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- EMDB-25786: Refined capsid structure of human adenovirus D26 at 3.4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25786
タイトルRefined capsid structure of human adenovirus D26 at 3.4 A resolution
マップデータCropped version of the original cryo-EM map 928x928x928 pixels.
試料
  • 組織: Human adenovirus 26
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Fiber
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: PIX
    • タンパク質・ペプチド: PVIII
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Unknown fragment
キーワードHuman Adenovirus D26 HAdV-D26 Ad26 Hexon Penton base IX / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Minor capsid protein VI ...Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-protein VI / Pre-hexon-linking protein VIII / Fiber / Hexon protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Reddy VS / Yu X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146644 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of human adenovirus D26 reveals the conservation of structural organization among human adenoviruses.
著者: Xiaodi Yu / David Veesler / Melody G Campbell / Mary E Barry / Francisco J Asturias / Michael A Barry / Vijay S Reddy /
要旨: Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 ...Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 (HAdV-C5), human adenovirus D26 (HAdV-D26) belongs to species-D HAdVs, which target different cellular receptors, and is differentially recognized by immune surveillance mechanisms. HAdV-D26 is being championed as a lower seroprevalent vaccine and oncolytic vector in preclinical and human clinical studies. To understand the molecular basis for their distinct biological properties and independently validate the structures of minor proteins, we determined the first structure of species-D HAdV at 3.7 Å resolution by cryo-electron microscopy. All the hexon hypervariable regions (HVRs), including HVR1, have been identified and exhibit a distinct organization compared to those of HAdV-C5. Despite the differences in the arrangement of helices in the coiled-coil structures, protein IX molecules form a continuous hexagonal network on the capsid exterior. In addition to the structurally conserved region (3 to 300) of IIIa, we identified an extra helical domain comprising residues 314 to 390 that further stabilizes the vertex region. Multiple (two to three) copies of the cleaved amino-terminal fragment of protein VI (pVIn) are observed in each hexon cavity, suggesting that there could be ≥480 copies of VI present in HAdV-D26. In addition, a localized asymmetric reconstruction of the vertex region provides new details of the three-pronged "claw hold" of the trimeric fiber and its interactions with the penton base. These observations resolve the previous conflicting assignments of the minor proteins and suggest the likely conservation of their organization across different HAdVs.
履歴
登録2021年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
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  • 原子モデル: PDB-7tau
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7tau
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25786.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cropped version of the original cryo-EM map 928x928x928 pixels.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-32.776363000000003 - 54.450029999999998
平均 (標準偏差)-0.0555016 (±3.6922314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-415-415-415
サイズ832832832
Spacing832832832
セルA=B=C: 1089.9199 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z832832832
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1089.9201089.9201089.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-415-415-415
NC/NR/NS832832832
D min/max/mean-32.77654.450-0.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus 26

全体名称: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • 組織: Human adenovirus 26
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Fiber
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: PIX
    • タンパク質・ペプチド: PVIII
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Unknown fragment

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超分子 #1: Human adenovirus 26

超分子名称: Human adenovirus 26 / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Adenovirus
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)

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分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 107.218703 KDa
配列文字列: MATPSMMPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREATTYLY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNPSQWETKE KQGTTGGVQQ EKDVTKTFGV A ATGGINIT ...文字列:
MATPSMMPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREATTYLY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNPSQWETKE KQGTTGGVQQ EKDVTKTFGV A ATGGINIT NQGLLLGTDE TAENGKKDIY ADKTFQPEPQ VGEENWQENE AFYGGRALKK DTKMKPCYGS FARPTNEKGG QA KFKPVNE GEQPKDLDID FAYFDVPGGS PPAGGSGEEY KADIILYTEN VNLETPDTHV VYKPGTSDNS SEINLVQQSM PNR PNYIGF RDNFVGLMYY NSTGNMGVLA GQASQLNAVV DLQDRNTELS YQLLLDSLGD RTRYFSMWNS AVDSYDPDVR IIEN HGVED ELPNYCFPLN GTGTNSTYQG VKITNGNDGA EESEWEKDDA ISRQNQICKG NVYAMEINLQ ANLWKSFLYS NVALY LPDS YKYTPANVKL PANTNTYEYM NGRVVAPSLV DAYINIGARW SLDPMDNVNP FNHPRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMIL QSSLGNDLRV DGASVRFDSV NLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTHD QS FNDYLSAANM LYPIPAKATN VPISIPSRNW AAFRGWSFTR LKTKETPSLG SGFDPYFVYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V SIMFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML SHYNIGYQGF HVPEGYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDEIN YKDYKAVTLP FQHNNSGFTG YLAPTMRQGQ PYPANFPYPL IGQTAVPSVT QKKFLCDRVM WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNMLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYLL FEVFDVVRVH QPHRGVIEAV YLRTPFSAGN ATT

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #2: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 58.647703 KDa
配列文字列: MRRAVVSSSP PPSYESVMAQ ATLEVPFVPP RYMAPTEGRN SIRYSELAPQ YDTTRVYLVD NKSADIASLN YQNDHSNFLT TVVQNNDFT PAEASTQTIN FDERSRWGGD LKTILHTNMP NVNEYMFTSK FKARVMVSRK HPEGVVETDL SQDKLEYEWF E FTLPEGNF ...文字列:
MRRAVVSSSP PPSYESVMAQ ATLEVPFVPP RYMAPTEGRN SIRYSELAPQ YDTTRVYLVD NKSADIASLN YQNDHSNFLT TVVQNNDFT PAEASTQTIN FDERSRWGGD LKTILHTNMP NVNEYMFTSK FKARVMVSRK HPEGVVETDL SQDKLEYEWF E FTLPEGNF SETMTIDLMN NAILENYLQV GRQNGVLESD IGVKFDSRNF KLGWDPVTKL VMPGVYTYEA FHPDVVLLPG CG VDFTESR LSNLLGIRKK QPFQEGFRIM YEDLEGGNIP ALLDVPKYLE SKKKVEDETK NAAAATADTT TRGDTFATPA QET AADKKV EVLPIEKDES GRSYNLIQGT HDTLYRSWYL SYTYGDPEKG VQSWTLLTTP DVTCGAEQVY WSLPDLMQDP VTFR STQQV SNYPVVGAEL MPFRAKSFYN DLAVYSQLIR SYTSLTHVFN RFPDNQILCR PPAPTITTVS ENVPALTDHG TLPLR SSIR GVQRVTVTDA RRRTCPYVYK ALGIVAPRVL SSRTF

UniProtKB: Penton protein

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分子 #3: Fiber

分子名称: Fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 41.039184 KDa
配列文字列: MAKRLRVEDD FNPVYPYGYA RNQNIPFLTP PFVSSDGFKN FPPGVLSLKL ADPITINNGD VSLKVGGGLA VEQQTGNLSV NPDAPLQVA SDKLQLALAP PFEVRDGKLA LKAGNGLKVL DNSITGLTGL LNTLVVLTGR GIGTEELKND DGVTNKGVGL R VRLGDDGG ...文字列:
MAKRLRVEDD FNPVYPYGYA RNQNIPFLTP PFVSSDGFKN FPPGVLSLKL ADPITINNGD VSLKVGGGLA VEQQTGNLSV NPDAPLQVA SDKLQLALAP PFEVRDGKLA LKAGNGLKVL DNSITGLTGL LNTLVVLTGR GIGTEELKND DGVTNKGVGL R VRLGDDGG LTFDKKGDLV AWNKKDDRRT LWTTPDTSPN CKMSTEKDSK LTLTLTKCGS QVLGNVSLLA VTGEYHQMTA TT KKDVKIS LLFDENGILL PSSSLSKDYW NYRSDDSIVS QKYNNAVPFM PNLTAYPKPS AQNAKNYSRT KIISNVYLGA LTY QPVIIT IAFNQETENG CAYSITFTFT WQKDYSAQQF DVTSFTFSYL TQENKDKD

UniProtKB: Fiber

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分子 #4: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 62.201371 KDa
配列文字列: MSQQAPDPAI RAALQSQPSG LASDDWEAAM QRIMALTTRN PESFRQQPQA NRLSAILEAV VPSRTNPTHE KVLAIVNALA ENKAIRPDE AGLVYNALLE RVGRYNSTNV QSNLDRLVTD VREAVAQRER FKNEGLGSLV ALNAFLATQP ANVPRGQDDY T NFISALRL ...文字列:
MSQQAPDPAI RAALQSQPSG LASDDWEAAM QRIMALTTRN PESFRQQPQA NRLSAILEAV VPSRTNPTHE KVLAIVNALA ENKAIRPDE AGLVYNALLE RVGRYNSTNV QSNLDRLVTD VREAVAQRER FKNEGLGSLV ALNAFLATQP ANVPRGQDDY T NFISALRL MVTEVPQSEV YQSGPDYFFQ TSRQGLQTVN LSQAFKNLRG LWGVQAPVGD RSTVSSLLTP NSRLLLLLIA PF TDSGSVN RNSYLGHLLT LYREAIGQAQ VDEQTFQEIT SVSRALGQND TDSLRATLNF LLTNRQQKIP AQYALSAEEE RIL RYVQQS VGLFLMQEGA TPSAALDMTA RNMEPSMYAA NRPFINKLMD YLHRAAAMNT DYFTNAILNP HWLPPPGFYT GEYD MPDPN DGFLWDDVDS AVFSPTFQKR QEAPPSEGAV GRSPFPSLGS LHSLPGSVNS GRVSRPRLLG EDEYLNDSLL QPPRA KNAM ANNGIESLVD KLNRWKTYAQ DHRDAPAPRR QRHDRQRGLV WDDEDSADDS SVLDLGGSGG VNPFAHLQPK LGRRMF

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa

-
分子 #5: PIX

分子名称: PIX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 13.800377 KDa
配列文字列:
MNGTGGAFEG GLFSPYLTTR LPGWAGVRQN VMGSTVDGRP VLPANSSTMT YATVGNSSLD STAAAAAAAA AMTATRLASS YMPSSGSSP SVPSSIIAEE KLLALLAELE ALSRQLAALT QQVSELREQQ QQQNK

UniProtKB: Hexon-interlacing protein

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分子 #6: PVIII

分子名称: PVIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 24.633643 KDa
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRSH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRSH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY LTLQSSSSEP RSGGIGTLQF VEEFVPSVYF NPFSGSPGLY PDEFIPNFDA VREAVDGYD

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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分子 #7: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 25.546086 KDa
配列文字列: MEDINFASLA PRHGTRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFNWSSV WSGLKNFGST LRTYGNKAWN SSTGQLLREK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAV QREINSRLDP RPPTVVEMED ATLPPPKGEK RPRPDAEETI LQVDEPPSYE EAVKAGMPTT R IIAPLATG ...文字列:
MEDINFASLA PRHGTRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFNWSSV WSGLKNFGST LRTYGNKAWN SSTGQLLREK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAV QREINSRLDP RPPTVVEMED ATLPPPKGEK RPRPDAEETI LQVDEPPSYE EAVKAGMPTT R IIAPLATG VMKPATLDLP PPPAPAPPKA TPVVQAPPVA TAVRRVPARR QAQNWQSTLH SIVGLGVKSL KRRRCY

UniProtKB: Pre-protein VI

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分子 #8: Unknown fragment

分子名称: Unknown fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 1.294587 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8.1 / 構成要素 - 濃度: 40.0 mM / 構成要素 - 式: Tris / 構成要素 - 名称: Tris / 詳細: 40 mM Tris pH 8.1 300 mM NaCl 10 mM CaCl2
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging.
詳細Gradient purified virus

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 37026
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5tx1

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 30834
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tx1


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 150 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7tau:
Refined capsid structure of human adenovirus D26 at 3.4 A resolution

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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