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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32251 | |||||||||
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タイトル | Coxsackievirus B3 full particle at pH7.4 (VP3-234E) | |||||||||
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![]() | CVB3 / VIRUS | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | Wang QL / Liu CC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of differential receptor usage for naturally occurring CD55-binding and -nonbinding coxsackievirus B3 strains. 著者: Qingling Wang / Qian Yang / Congcong Liu / Guoqing Wang / Hao Song / Guijun Shang / Ruchao Peng / Xiao Qu / Sheng Liu / Yingzi Cui / Peiyi Wang / Wenbo Xu / Xin Zhao / Jianxun Qi / Mengsu Yang / George F Gao / ![]() 要旨: Receptor usage defines cell tropism and contributes to cell entry and infection. Coxsackievirus B (CVB) engages coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR), and selectively utilizes the decay- ...Receptor usage defines cell tropism and contributes to cell entry and infection. Coxsackievirus B (CVB) engages coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR), and selectively utilizes the decay-accelerating factor (DAF; CD55) to infect cells. However, the differential receptor usage mechanism for CVB remains elusive. This study identified VP3-234 residues (234Q/N/V/D/E) as critical population selection determinants during CVB3 virus evolution, contributing to diverse binding affinities to CD55. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CD55-binding/nonbinding isolates and their complexes with CD55 or CAR were obtained under both neutral and acidic conditions, and the molecular mechanism of VP3-234 residues determining CD55 affinity/specificity for naturally occurring CVB3 strains was elucidated. Structural and biochemical studies in vitro revealed the dynamic entry process of CVB3 and the function of the uncoating receptor CAR with different pH preferences. This work provides detailed insight into the molecular mechanism of CVB infection and contributes to an in-depth understanding of enterovirus attachment receptor usage. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 198.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 132.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 307.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 816.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 815.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w17MC ![]() 7vxhC ![]() 7vxzC ![]() 7vy0C ![]() 7vy5C ![]() 7vy6C ![]() 7vykC ![]() 7vylC ![]() 7vymC ![]() 7w14C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus B3
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus B3
超分子 | 名称: Coxsackievirus B3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 12072 / 生物種: Coxsackievirus B3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 31.285982 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPVEDAVTAA IGRVADTVGT GPTNSEAIPA LTAAETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLCR SACVYFTEYK NSGSKRYAE WVVTTRQAAQ LRRKLEFFTY IRFDLELTFV ITSTQQPSTT QNQDAQILTH QIMYVPPGGP VPDKVDSYVW Q TSTNPSVF ...文字列: GPVEDAVTAA IGRVADTVGT GPTNSEAIPA LTAAETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLCR SACVYFTEYK NSGSKRYAE WVVTTRQAAQ LRRKLEFFTY IRFDLELTFV ITSTQQPSTT QNQDAQILTH QIMYVPPGGP VPDKVDSYVW Q TSTNPSVF WTEGNAPPRM SIPFLSIGNA YSNFYDGWSD FSRDGVYGIN TLNSMGTLYA RHVNTGGTGP IKSTIRIYFK PK HVKAWIP RPPRLCQYEK AKNVNFQPSG VTTTRQSITA MTNT |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.85649 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPD YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WQKTSPGWWW KLPDALSNL GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCATLDN TPSSAELLGG DAAKEFAGEP I ASGSNKLV ...文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPD YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WQKTSPGWWW KLPDALSNL GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCATLDN TPSSAELLGG DAAKEFAGEP I ASGSNKLV QRVVYNAGMG IGVGNLTIFP HQWINLRTNN SATIVMPYTN SVPMDNMFRH NNVTLMVIPF VPLDYCPGST TY VPITVTI APMNAEYNGL RLAGHQ |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.154695 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GLPTMNTPGS CQFLTSDDFQ SPSAMPQYDV TPEMRIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVQNVGE KVNSMEAYQI PVRSNEGSGT QVFGFPLQP GYSSVFSRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPLGA GAPTKRVDAM LGTHVVWDVG L QSSCVLCI ...文字列: GLPTMNTPGS CQFLTSDDFQ SPSAMPQYDV TPEMRIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVQNVGE KVNSMEAYQI PVRSNEGSGT QVFGFPLQP GYSSVFSRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPLGA GAPTKRVDAM LGTHVVWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRY VASDECTAGG FITCWYQTNI VVPADAQSSC YIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFISQENFFQ |
-分子 #4: VP4
分子 | 名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.306014 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GAQVSTQKTG AHETGLNASG NSIIHYTNIN YYKDAASNSA TRQDFAQDPG KFTEPVKDIM IKSLPALN |
-分子 #5: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-7w17: |