYDRISFL IGSDSTHVLP GESPFNKSLA SVIRGQVLTA DGTPLIGVNV SFLHYSEYGY TITRQDGMFD LVANGGASLT LVFERSPFL TQYHTVWIPW NVFYVMDTLV MKKEENDIPS CDLSGFVRPS PIIVSSPLST FFRSSPEDSP IIPETQVLHE E TTIPGTDL KLSYLSSRAA GYKSVLKITM TQAVIPFNLM KVHLMVAVVG RLFQKWFPAS PNLAYTFIWD KTDAYNQKVY GL SEAVVSV GYEYESCLDL TLWEKRTAVL QGYELDASNM GGWTLDKHHV LDVQNGILYK GNGENQFISQ QPPVVSSIMG NGR RRSISC PSCNGQADGN KLLAPVALAC GIDGSLYVGD FNYVRRIFPS GNVTSVLELS SNPAHRYYLA TDPVTGDLYV SDTN TRRIY RPKSLTGAKD LTKNAEVVAG TGEQCLPFDE ARCGDGGKAV EATLMSPKGM AIDKNGLIYF VDGTMIRKVD QNGII STLL GSNDLTSARP LTCDTSMHIS QVRLEWPTDL AINPMDNSIY VLDNNVVLQI TENRQVRIAA GRPMHCQVPG VEYPVG KHA VQTTLESATA IAVSYSGVLY ITETDEKKIN RIRQVTTDGE ISLVAGIPSE CDCKNDANCD CYQSGDGYAK DAKLNAP SS LAASPDGTLY IADLGNIRIR AVSKNKPLLN SMNFYEVASP TDQELYIFDI NGTHQYTVSL VTGDYLYNFS YSNDNDVT A VTDSNGNTLR IRRDPNRMPV RVVSPDNQVI WLTIGTNGCL KSMTAQGLEL VLFTYHGNSG LLATKSDETG WTTFFDYDS EGRLTNVTFP TGVVTNLHGD MDKAITVDIE SSSREEDVSI TSNLSSIDSF YTMVQDQLRN SYQIGYDGSL RIFYASGLDS HYQTEPHVL AGTANPTVAK RNMTLPGENG QNLVEWRFRK EQAQGKVNVF GRKLRVNGRN LLSVDFDRTT KTEKIYDDHR K FLLRIAYD TSGHPTLWLP SSKLMAVNVT YSSTGQIASI QRGTTSEKVD YDSQGRIVSR VFADGKTWSY TYLEKSMVLL LH SQRQYIF EYDMWDRLSA ITMPSVARHT MQTIRSIGYY RNIYNPPESN ASIITDYNEE GLLLQTAFLG TSRRVLFKYR RQT RLSEIL YDSTRVSFTY DETAGVLKTV NLQSDGFICT IRYRQIGPLI DRQIFRFSED GMVNARFDYS YDNSFRVTSM QGVI NETPL PIDLYQFDDI SGKVEQFGKF GVIYYDINQI ISTAVMTYTK HFDAHGRIKE IQYEIFRSLM YWITIQYDNM GRVTK REIK IGPFANTTKY AYEYDVDGQL QTVYLNEKIM WRYNYDLNGN LHLLNPSSSA RLTPLRYDLR DRITRLGDVQ YRLDED GFL RQRGTEIFEY SSKGLLTRVY SKGSGWTVIY RYDGLGRRVS SKTSLGQHLQ FFYADLTYPT RITHVYNHSS SEITSLY YD LQGHLFAMEI SSGDEFYIAS DNTGTPLAVF SSNGLMLKQI QYTAYGEIYF DSNVDFQLVI GFHGGLYDPL TKLIHFGE R DYDILAGRWT TPDIEIWKRI GKDPAPFNLY MFRNNNPASK IHDVKDYITD VNSWLVTFGF HLHNAIPGFP VPKFDLTEP SYELVKSQQW EDVPPIFGVQ QQVARQAKAF LSLGKMAEVQ VSRRKAGAEQ SWLWFATVKS LIGKGVMLAV SQGRVQTNVL NIANEDCIK VAAVLNNAFY LENLHFTIEG KDTHYFIKTT TPESDLGTLR LTSGRKALEN GINVTVSQST TVVNGRTRRF A DVEMQFGA LALHVRYGMT LDEEKARILE QARQRALARA WAREQQRVRD GEEGARLWTE GEKRQLLSAG KVQGYDGYYV LS VEQYPEL ADSANNIQFL RQSEIGKRAS AAAHHHHHH |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 9 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |