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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23914 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody B1-182.1 that targets the receptor-binding domain | |||||||||
マップデータ | Local refinement | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou T / Tsybovsky T / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Ultrapotent antibodies against diverse and highly transmissible SARS-CoV-2 variants. 著者: Lingshu Wang / Tongqing Zhou / Yi Zhang / Eun Sung Yang / Chaim A Schramm / Wei Shi / Amarendra Pegu / Olamide K Oloniniyi / Amy R Henry / Samuel Darko / Sandeep R Narpala / Christian Hatcher ...著者: Lingshu Wang / Tongqing Zhou / Yi Zhang / Eun Sung Yang / Chaim A Schramm / Wei Shi / Amarendra Pegu / Olamide K Oloniniyi / Amy R Henry / Samuel Darko / Sandeep R Narpala / Christian Hatcher / David R Martinez / Yaroslav Tsybovsky / Emily Phung / Olubukola M Abiona / Avan Antia / Evan M Cale / Lauren A Chang / Misook Choe / Kizzmekia S Corbett / Rachel L Davis / Anthony T DiPiazza / Ingelise J Gordon / Sabrina Helmold Hait / Tandile Hermanus / Prudence Kgagudi / Farida Laboune / Kwanyee Leung / Tracy Liu / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Laura Novik / Sarah O'Connell / Sijy O'Dell / Adam S Olia / Stephen D Schmidt / Tyler Stephens / Christopher D Stringham / Chloe Adrienna Talana / I-Ting Teng / Danielle A Wagner / Alicia T Widge / Baoshan Zhang / Mario Roederer / Julie E Ledgerwood / Tracy J Ruckwardt / Martin R Gaudinski / Penny L Moore / Nicole A Doria-Rose / Ralph S Baric / Barney S Graham / Adrian B McDermott / Daniel C Douek / Peter D Kwong / John R Mascola / Nancy J Sullivan / John Misasi / 要旨: The emergence of highly transmissible SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that are resistant to therapeutic antibodies highlights the need for continuing discovery of broadly reactive antibodies. ...The emergence of highly transmissible SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that are resistant to therapeutic antibodies highlights the need for continuing discovery of broadly reactive antibodies. We identified four receptor binding domain-targeting antibodies from three early-outbreak convalescent donors with potent neutralizing activity against 23 variants, including the B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.429, B.1.526, and B.1.617 VOCs. Two antibodies are ultrapotent, with subnanomolar neutralization titers [half-maximal inhibitory concentration (IC) 0.3 to 11.1 nanograms per milliliter; IC 1.5 to 34.5 nanograms per milliliter). We define the structural and functional determinants of binding for all four VOC-targeting antibodies and show that combinations of two antibodies decrease the in vitro generation of escape mutants, suggesting their potential in mitigating resistance development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23914.map.gz | 266 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23914-v30.xml emd-23914.xml | 23.8 KB 23.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23914.png | 92.2 KB | ||
マスクデータ | emd_23914_msk_1.map | 536.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23914_additional_1.map.gz emd_23914_half_map_1.map.gz emd_23914_half_map_2.map.gz | 505.9 MB 498.4 MB 498.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23914 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23914 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23914_validation.pdf.gz | 956.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23914_full_validation.pdf.gz | 955.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23914_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23914_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23914 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23914 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23914.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.873 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23914_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement
ファイル | emd_23914_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local refinement
ファイル | emd_23914_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local refinement
ファイル | emd_23914_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody B1-182.1
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody B1-182.1 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody B1-182.1
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody B1-182.1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Local refinement of data collected for the complex made by mixing the SARS-CoV-2 spike protein and Fab fragment of antibody at a molar ratio of 1:3.6. Used particle substraction to obtain RBD- ...詳細: Local refinement of data collected for the complex made by mixing the SARS-CoV-2 spike protein and Fab fragment of antibody at a molar ratio of 1:3.6. Used particle substraction to obtain RBD-Fab portion for refinement. |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 539.951 KDa |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.100756 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN NLDSKVGGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGSTP CNGVEGFNCY F PLQSYGFQ ...文字列: NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN NLDSKVGGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGSTP CNGVEGFNCY F PLQSYGFQ PTNGVGYQPY RVVVLSFELL HAPATVCGP |
-分子 #2: B1-182.1 Fab heavy chain
分子 | 名称: B1-182.1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.285312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSGGSCFDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFTFT SSAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP YCSGGSCFDG FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK |
-分子 #3: B1-182.1 Fab light chain
分子 | 名称: B1-182.1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.536008 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGFP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGFP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 100 mM HEPES, 150 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds before plugging.. |
詳細 | Complex at 0.5 mg/mL concentration in the presence of 0.005% DDM |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |