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- EMDB-1761: Single particle analysis of PSD-95 in negative stain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1761
タイトルSingle particle analysis of PSD-95 in negative stain
マップデータ3d map of PSD-95
試料
  • 試料: Rat PSD-95
  • タンパク質・ペプチド: PSD-95
キーワードScaffold protein / Membrane associated Guanylate Kinase / PDZ / SH3
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / positive regulation of neuron projection arborization ...RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / embryo development / receptor localization to synapse / cerebellar mossy fiber / cellular response to potassium ion / protein localization to synapse / vocalization behavior / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / dendritic branch / neuron spine / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / AMPA glutamate receptor clustering / juxtaparanode region of axon / dendritic spine morphogenesis / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / dendritic spine organization / neuron projection terminus / acetylcholine receptor binding / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of synapse assembly / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of NMDA receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / cortical cytoskeleton / locomotory exploration behavior / regulation of neuronal synaptic plasticity / kinesin binding / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / social behavior / AMPA glutamate receptor complex / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / D1 dopamine receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / beta-2 adrenergic receptor binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / cell periphery / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / ionotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization / neuromuscular junction / cerebral cortex development / kinase binding / cell-cell adhesion / cell-cell junction / synaptic vesicle / cell junction / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / scaffold protein binding / postsynapse / protein-containing complex assembly / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / protein phosphatase binding / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Disks large 1-like / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. ...Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Disks large 1-like / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Disks large homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.9 Å
データ登録者Fomina S / Howard TD / Sleator OK / Golovanova M / O'Ryan L / Leyland M / Grossmann JG / Collins RF / Prince SM
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2011
タイトル: Self-directed assembly and clustering of the cytoplasmic domains of inwardly rectifying Kir2.1 potassium channels on association with PSD-95.
著者: Svetlana Fomina / Tina D Howard / Olivia K Sleator / Marina Golovanova / Liam O'Ryan / Mark L Leyland / J Günter Grossmann / Richard F Collins / Stephen M Prince /
要旨: The interaction of the extra-membranous domain of tetrameric inwardly rectifying Kir2.1 ion channels (Kir2.1NC(4)) with the membrane associated guanylate kinase protein PSD-95 has been studied using ...The interaction of the extra-membranous domain of tetrameric inwardly rectifying Kir2.1 ion channels (Kir2.1NC(4)) with the membrane associated guanylate kinase protein PSD-95 has been studied using Transmission Electron Microscopy in negative stain. Three types of complexes were observed in electron micrographs corresponding to a 1:1 complex, a large self-enclosed tetrad complex and extended chains of linked channel domains. Using models derived from small angle X-ray scattering experiments in which high resolution structures from X-ray crystallographic and Nuclear Magnetic Resonance studies are positioned, the envelopes from single particle analysis can be resolved as a Kir2.1NC(4):PSD-95 complex and a tetrad of this unit (Kir2.1NC(4):PSD-95)(4). The tetrad complex shows the close association of the Kir2.1 cytoplasmic domains and the influence of PSD-95 mediated self-assembly on the clustering of these channels.
履歴
登録2010年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年3月11日-
マップ公開2011年7月14日-
更新2012年9月19日-
現状2012年9月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-2xkx
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image1761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3d map of PSD-95
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.667 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.88844132 - 3.87746572
平均 (標準偏差)0.0 (±0.303009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-24-24-24
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 176.016 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.6673.6673.667
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z176.016176.016176.016
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ454586
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-1.8883.8770.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rat PSD-95

全体名称: Rat PSD-95
要素
  • 試料: Rat PSD-95
  • タンパク質・ペプチド: PSD-95

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超分子 #1000: Rat PSD-95

超分子名称: Rat PSD-95 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 95 KDa / 理論値: 78 KDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: PSD-95

分子名称: PSD-95 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PSD-95 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Norway Rat / 細胞中の位置: Membrane
分子量実験値: 95 KDa / 理論値: 78 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX-6P
配列GO: neuronal ion channel clustering / InterPro: Disks large 1-like

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris/HCl, 5mM DTT, 1mM EDTA,
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were adsorbed onto freshly glow discharged carbon film grids. Sample solution was pipetted into the grid followed by blotting, de-ionized water was then applied for 10s followed by ...詳細: Samples were adsorbed onto freshly glow discharged carbon film grids. Sample solution was pipetted into the grid followed by blotting, de-ionized water was then applied for 10s followed by blotting, 2%w/v Uranyl Acetate solution was applied followed by a final blotting step.
グリッド詳細: 400 mesh Copper
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 10
詳細Low dose
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 2 / 詳細: none / Od range: 2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 43000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER

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画像解析

詳細Particles selected using model based picking using an ab-initio model from Small angle X-ray scattering
CTF補正詳細: Paramters determined using Scattering curve
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 7854
最終 2次元分類クラス数: 84

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1iu0

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Model assembled using SAXS refinement and docked
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xkx:
Single particle analysis of PSD-95 in negative stain

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1qlc

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Model assembled using SAXS refinement and docked
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xkx:
Single particle analysis of PSD-95 in negative stain

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1tp5

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Model assembled using SAXS refinement and docked
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xkx:
Single particle analysis of PSD-95 in negative stain

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

1kjw

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Model assembled using SAXS refinement and docked
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xkx:
Single particle analysis of PSD-95 in negative stain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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