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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30134 | |||||||||
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タイトル | GP8 of Mature Bacteriophage T7 | |||||||||
マップデータ | Mature Protien GP8 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Portal / Bacteriophage / Mature / Transport / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / Portal protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen WY / Xiao H | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation. 著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30134.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30134-v30.xml emd-30134.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30134.png | 105.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30134.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30134 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30134_validation.pdf.gz | 369.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30134_full_validation.pdf.gz | 368.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30134_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30134_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30134 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mature Protien GP8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mature GP8
全体 | 名称: Mature GP8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mature GP8
超分子 | 名称: Mature GP8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
-分子 #1: Portal protein
分子 | 名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 59.173984 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAEKRTGLAE DGAKSVYERL KNDRAPYETR AQNCAQYTIP SLFPKDSDNA STDYQTPWQA VGARGLNNLA SKLMLALFPM QTWMRLTIS EYEAKQLLSD PDGLAKVDEG LSMVERIIMN YIESNSYRVT LFEALKQLVV AGNVLLYLPE PEGSNYNPMK L YRLSSYVV ...文字列: MAEKRTGLAE DGAKSVYERL KNDRAPYETR AQNCAQYTIP SLFPKDSDNA STDYQTPWQA VGARGLNNLA SKLMLALFPM QTWMRLTIS EYEAKQLLSD PDGLAKVDEG LSMVERIIMN YIESNSYRVT LFEALKQLVV AGNVLLYLPE PEGSNYNPMK L YRLSSYVV QRDAFGNVLQ MVTRDQIAFG ALPEDIRKAV EGQGGEKKAD ETIDVYTHIY LDEDSGEYLR YEEVEGMEVQ GS DGTYPKE ACPYIPIRMV RLDGESYGRS YIEEYLGDLR SLENLQEAIV KMSMISSKVI GLVNPAGITQ PRRLTKAQTG DFV TGRPED ISFLQLEKQA DFTVAKAVSD AIEARLSFAF MLNSAVQRTG ERVTAEEIRY VASELEDTLG GVYSILSQEL QLPL VRVLL KQLQATQQIP ELPKEAVEPT ISTGLEAIGR GQDLDKLERC VTAWAALAPM RDDPDINLAM IKLRIANAIG IDTSG ILLT EEQKQQKMAQ QSMQMGMDNG AAALAQGMAA QATASPEAMA AAADSVGLQP GI UniProtKB: Portal protein |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50000 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |