PDB-3g5p: Structure and activity of human mitochondrial peptide deformylase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g5p

タイトル

Structure and activity of human mitochondrial peptide deformylase, a novel cancer target

要素

Peptide deformylase, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / PEPTIDE DEFORMYLASE / HUMAN / MITOCHONDRIA / Iron / Metal-binding / Mitochondrion / Protein biosynthesis / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / : / translation / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Escobar-Alvarez, S. / Goldgur, Y. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Li, Y. / Scheinberg, D.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and activity of human mitochondrial peptide deformylase, a novel cancer target
著者: Escobar-Alvarez, S. / Goldgur, Y. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Li, Y. / Scheinberg, D.A.

履歴

登録	2009年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g5p.cif.gz	171.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g5p.ent.gz	135 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g5p_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g5p_full_validation.pdf.gz	476.8 KB	表示
XML形式データ	3g5p_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	3g5p_validation.cif.gz	54.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/3g5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/3g5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g5kC 1zxzS 1g2a 1ix1 1lqw 1zy0 1zy1 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3g5k-1 4hwo-d 4hwp-d 2bc4-3 1evl-1 7jsl-d 2wye-d 3uh0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptide deformylase, mitochondrial

B: Peptide deformylase, mitochondrial

C: Peptide deformylase, mitochondrial

D: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

83.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptide deformylase, mitochondrial

B: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Peptide deformylase, mitochondrial

D: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
83.6 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

D: Peptide deformylase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.332, 77.825, 111.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peptide deformylase, mitochondrial / Polypeptide deformylase 分子量: 20653.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDF, PDF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HBH1, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC, 0,1 M SODIUM CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97922 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 99992 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.061
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / R_sym value: 0.38 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZXZ

1zxz

解像度: 1.7→37.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.855 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18697	5136	5 %	RANDOM
R_work	0.16111	-	-	-
obs	0.16241	97531	99.64 %	-
all	-	100609	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5780	0	44	715	6539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	5940
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.239	1.971	8064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.94	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.961	22.394	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.203	15	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.089	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.196	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.508	1.5	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.736	2	5940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.15	3	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.672	4.5	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.748 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	347	-
R_work	0.213	6962	-
obs	-	-	96.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0581	0.0289	0.0743	0.4709	-0.2318	0.5715	-0.0091	0.0096	0.0125	-0.0357	-0.0169	-0.004	-0.0573	0.0447	0.026	0.0557	-0.0178	-0.017	0.0094	0.0085	0.0179	31.161	14.399	7.932
2	0.3595	0.3004	0.0513	0.4651	-0.1964	0.3833	0.0113	-0.0432	-0.0155	0.0017	-0.0052	-0.0011	0.042	-0.0581	-0.006	0.0439	-0.0305	-0.0064	0.0309	0.0005	0.0216	19.565	-14.709	25.407
3	0.7517	-0.1593	0.0814	0.0672	0.053	0.2957	-0.013	-0.0439	-0.0415	-0.0107	-0.0224	0.033	-0.0197	-0.0502	0.0354	0.0231	0.0222	-0.0126	0.0421	-0.0151	0.0331	6.225	-33.402	-27.145
4	0.3963	0.1005	-0.1153	0.2053	0.0258	0.7607	-0.0069	0.0271	-0.0253	-0.0368	0.0254	-0.0249	-0.0632	0.0836	-0.0185	0.0363	0.0007	-0.0026	0.0328	0.0008	0.0151	36.943	-30.644	-44.456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 185

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