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- PDB-3mlc: Crystal structure of FG41MSAD inactivated by 3-chloropropiolate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlc
タイトルCrystal structure of FG41MSAD inactivated by 3-chloropropiolate
要素FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
キーワードISOMERASE / Tautomerase superfamily / Malonate Semialdehyde Decarboxylase / Beta-alpha-beta-motif / Coryneform bacterium FG41
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
類似検索 - 分子機能
Tautomerase, MSAD family / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-chloro-3-oxopropanoic acid / FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Coryneform bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.224 Å
データ登録者Guo, Y. / Serrano, H. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Kinetic, Mutational, and Structural Analysis of Malonate Semialdehyde Decarboxylase from Coryneform Bacterium Strain FG41: Mechanistic Implications for the Decarboxylase and Hydratase Activities.
著者: Guo, Y. / Serrano, H. / Poelarends, G.J. / Johnson, W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32013年12月18日Group: Database references
改定 1.42014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.52017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
B: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
C: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,42410
ポリマ－72,8125
非ポリマー6135
水8,755486
1
A: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
B: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
C: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0556
ポリマ－43,6873
非ポリマー3683
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
2
D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

D: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0556
ポリマ－43,6873
非ポリマー3683
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area8400 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
3
E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子

E: FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0556
ポリマ－43,6873
非ポリマー3683
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area8310 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.227, 144.227, 144.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-183-

HOH

21E-403-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
FG41 Malonate Semialdehyde Decarboxylase


分子量: 14562.349 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coryneform bacterium (バクテリア)
株: FG41 / プラスミド: pET-3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3)
参照: UniProt: F2Z288*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-PR6 / 3-chloro-3-oxopropanoic acid / マロン酸1-クロリド


分子量: 122.507 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3ClO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3 micro liter of protein solution (24.5 mg/mL in 10 mM sodium phosphate buffer, pH 8) mixed with 3 micro liter crystallization solution (0.1 M Tris hydrochloride buffer, pH 8.5, 2.0 M mono- ...詳細: 3 micro liter of protein solution (24.5 mg/mL in 10 mM sodium phosphate buffer, pH 8) mixed with 3 micro liter crystallization solution (0.1 M Tris hydrochloride buffer, pH 8.5, 2.0 M mono-ammonium dihydrogen phosphate), Sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月25日
放射モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→102.06 Å / Num. obs: 47735 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 33.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / % possible all: 55.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MJZ

3mjz


解像度: 2.224→102.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 6.372 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27504 2398 5 %RANDOM
Rwork0.22394 ---
obs0.2265 45095 96.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.224→102.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4911 0 30 486 5427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.9496856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0465635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43823230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.98315763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6431548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.22403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7331.53299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21725185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15831907
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2584.51671
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.224→2.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 110 -
Rwork0.384 2076 -
obs--60.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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