[日本語] English
万見
- PDB-4jgh: Structure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgh
タイトルStructure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal fragment of Cullin5
要素
  • Cullin-5
  • Suppressor of cytokine signaling 2
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
キーワードLIGASE / Cullin-RING E3 ubiquitin ligases / Ubiquitination / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ERBB2 signaling pathway / phosphorylation-dependent protein binding ...TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ERBB2 signaling pathway / phosphorylation-dependent protein binding / regulation of neuron migration / Neddylation / cytokine receptor binding / reelin-mediated signaling pathway / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / growth hormone receptor binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K11-linked ubiquitination / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of multicellular organism growth / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / site of DNA damage / mammary gland alveolus development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of signal transduction / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of signal transduction / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / lactation / Negative regulation of FLT3 / Interleukin-7 signaling / positive regulation of neuron differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / regulation of cell growth / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / calcium channel activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / Downregulation of ERBB2 signaling / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / response to estradiol / signaling receptor activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / Cullin Repeats / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / 5 helical Cullin repeat like / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. ...SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / Cullin Repeats / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / 5 helical Cullin repeat like / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Elongin-C / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 2 / Elongin-B / Elongin-C / Cullin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, Y.K. / Kwak, M.J. / Ku, B. / Suh, H.Y. / Joo, K. / Lee, J. / Jung, J.U. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural basis of intersubunit recognition in elongin BC-cullin 5-SOCS box ubiquitin-protein ligase complexes.
著者: Kim, Y.K. / Kwak, M.J. / Ku, B. / Suh, H.Y. / Joo, K. / Lee, J. / Jung, J.U. / Oh, B.H.
履歴
登録2013年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1
D: Cullin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8784
ポリマ－87,8784
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area35930 Å2
手法PISA
2
D: Cullin-5

A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8784
ポリマ－87,8784
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation7_544-x+1/2,y-1/2,-z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area35950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.849, 141.456, 182.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 2 / SOCS-2 / Cytokine-inducible SH2 protein 2 / CIS-2 / STAT-induced STAT inhibitor 2 / SSI-2


分子量: 19812.828 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 32-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIS2, Homo sapiens, SOCS2, SSI2, STATI2 / プラスミド: pProEx HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14508
#2: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 13185.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mus musculus, Tceb2 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62869
#3: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / ...Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Stromal membrane-associated protein SMAP1B homolog


分子量: 10869.457 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mus musculus, Tceb1 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83940
#4: タンパク質 Cullin-5 / CUL-5 / Vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor 1 / VACM-1


分子量: 44010.363 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 10-386 / Mutation: V341R, L345D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL5, Homo sapiens, VACM1 / プラスミド: pET22b-CPD10H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q93034
配列の詳細THIS DISCREPANCY ARISES FROM THE TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 (MUS MUSCULUS) OF NP_080581

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.81 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25 M sodium citrate and 18 % (w/v) PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射モノクロメーター: K-B mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 35501 / Num. obs: 34527 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 12.8 / Observed criterion σ(I): 165.9 / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C9W (for SOCS2-Elongin BC) and 2WZK (for Cul5)

2c9w

2wzk


解像度: 3→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.248 3405 5% Random
Rwork0.225 --
all0.225 34151 -
obs0.225 30746 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5902 0 0 0 5902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.1
LS精密化 シェル最高解像度: 3 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る