+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10535 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA | |||||||||
マップデータ | Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with pre-23S rRNA | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Mini-RNase III / Mini-III / complex / ribosome / 50S / RNA maturation / RNA processing / precursor 23S rRNA / pre-23S rRNA / 23S rRNA / L3 / Ribosomal protein / RNase III-like fold / RNase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / ribonuclease III activity / nucleoid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding ...positive regulation of rRNA processing / ribonuclease III activity / nucleoid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Oerum S / Dendooven T | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structures of B. subtilis Maturation RNases Captured on 50S Ribosome with Pre-rRNAs. 著者: Stephanie Oerum / Tom Dendooven / Marjorie Catala / Laetitia Gilet / Clément Dégut / Aude Trinquier / Maxime Bourguet / Pierre Barraud / Sarah Cianferani / Ben F Luisi / Ciarán Condon / Carine Tisné / 要旨: The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ...The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ribosomal subunit (50S) rRNAs, 23S and 5S pre-rRNAs, are catalyzed by the double-strand specific ribonucleases (RNases) Mini-RNase III and RNase M5, respectively. Here we present a protocol that allowed us to solve the 3.0 and 3.1 Å resolution cryoelectron microscopy structures of these RNases poised to cleave their pre-rRNA substrates within the B. subtilis 50S particle. These data provide the first structural insights into rRNA maturation in bacteria by revealing how these RNases recognize and process double-stranded pre-rRNA. Our structures further uncover how specific ribosomal proteins act as chaperones to correctly fold the pre-rRNA substrates and, for Mini-III, anchor the RNase to the ribosome. These r-proteins thereby serve a quality-control function in the process from accurate ribosome assembly to rRNA processing. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10535.map.gz | 11.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10535-v30.xml emd-10535.xml | 46.3 KB 46.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10535.png | 80.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10535.cif.gz | 10.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10535 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10535_validation.pdf.gz | 403.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10535_full_validation.pdf.gz | 403.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10535_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10535_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10535 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Mini-RNase III (Mini-III) bound to 50S ribosome with pre-23S rRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
+超分子 #1: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
+超分子 #2: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
+超分子 #3: Mini-RNase III bound to 50S ribosome with precursor 23S rRNA
+分子 #1: 50S ribosomal protein L10
+分子 #2: Mini-ribonuclease 3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L2
+分子 #6: 50S ribosomal protein L3
+分子 #7: 50S ribosomal protein L4
+分子 #8: 50S ribosomal protein L5
+分子 #9: 50S ribosomal protein L6
+分子 #10: 50S ribosomal protein L13
+分子 #11: 50S ribosomal protein L14
+分子 #12: 50S ribosomal protein L15
+分子 #13: 50S ribosomal protein L16
+分子 #14: 50S ribosomal protein L17
+分子 #15: 50S ribosomal protein L18
+分子 #16: 50S ribosomal protein L19
+分子 #17: 50S ribosomal protein L20
+分子 #18: 50S ribosomal protein L21
+分子 #19: 50S ribosomal protein L22
+分子 #20: 50S ribosomal protein L23
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24
+分子 #22: 50S ribosomal protein L27
+分子 #23: 50S ribosomal protein L32
+分子 #24: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #25: 50S ribosomal protein L34
+分子 #26: 50S ribosomal protein L35
+分子 #27: 50S ribosomal protein L36
+分子 #28: 50S ribosomal protein L28
+分子 #29: 50S ribosomal protein L29
+分子 #30: 50S ribosomal protein L30
+分子 #3: pre-23S rRNA
+分子 #4: 5S rRNA
+分子 #31: MAGNESIUM ION
+分子 #32: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
---|---|
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 23.94 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57683 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |