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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31106 | |||||||||
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タイトル | Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | |||||||||
マップデータ | The structure of Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | Chromatin remodeler complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen ZC / Chen KJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31106.map.gz | 8.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31106-v30.xml emd-31106.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31106.png | 89.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31106.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31106 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31106_validation.pdf.gz | 325.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31106_full_validation.pdf.gz | 325.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31106_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31106_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31106 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The structure of Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Chromatin remodeler complex SWI/SNF, Snf5 Finger Helix bound to t...
+超分子 #1: Chromatin remodeler complex SWI/SNF, Snf5 Finger Helix bound to t...
+超分子 #2: Snf5 Finger Helix
+超分子 #3: Histone
+超分子 #4: DNA
+分子 #1: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
+分子 #2: Histone H3.2
+分子 #3: Histone H4
+分子 #4: Histone H2A type 1
+分子 #5: Histone H2B 1.1
+分子 #6: DNA (235-MER)
+分子 #7: DNA (235-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 525389 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |