PDB-4lhp: Crystal Structure of Native FG41Malonate Semialdehyde Decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lhp

タイトル

Crystal Structure of Native FG41Malonate Semialdehyde Decarboxylase

要素

FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

キーワード

ISOMERASE / The tautomerase Superfamily / beta-alpha-beta-motif

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
類似検索 - 分子機能

生物種

coryneform bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Guo, Y. / Serrano, H. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Kinetic, Mutational, and Structural Analysis of Malonate Semialdehyde Decarboxylase from Coryneform Bacterium Strain FG41: Mechanistic Implications for the Decarboxylase and Hydratase Activities.
著者: Guo, Y. / Serrano, H. / Poelarends, G.J. / Johnson, W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.

履歴

登録	2013年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月26日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lhp.cif.gz	321.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lhp.ent.gz	262.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lhp_validation.pdf.gz	523.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lhp_full_validation.pdf.gz	535.3 KB	表示
XML形式データ	4lhp_validation.xml.gz	67.8 KB	表示
CIF形式データ	4lhp_validation.cif.gz	94.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mjzC 3mlcC 4lhoC 2aalS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lho-2 3mjz-2 3mjz-1 3mjz-3 3mjz-4 3mlc-3 4lho-3 3mlc-2 4lho-1 4v1s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

B: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

C: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

F: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

G: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

H: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

I: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

J: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

K: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

L: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

ヘテロ分子

176 kDa, 12 ポリマー
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1

A: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

B: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

C: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 3 ポリマー
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2

D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

F: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 3 ポリマー
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3

G: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

H: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

I: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 3 ポリマー
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4

J: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

K: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

L: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.955, 94.692, 190.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase 分子量: 14562.349 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア) 株: FG41 / プラスミド: pET-3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) 参照: UniProt: F2Z288, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3 micro liter of protein solution (20.5 mg/mL in 10 mM sodium phosphate buffer, pH 8) mixed with 3 micro liter crystallization solution (0.1 M HEPES-Na buffer, pH 7.5, 2% v/v polyethylene ...詳細: 3 micro liter of protein solution (20.5 mg/mL in 10 mM sodium phosphate buffer, pH 8) mixed with 3 micro liter crystallization solution (0.1 M HEPES-Na buffer, pH 7.5, 2% v/v polyethylene glycol 400, 2.0 M ammonium sulfate), Sitting drop, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3 micro liter of protein solution (20.5 mg/mL in 10 mM sodium phosphate buffer, pH 8) mixed with 3 micro liter crystallization solution (0.1 M HEPES-Na buffer, pH 7.5, 2% v/v polyethylene ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月22日
放射	モノクロメーター: BLUE MAX-FLUX OPTICAL SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 96503 / Num. obs: 91098 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.154

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
CaspR		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CaspR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AAL

2aal

解像度: 2.02→40.826 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2411	4560	5.01 %	Random
R_work	0.1936	-	-	-
obs	0.196	91098	85.81 %	-
all	-	95653	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→40.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11805	0	70	1173	13048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.764	16539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.742	4235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0199-2.0429	0.3	154	0.2493	2724	X-RAY DIFFRACTION	83
2.0429-2.0669	0.3308	168	0.2398	3052	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0669-2.0921	0.2811	164	0.2331	2984	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0921-2.1186	0.2973	151	0.2362	3023	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1186-2.1464	0.2751	136	0.23	2985	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1464-2.1759	0.3315	170	0.2258	2947	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1759-2.2069	0.3109	150	0.2293	2922	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2069-2.2399	0.2855	145	0.2167	2944	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2399-2.2749	0.3045	140	0.2111	2852	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2749-2.3122	0.2585	149	0.1979	2854	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3122-2.352	0.2738	132	0.2046	2870	X-RAY DIFFRACTION	85
2.352-2.3948	0.2483	128	0.2005	2801	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3948-2.4409	0.2757	167	0.1952	2756	X-RAY DIFFRACTION	83
2.4409-2.4907	0.2523	148	0.1917	2747	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4907-2.5448	0.2528	149	0.1891	2736	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5448-2.604	0.2679	145	0.1923	2709	X-RAY DIFFRACTION	81
2.604-2.6691	0.247	146	0.1964	2687	X-RAY DIFFRACTION	81
2.6691-2.7413	0.2723	133	0.2065	2680	X-RAY DIFFRACTION	80
2.7413-2.8219	0.2642	134	0.2014	2638	X-RAY DIFFRACTION	78
2.8219-2.913	0.2415	140	0.1975	2613	X-RAY DIFFRACTION	78
2.913-3.0171	0.2399	153	0.1944	2575	X-RAY DIFFRACTION	77
3.0171-3.1378	0.2425	139	0.2006	2594	X-RAY DIFFRACTION	77
3.1378-3.2806	0.2193	137	0.1973	2596	X-RAY DIFFRACTION	77
3.2806-3.4534	0.2692	133	0.1914	2642	X-RAY DIFFRACTION	78
3.4534-3.6697	0.2196	134	0.1781	2769	X-RAY DIFFRACTION	81
3.6697-3.9528	0.1983	164	0.1655	3039	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9528-4.3502	0.1699	181	0.1445	3341	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3502-4.9787	0.1599	188	0.1462	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9787-6.269	0.2348	191	0.1936	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
6.269-40.8341	0.2522	191	0.236	3584	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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