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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21024 | |||||||||
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タイトル | Single-particle cryo-EM reconstruction of mouse heavy chain apoferritin at 200 keV | |||||||||
![]() | Single-particle cryo-EM reconstruction of mouse heavy chain apoferritin using 200 keV | |||||||||
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![]() | homo-24-mer / storage / globular / METAL BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
![]() | Wu M / Lander GC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sub-2 Angstrom resolution structure determination using single-particle cryo-EM at 200 keV. 著者: Mengyu Wu / Gabriel C Lander / Mark A Herzik / ![]() 要旨: Although the advent of direct electron detectors (DEDs) and software developments have enabled the routine use of single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) for structure determination ...Although the advent of direct electron detectors (DEDs) and software developments have enabled the routine use of single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) for structure determination of well-behaved specimens to high-resolution, there nonetheless remains a discrepancy between the resolutions attained for biological specimens and the information limits of modern transmission electron microscopes (TEMs). Instruments operating at 300 kV equipped with DEDs are the current paradigm for high-resolution single-particle cryo-EM, while 200 kV TEMs remain comparatively underutilized for purposes beyond sample screening. Here, we expand upon our prior work and demonstrate that one such 200 kV microscope, the Talos Arctica, equipped with a K2 DED is capable of determining structures of macromolecules to as high as ∼1.7 Å resolution. At this resolution, ordered water molecules are readily assigned and holes in aromatic residues can be clearly distinguished in the reconstructions. This work emphasizes the utility of 200 kV electrons for high-resolution single-particle cryo-EM and applications such as structure-based drug design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 201.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 243.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 165.9 MB 166.3 MB 166.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 982 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 981.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6v21MC ![]() 6v20C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 549.5 Data #1: Mouse heavy-chain apoferritin movies obtained using a Talos Arctica (200 kV) equipped with a K2 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM reconstruction of mouse heavy chain apoferritin using 200 keV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.562 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_21024_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Even half map
ファイル | emd_21024_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Odd half map
ファイル | emd_21024_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Heavy chain apoferritin from mouse
全体 | 名称: Heavy chain apoferritin from mouse |
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要素 |
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-超分子 #1: Heavy chain apoferritin from mouse
超分子 | 名称: Heavy chain apoferritin from mouse / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3)pLys cells |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 505 KDa |
-分子 #1: Ferritin heavy chain
分子 | 名称: Ferritin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 20.304818 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SPSQVRQNYH QDAEAAINRQ INLELYASYV YLSMSCYFDR DDVALKNFAK YFLHQSHEER EHAEKLMKLQ NQRGGRIFLQ DIKKPDRDD WESGLNAMEC ALHLEKSVNQ SLLELHKLAT DKNDPHLCDF IETYYLSEQV KSIKELGDHV TNLRKMGAPE A GMAEYLFD KHTLGH UniProtKB: Ferritin heavy chain |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1783 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 15 Watts | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 3 uL of sample/grid was manually blotted for 4 seconds prior to immediate plunge-freezing in liquid nitrogen-cooled ethane.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-90 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1759 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 詳細: Images were collected using stage position navigation to target exposure. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 73000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |