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- EMDB-21121: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21121
タイトルcryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)
マップデータhalf map 2
試料
  • 複合体: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G-binding protein G,Cullin-5
    • タンパク質・ペプチド: RING-box protein 2
  • リガンド: ZINC ION
キーワードE3 Ubiquitin Ligase / RING-box protein / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


radial glia guided migration of Purkinje cell / cerebral cortex radially oriented cell migration / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / ERBB2 signaling pathway / reelin-mediated signaling pathway / regulation of neuron migration / Neddylation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K11-linked ubiquitination ...radial glia guided migration of Purkinje cell / cerebral cortex radially oriented cell migration / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / ERBB2 signaling pathway / reelin-mediated signaling pathway / regulation of neuron migration / Neddylation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K11-linked ubiquitination / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / IgG binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / site of DNA damage / cullin family protein binding / apoptotic mitochondrial changes / intrinsic apoptotic signaling pathway / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / RING-type E3 ubiquitin transferase / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / calcium channel activity / Evasion by RSV of host interferon responses / Downregulation of ERBB2 signaling / ubiquitin-protein transferase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / signaling receptor activity / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / Cullin-5 / RING-box protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Komives EA / Lumpkin RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1817774 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and dynamics of the ASB9 CUL-RING E3 Ligase.
著者: Ryan J Lumpkin / Richard W Baker / Andres E Leschziner / Elizabeth A Komives /
要旨: The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18- ...The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18-member ankyrin and SOCS box (ASB) family is the largest substrate receptor family. Here we report cryo-EM data for the substrate, creatine kinase (CKB) bound to ASB9-ELOB/C, and for full-length CUL5 bound to the RING protein, RBX2, which binds various E2s. To date, no full structures are available either for a substrate-bound ASB nor for CUL5. Hydrogen-deuterium exchange (HDX-MS) mapped onto a full structural model of the ligase revealed long-range allostery extending from the substrate through CUL5. We propose a revised allosteric mechanism for how CUL-E3 ligases function. ASB9 and CUL5 behave as rigid rods, connected through a hinge provided by ELOB/C transmitting long-range allosteric crosstalk from the substrate through CUL5 to the RBX2 flexible linker.
履歴
登録2019年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v9i
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈half map 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 232. Å		1.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 232. Å		1.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 232. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.4154094 - 1.7585512
平均 (標準偏差)0.0060616485 (±0.07242459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 232.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z232.000232.000232.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.4151.7590.006

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添付データ

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追加マップ: unfiltered map

ファイルemd_21121_additional.map
注釈unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_21121_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unfiltered map

ファイルemd_21121_half_map_2.map
注釈unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)

全体名称: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)
要素
  • 複合体: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G-binding protein G,Cullin-5
    • タンパク質・ペプチド: RING-box protein 2
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)

超分子名称: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Immunoglobulin G-binding protein G,Cullin-5

分子名称: Immunoglobulin G-binding protein G,Cullin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.4565 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMEYKLI LNGKTLKGET TTEAVDAATA EKVFKQYAND NGVDGEWTYD DATKTFTVTE IPTTENLYFQ GEFMATSNL LKNKGSLQFE DKWDFMRPIV LKLLRQESVT KQQWFDLFSD VHAVCLWDDK GPAKIHQALK EDILEFIKQA Q ARVLSHQD ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMEYKLI LNGKTLKGET TTEAVDAATA EKVFKQYAND NGVDGEWTYD DATKTFTVTE IPTTENLYFQ GEFMATSNL LKNKGSLQFE DKWDFMRPIV LKLLRQESVT KQQWFDLFSD VHAVCLWDDK GPAKIHQALK EDILEFIKQA Q ARVLSHQD DTALLKAYIV EWRKFFTQCD ILPKPFCQLE ITLMGKQGSN KKSNVEDSIV RKLMLDTWNE SIFSNIKNRL QD SAMKLVH AERLGEAFDS QLVIGVRESY VNLCSNPEDK LQIYRDNFEK AYLDSTERFY RTQAPSYLQQ NGVQNYMKYA DAK LKEEEK RALRYLETRR ECNSVEALME CCVNALVTSF KETILAECQG MIKRNETEKL HLMFSLMDKV PNGIEPMLKD LEEH IISAG LADMVAAAET ITTDSEKYVE QLLTLFNRFS KLVKEAFQDD PRFLTARDKA YKAVVNDATI FKLELPLKQK GVGLK TQPE SKCPELLANY CDMLLRKTPL SKKLTSEEIE AKLKEVLLVL KYVQNKDVFM RYHKAHLTRR LILDISADSE IEENMV EWL REVGMPADYV NKLARMFQDI KVSEDLNQAF KEMHKNNKLA LPADSVNIKI LNAGAWSRSS EKVFVSLPTE LEDLIPE VE EFYKKNHSGR KLHWHHLMSN GIITFKNEVG QYDLEVTTFQ LAVLFAWNQR PREKISFENL KLATELPDAE LRRTLWSL V AFPKLKRQVL LYEPQVNSPK DFTEGTLFSV NQEFSLIKNA KVQKRGKINL IGRLQLTTER MREEENEGIV QLRILRTQE AIIQIMKMRK KISNAQLQTE LVEILKNMFL PQKKMIKEQI EWLIEHKYIR RDESDINTFI YMA

UniProtKB: Immunoglobulin G-binding protein G, Cullin-5

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分子 #2: RING-box protein 2

分子名称: RING-box protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.7215 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MADVEDGEEP CVLSSHSGSA GSKSGGDKMF SLKKWNAVAM WSWDVECDTC AICRVQVMDA CLRCQAENKQ EDCVVVWGEC NHSFHNCCM SLWVKQNNRC PLCQQDWVVQ RIGK

UniProtKB: RING-box protein 2

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot time, blot force 20.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generation in cryoSPARC v2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC v2 / 使用した粒子像数: 46877
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC v2.

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4jgh

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3dpl

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6v9i:
cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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