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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23804 | |||||||||
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タイトル | Drug-free A. baumannii MsbA | |||||||||
マップデータ | Drug-free A. baumannii MsbA | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Thelot F / Liao M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Distinct allosteric mechanisms of first-generation MsbA inhibitors. 著者: François A Thélot / Wenyi Zhang / KangKang Song / Chen Xu / Jing Huang / Maofu Liao / 要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their ...ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their mechanisms of modulation by small-molecule inhibitors remain largely unknown. Two first-generation inhibitors of the MsbA transporter, tetrahydrobenzothiophene 1 (TBT1) and G247, induce opposite effects on ATP hydrolysis. Using single-particle cryo–electron microscopy and functional assays, we show that TBT1 and G247 bind adjacent yet separate pockets in the MsbA transmembrane domains. Two TBT1 molecules asymmetrically occupy the substrate-binding site, which leads to a collapsed inward-facing conformation with decreased distance between the nucleotide-binding domains (NBDs). By contrast, two G247 molecules symmetrically increase NBD distance in a wide inward-open state of MsbA. The divergent mechanisms of action of these MsbA inhibitors provide important insights into ABC transporter pharmacology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23804.map.gz | 5.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23804-v30.xml emd-23804.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23804.png | 80.2 KB | ||
その他 | emd_23804_additional_1.map.gz | 19.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23804 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23804 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23804_validation.pdf.gz | 307.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23804_full_validation.pdf.gz | 306.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23804_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23804_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23804 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23804 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ritMC 7metC 7mewC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10801 (タイトル: Drug-free A. baumannii MsbA / Data size: 268.4 Data #1: motion-corrected micrographs for drug-free A. baumannii MsbA [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Drug-free A. baumannii MsbA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unfiltered, unsharpened map for drug-free A. baumannii MsbA
ファイル | emd_23804_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered, unsharpened map for drug-free A. baumannii MsbA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Drug-free A. baumannii MsbA
全体 | 名称: Drug-free A. baumannii MsbA |
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要素 |
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-超分子 #1: Drug-free A. baumannii MsbA
超分子 | 名称: Drug-free A. baumannii MsbA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25417 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |