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万見
- EMDB-12528: Cryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12528
タイトルCryo-EM structure of the mammalian peptide transporter PepT2
マップデータcryoSPARC local refinement, sharpened
試料
  • 複合体: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody
    • 複合体: PepT2
      • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 15 member 2
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide import across plasma membrane / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide transport / metanephric proximal tubule development / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity ...high-affinity oligopeptide transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide import across plasma membrane / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide transport / metanephric proximal tubule development / dipeptide import across plasma membrane / oligopeptide transport / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / antibacterial innate immune response / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / xenobiotic transport / renal absorption / phagocytic vesicle membrane / protein transport / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide transporter / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Alpha/beta knot methyltransferases / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 15 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Parker JL / Deme JC / Lea SM / Newstead S
資金援助 英国, 11件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust201536 英国
Wolfson FoundationWL16005 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L000253/1 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust219531 英国
Wellcome Trust215519 英国
Wellcome Trust219531 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M011984/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
Wellcome Trust203741 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of PepT2 reveals structural basis for proton-coupled peptide and prodrug transport in mammals.
著者: Joanne L Parker / Justin C Deme / Zhiyi Wu / Gabriel Kuteyi / Jiandong Huo / Raymond J Owens / Philip C Biggin / Susan M Lea / Simon Newstead /
要旨: The SLC15 family of proton-coupled solute carriers PepT1 and PepT2 play a central role in human physiology as the principal route for acquiring and retaining dietary nitrogen. A remarkable feature of ...The SLC15 family of proton-coupled solute carriers PepT1 and PepT2 play a central role in human physiology as the principal route for acquiring and retaining dietary nitrogen. A remarkable feature of the SLC15 family is their extreme substrate promiscuity, which has enabled the targeting of these transporters for the improvement of oral bioavailability for several prodrug molecules. Although recent structural and biochemical studies on bacterial homologs have identified conserved sites of proton and peptide binding, the mechanism of peptide capture and ligand promiscuity remains unclear for mammalian family members. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the outward open conformation of the rat peptide transporter PepT2 in complex with an inhibitory nanobody. Our structure, combined with molecular dynamics simulations and biochemical and cell-based assays, establishes a framework for understanding peptide and prodrug recognition within this pharmaceutically important transporter family.
履歴
登録2021年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.43
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.43
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nqk
  • 表面レベル: 0.43
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nqk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12528.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoSPARC local refinement, sharpened
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.43 / ムービー #1: 0.43
最小 - 最大-0.8915138 - 2.8229928
平均 (標準偏差)0.0016997944 (±0.044236466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.8922.8230.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12528_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryoSPARC local refinement, unsharpened

ファイルemd_12528_additional_1.map
注釈cryoSPARC local refinement, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_12528_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_12528_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody

全体名称: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody
要素
  • 複合体: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody
    • 複合体: PepT2
      • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 15 member 2
    • 複合体: nanobody
      • タンパク質・ペプチド: nanobody

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超分子 #1: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody

超分子名称: Complex of the mammalian peptide transporter PepT2 with nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: PepT2

超分子名称: PepT2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: nanobody

超分子名称: nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Solute carrier family 15 member 2

分子名称: Solute carrier family 15 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 82.477766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNPFQKNESK ETLFSPVSTE EMLPRPPSPP KKSPPKIFGS SYPVSIAFIV VNEFCERFSY YGMKAVLTLY FLYFLHWNED TSTSVYHAF SSLCYFTPIL GAAIADSWLG KFKTIIYLSL VYVLGHVFKS LGAIPILGGK MLHTILSLVG LSLIALGTGG I KPCVAAFG ...文字列:
MNPFQKNESK ETLFSPVSTE EMLPRPPSPP KKSPPKIFGS SYPVSIAFIV VNEFCERFSY YGMKAVLTLY FLYFLHWNED TSTSVYHAF SSLCYFTPIL GAAIADSWLG KFKTIIYLSL VYVLGHVFKS LGAIPILGGK MLHTILSLVG LSLIALGTGG I KPCVAAFG GDQFEEEHAE ARTRYFSVFY LAINAGSLIS TFITPMLRGD VKCFGQDCYA LAFGVPGLLM VLALVVFAMG SK MYRKPPP EGNIVAQVIK CIWFALCNRF RNRSGDLPKR QHWLDWAAEK YPKHLIADVK ALTRVLFLYI PLPMFWALLD QQG SRWTLQ ANKMNGDLGF FVLQPDQMQV LNPFLVLIFI PLFDLVIYRL ISKCRINFSS LRKMAVGMIL ACLAFAVAAL VETK INGMI HPQPASQEIF LQVLNLADGD VKVTVLGSRN NSLLVESVSS FQNTTHYSKL HLEAKSQDLH FHLKYNSLSV HNDHS VEEK NCYQLLIHQD GESISSMLVK DTGIKPANGM AAIRFINTLH KDLNISLDTD APLSVGKDYG VSAYRTVLRG KYPAVH CET EDKVFSLDLG QLDFGTTYLF VITNITSQGL QAWKAEDIPV NKLSIAWQLP QYVLVTAAEV MFSVTGLEFS YSQAPSS MK SVLQAAWLLT VAVGNIIVLV VAQFSGLAQW AEFVLFSCLL LVVCLIFSVM AYYYVPLKSE DTREATDKQI PAVQGNMI N LETKNTRLVE GENLYFQ

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分子 #2: nanobody

分子名称: nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.494183 KDa
配列文字列:
GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLLCVASGR PFNDYDMGWF RQAPGKEREF VASISWSGRV TDYSDSMKGR CTVSRDNAKG TMFLQMSNL VPRDTAVYYC AAARRRWTFK ATNTEEFYET WGQGTQVTVS SA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 298562
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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