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- EMDB-3531: Cryo-EM reconstruction of the large subunit of the chloroplast ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3531
タイトルCryo-EM reconstruction of the large subunit of the chloroplast ribosome
マップデータCryo-EM reconstruction of the 50S large subunit of the chloroplast ribosome
試料
  • 複合体: Chloroplast 70S ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 31種
    • RNA: x 4種
  • リガンド: x 2種
キーワードchloroplast / translation / ribosome / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding ...plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 ...Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L5, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c ...Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Large ribosomal subunit protein uL11c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bieri P / Leibundgut M
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: The complete structure of the chloroplast 70S ribosome in complex with translation factor pY.
著者: Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Martin Saurer / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, ...Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, they still contain their own genome and the machinery for protein biosynthesis. Here, we present the atomic structure of the chloroplast 70S ribosome prepared from spinach leaves and resolved by cryo-EM at 3.4 Å resolution. The complete structure reveals the features of the 4.5S rRNA, which probably evolved by the fragmentation of the 23S rRNA, and all five plastid-specific ribosomal proteins. These proteins, required for proper assembly and function of the chloroplast translation machinery, bind and stabilize rRNA including regions that only exist in the chloroplast ribosome. Furthermore, the structure reveals plastid-specific extensions of ribosomal proteins that extensively remodel the mRNA entry and exit site on the small subunit as well as the polypeptide tunnel exit and the putative binding site of the signal recognition particle on the large subunit. The translation factor pY, involved in light- and temperature-dependent control of protein synthesis, is bound to the mRNA channel of the small subunit and interacts with 16S rRNA nucleotides at the A-site and P-site, where it protects the decoding centre and inhibits translation by preventing tRNA binding. The small subunit is locked by pY in a non-rotated state, in which the intersubunit bridges to the large subunit are stabilized.
履歴
登録2016年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5mmi
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3531.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the 50S large subunit of the chloroplast ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 320 pix.
= 444.8 Å		1.39 Å/pix.
x 320 pix.
= 444.8 Å		1.39 Å/pix.
x 320 pix.
= 444.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.2699295 - 0.6163046
平均 (標準偏差)0.0016259291 (±0.0172451)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2700.6160.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chloroplast 70S ribosome

全体名称: Chloroplast 70S ribosome
要素
  • 複合体: Chloroplast 70S ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein cL37, PSRP5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL3c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL4c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL5c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL6c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bL9c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL10c
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL15c
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bL17c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL18c
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL24c
    • RNA: 4.5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bL27c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein bL28c
    • タンパク質・ペプチド: plastid ribosomal protein uL29c
    • RNA: E-site tRNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Chloroplast 70S ribosome

超分子名称: Chloroplast 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 組織: leaf / Organelle: chloroplast
分子量理論値: 2.4 MDa

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.748201 KDa
配列文字列:
MVLTLSNQFL AKIPATPKTL TLPKTSSSTL RPQWSCRKSD IHPEFREDAK VYCNGELVMT TGGTQKDYTV EVWSGNHPFY LGNRSALLL DADQVEKFRK KYGELTQIME IPVLKGEIIL PPKKKSKAKK K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31c

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.650969 KDa
配列文字列:
MAVPKKRTSI YKKRIRKNIW KKKGYWAALK AFSLAKSLST GNSKSFFVRK ISNQTLE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32c

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Zn-binding protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.668121 KDa
配列文字列:
MAKGKDVRVK VILECTGCVR KSVNKGSRGV SRYITQKNRH NTPSRLELRK FCPYCYKHTI HGEIKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33c

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.126633 KDa
配列文字列:
MATLSLLSTG VGAAITNRTP SASLTFITGS RTTNKRVSFN GGSARSGSLH CSFLAPSSSL SSNFSGLSLG LDLTSNTGVS TDRCRRFVV RAGKAALCLT KRSRSRKSLA RTHGFRLRMS TTSGRALLKR RRAKGRKILC TKTNPSSGKR ASP

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34c

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.376322 KDa
配列文字列:
MAMASATATL SFKTPSLSLS PPSTRCSAAQ GISLTHFNKQ LKSTLNLSSS SSISSSKVQP IVLKNKRIST VDSSVSTSSP SFTVFAAKG YKMKTHKASA KRFRVTGKGK IVRRRAGKQH LLAKKNTKRK NRLSKLIQVD RSDYDNVIGA LPYLKVNRKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35c

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Zn-binding protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.414462 KDa
配列文字列:
MKIRASVRPI CEKCRLIRRR GRIIVICSNP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36c

+
分子 #7: plastid ribosomal protein cL37, PSRP5

分子名称: plastid ribosomal protein cL37, PSRP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.694817 KDa
配列文字列:
MALLSPLLSL SSVPPITSIA VSSSSFPIKL QNVSVALLPT LGQRLMTHGP VIAQKRGTVV AMVSAAADET AGEDGDQSKV EEANISVQN LPLESKLQLK LEQKMKMKMA KKIRLRRNRL MRKRKLRKRG AWPPSKMKKL KNV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein cL37 alpha

+
分子 #8: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.080688 KDa
配列文字列:
MSVSAIFGAR VVTIPSVLRT SSVDGRTVKL QPSTGGSCGG GVITIECSSR PQKKGTAHHM KTRPKKTARW DIKRGPAVYP PLPPLPAEW TIVSSAVDEA DSSSSTTSSS AEIAQSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein cL38

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.853623 KDa
配列文字列: MAIHLYKTST SSTRNGAVQV KSNPRNNLIS GQRRCGKGRN ARGIITARHR GGGHKRLYRK IDFRRNEKDI YGKIVTIEYD PNRNAYICL IHYGDGEKRY ILHPRGAIIG DTIVSGTEVP IKMGNALPLT DMPLGTAIHN IEITLGRGGQ LARAAGAVAK L IAKEGKSA ...文字列:
MAIHLYKTST SSTRNGAVQV KSNPRNNLIS GQRRCGKGRN ARGIITARHR GGGHKRLYRK IDFRRNEKDI YGKIVTIEYD PNRNAYICL IHYGDGEKRY ILHPRGAIIG DTIVSGTEVP IKMGNALPLT DMPLGTAIHN IEITLGRGGQ LARAAGAVAK L IAKEGKSA TLKLPSGEVR LISKNCSATV GQVGNVGVNQ KRLGRAGSKR WLGKRPVVRG VVMNPVDHPH GGGEGRAPIG RK SPTTPWG YPALGRRSRK RNKYSDNFII RRRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy

+
分子 #12: plastid ribosomal protein uL3c

分子名称: plastid ribosomal protein uL3c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 33.03475 KDa
配列文字列: MAAILPTFSI KSSSCTYSSS KRSLSSPKAV SLSSSVNGTP KVQSLRLSTS FVCSPNQIIK LKSVSPSRST QLRRAVGGLE IKMMSVDAG IGVMGTKLGM MSFFEEDGTV VPVTVIGFKE GNIVTQVKTE STDGYNAVQV GYERLRDRKL TMPERGHLNK A GVIPMRHL ...文字列:
MAAILPTFSI KSSSCTYSSS KRSLSSPKAV SLSSSVNGTP KVQSLRLSTS FVCSPNQIIK LKSVSPSRST QLRRAVGGLE IKMMSVDAG IGVMGTKLGM MSFFEEDGTV VPVTVIGFKE GNIVTQVKTE STDGYNAVQV GYERLRDRKL TMPERGHLNK A GVIPMRHL QEFRLVSVDD FTPSQKLLFE ELFKEGDMVD ISGTTIGKGF QGGIKRHNFK RGLMTHGSKS HRALGSIGAG TT PGHVYKG KKMPGRMGGT KTKIRKLKIM KIDTDLRVVM IKGAVPGKPG NLLRLAPAKI VGKNIPKN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3c

+
分子 #13: plastid ribosomal protein uL4c

分子名称: plastid ribosomal protein uL4c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 32.541645 KDa
配列文字列: MATSTSSSLS LSFFSSSLFS SKSRNFSSKP ILKLPSSSHS QTSLSLSIKS ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPSETA RAVVHRGLI THLQNKRRGT ASTLTRAEVR GGGRKPYPQK KTGRARRGSQ RSPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL A LSTAIASA ...文字列:
MATSTSSSLS LSFFSSSLFS SKSRNFSSKP ILKLPSSSHS QTSLSLSIKS ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPSETA RAVVHRGLI THLQNKRRGT ASTLTRAEVR GGGRKPYPQK KTGRARRGSQ RSPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL A LSTAIASA VGNSFVVEEF AENFEKPKTK DFIAAMQRWG LDPAEKSLFF LMDLVENVEK SGRNIRTLKL LTPRSLNLFD VL NAEKLVF TEGTIQYLNQ RYGVDTLEDE DEEEEEEEEG EEVDDGVEDG TPEPAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4c

+
分子 #14: plastid ribosomal protein uL5c

分子名称: plastid ribosomal protein uL5c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: Residues 39-52 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.182688 KDa
配列文字列: MASTSLLQST SSSFAGVRFH CRTSAAPRVG LSSFTVKAAA GTAVFVDKAE AETINRLKTN YIEKMVPLLK EEFSYSNILE VPKVVKIVV NCGIGDASQN AKGLDAAINE LALITGQRPV KTKAKTSIAG FKVREGMTLG IAVTLRGNLM YSFLDRLINL A LPRTRDFQ ...文字列:
MASTSLLQST SSSFAGVRFH CRTSAAPRVG LSSFTVKAAA GTAVFVDKAE AETINRLKTN YIEKMVPLLK EEFSYSNILE VPKVVKIVV NCGIGDASQN AKGLDAAINE LALITGQRPV KTKAKTSIAG FKVREGMTLG IAVTLRGNLM YSFLDRLINL A LPRTRDFQ GVNPNSFDGH GNYSVGFREQ SVFPEIKPEI VGKARGMDVC ITTTAKTDKE AYKLLSLMGM PFREGSGPST LV RKKKLKS HHFDAKKGRR Y

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5c

+
分子 #15: plastid ribosomal protein uL6c

分子名称: plastid ribosomal protein uL6c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.516748 KDa
配列文字列: MSLPLPSHMK SVFLGMKVEI STSVPVTRIG FWRKSVDCKE SRIGKQPITV PANVAIAMEG QDLKVKGPLG ELSITYPREV LVEKQESGF LRVRKAVETR RANQMHGLFR TLTDNMVVGV SKGFEKKLQL VGVGYRATVE GKDLILSLGF SHPVRMAIPD E LQVKVEEN ...文字列:
MSLPLPSHMK SVFLGMKVEI STSVPVTRIG FWRKSVDCKE SRIGKQPITV PANVAIAMEG QDLKVKGPLG ELSITYPREV LVEKQESGF LRVRKAVETR RANQMHGLFR TLTDNMVVGV SKGFEKKLQL VGVGYRATVE GKDLILSLGF SHPVRMAIPD E LQVKVEEN TKVTVSGRDK SVVGQFAATI RSWRPPEPYK GKGVRYVDEV VRRKEGKAGK KK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6c

+
分子 #16: plastid ribosomal protein bL9c

分子名称: plastid ribosomal protein bL9c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.038904 KDa
配列文字列: MASTTSTLSL SWSNSFHSFA GAISEPQKSP ENCRVMLPIV AQKKVKKIRK IILKEDIPDL GKKGQLLDVR AGFLRNFLLP LGKAEVVTP LLLKEMKMED ERIEAEKKRV KEEAQQLARM FETVGAFKVK RKGGKGKQIF GSVTAQDLVD IIKAQLQRDV D KKVVFLPD ...文字列:
MASTTSTLSL SWSNSFHSFA GAISEPQKSP ENCRVMLPIV AQKKVKKIRK IILKEDIPDL GKKGQLLDVR AGFLRNFLLP LGKAEVVTP LLLKEMKMED ERIEAEKKRV KEEAQQLARM FETVGAFKVK RKGGKGKQIF GSVTAQDLVD IIKAQLQRDV D KKVVFLPD IRETGEYIAE LKLHPDVTAQ VRVTVFAN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9c

+
分子 #17: plastid ribosomal protein uL10c

分子名称: plastid ribosomal protein uL10c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.12823 KDa
配列文字列: MESTLFLSKP LPTTIKTTTH SLSSVYPNPF KPNNLTFPRT THKHPTTTTI TAAISRTKKE ETVETVQKHL ENCYLLAAIN YKGFTVKQF QDLRKALPEN TTLIVAKNTL VEKAVQDTQW AAIKPCMKGM NAWLFVHSEE IPIAIKPYRT FQKERKLEDN D FTGACFEG ...文字列:
MESTLFLSKP LPTTIKTTTH SLSSVYPNPF KPNNLTFPRT THKHPTTTTI TAAISRTKKE ETVETVQKHL ENCYLLAAIN YKGFTVKQF QDLRKALPEN TTLIVAKNTL VEKAVQDTQW AAIKPCMKGM NAWLFVHSEE IPIAIKPYRT FQKERKLEDN D FTGACFEG KFYGPGEVKR LETMPSKAEI FAKLLGSLKS PGSALVGTLQ APARDLVFLL KAYIKKLEDE QQQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10c

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L11, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L11, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.68998 KDa
配列文字列: MAQPLVAAPS SSSITSPIPR KLCSSLLTPS SLSLSSNPRN SLQFLNSKLF LSPPSTSHRR LSIVAMAPKP GKAKKVIGVI KLALEAGKA TPAPPVGPAL GSKGVNIMAF CKDYNARTAD KPGFVIPVEI TVFDDKSFTF ILKTPPASVL LLKASGAEKG S KDPQMEKV ...文字列:
MAQPLVAAPS SSSITSPIPR KLCSSLLTPS SLSLSSNPRN SLQFLNSKLF LSPPSTSHRR LSIVAMAPKP GKAKKVIGVI KLALEAGKA TPAPPVGPAL GSKGVNIMAF CKDYNARTAD KPGFVIPVEI TVFDDKSFTF ILKTPPASVL LLKASGAEKG S KDPQMEKV GKITIDQLRG IATEKLPDLN CTTIESAMRI IAGTAANMGI DIDPPILVKK KKEVIF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11c

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.211629 KDa
配列文字列: MATMACASSL TFPSAQTQKS FFGTNVKQTP VLSFPRPTVA AAVAVSARKS TSASTKCTEE WRQLKEAVKK EFAIPHVPLD QRWMFTLEE ATGPDIWNTT WYPKSADHVP TDKKWYVVDA TDLILGRMAS TIAIHIRGKN LASYTPSVDM GAFVIVVNAD K VAVSGKKR ...文字列:
MATMACASSL TFPSAQTQKS FFGTNVKQTP VLSFPRPTVA AAVAVSARKS TSASTKCTEE WRQLKEAVKK EFAIPHVPLD QRWMFTLEE ATGPDIWNTT WYPKSADHVP TDKKWYVVDA TDLILGRMAS TIAIHIRGKN LASYTPSVDM GAFVIVVNAD K VAVSGKKR TQKLYRRHSG RPGGLKEETF DQLQKRIPER IIEHAVRGML PKGRLGRYLF NHLKVYKGAE HPHQAQQPID LP LRDKRIR VEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13c

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.484741 KDa
配列文字列:
MIQPQTHLNV ADNSGARELM CIRIIGASNR RYARIGDVIV AVIKEAIPNT PLERSEVIRA VVVRTCKELK RDNGMIIRYD DNAAVIIDQ EGNPKGTRIF GAIARELRQK FAKIVSLAPE VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14c

+
分子 #21: plastid ribosomal protein uL15c

分子名称: plastid ribosomal protein uL15c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.081514 KDa
配列文字列: MASLLSLSST PPSTANSNNY PSSTFKGNIN NFRINPFNFA PLKLHLRNIV KKESTRLVVV ASASSSNVSP SIGSGSETRF RLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP I NLRDIEVA ...文字列:
MASLLSLSST PPSTANSNNY PSSTFKGNIN NFRINPFNFA PLKLHLRNIV KKESTRLVVV ASASSSNVSP SIGSGSETRF RLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP I NLRDIEVA GFKEGEEVSL ESLKAKGIIN PSGRERRLPL KILGEGELST KLQIKARAFS GSAKEKLEAA GCSVTVLPGR KK YIKESVR KNLARADEYF AKKRAASASE AESA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15c

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.328068 KDa
配列文字列:
MLSPKRTRFR KQHRGRMKGI SYRGNRICFG RYALQALEPA WITSRQIEAG RRAMTRNARR GGKIWVRIFP DKPVTVRPAE TRMGSGKGS PEYWVAVVKP GRILYEISGV AENIARRAVA IAASKMPIRT QFIISG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16c

+
分子 #23: plastid ribosomal protein bL17c

分子名称: plastid ribosomal protein bL17c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.577172 KDa
配列文字列:
MIDNGGRFFA MKHGRKIHRL SRPADQRRAL LRGLTTQLLK HGRIKTTRAK ASAMRKYVDK MITLAKEGSL HKRRQALGFI YEKQIVHAL FAEVPERYGD RNGGYTRIIR TLPRRGDNAP MAYIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17c

+
分子 #24: plastid ribosomal protein uL18c

分子名称: plastid ribosomal protein uL18c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 18.410205 KDa
配列文字列:
MAAATSLSFF HSTLASSSSS SVQQLSLPPK FVNFRPQTLP LIQAKAHTRR EDRTARHVRI RKKVEGTPER PRLCVFRSNK HLYVQVIDD TKMHTLAAAS TMQKAISENI DYSAGPTVEV AQKIGEMIAK SCLEKGITKV AFDRGGYPYH GRVKALADAA R EHGLVF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18c

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.121254 KDa
配列文字列: MASKVLPQAL LVIPSNHSLQ CPPLKKQLGF PIDSNRRFSL SSNCRSNLMV SRASSNLFSS NFSSIFSFPA RNSFVVRSEA EDSSDAPAE SVAVVAEEEL PVESEAEAEE RPPRQQRVKL GDIMGILNKK AVHAAEELRP VPGIRTGDIV QIRLEVPENK R RLSVYKGI ...文字列:
MASKVLPQAL LVIPSNHSLQ CPPLKKQLGF PIDSNRRFSL SSNCRSNLMV SRASSNLFSS NFSSIFSFPA RNSFVVRSEA EDSSDAPAE SVAVVAEEEL PVESEAEAEE RPPRQQRVKL GDIMGILNKK AVHAAEELRP VPGIRTGDIV QIRLEVPENK R RLSVYKGI VISRQNAGIH TTIRIRRIIA GVGVEIVFPL YSPNIKEIKV VSHRKVRKAR LYYLRDKLPR LSTFK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19c

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.725687 KDa
配列文字列:
MTRVKRGYIA RRRRKKIRFF ASSFRGAHSR LTRTIAQQKI RALVSAHRDR DRQKRDFRRL WITRINAAIR ERGVYYNYSK FIHDLYKRQ LLLNRKILAQ IAILNPNCIY MIYNEIIKKE DCKKYLEII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20c

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27
詳細: Residues 68-81 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.44173 KDa
配列文字列: MASATLAFSC SSLCATLKLP QNLNPLLLNV PPLSKPFSGV VSPPSLSRLS LLPVAAKRRR FQEIPEELKA EFEEFQRPPN QKPQLSDVL PDDFQAPEPG TPEYNDIINQ FLPKKGPPPP REEIFAVVVI GSRQYIVIPG RWIYTQRLKG ATVNDKIVLN K VLLVGTKA ...文字列:
MASATLAFSC SSLCATLKLP QNLNPLLLNV PPLSKPFSGV VSPPSLSRLS LLPVAAKRRR FQEIPEELKA EFEEFQRPPN QKPQLSDVL PDDFQAPEPG TPEYNDIINQ FLPKKGPPPP REEIFAVVVI GSRQYIVIPG RWIYTQRLKG ATVNDKIVLN K VLLVGTKA STYIGTPIVT NAAVHAVVEE QLLDDKVIVF KYKKKKNYRR NIGHRQPITR IKITGITGYE DYPASTLEAE VE AKEEAEA EAEAEAVPV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21c

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.292676 KDa
配列文字列: MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR ...文字列:
MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR RRELLCGRFR ENHKIKSFLY KIALFKRYEV M

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22c

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.832164 KDa
配列文字列: MATTAPNLHS LSSSFAFSNP SSNVSATSFT FQIPNKKAQI SCISSKKLHT QKSFNFHDAV TPMNKPSFGR DLMVAQATEA VAPTTEEAA TSQPKTSKKA KKLKYPRRIL DVYQILQSPI ITEAAIKNIA DENSLLFTVD VRADKKMIRE AISNFFGVKV R KVNTLIRP ...文字列:
MATTAPNLHS LSSSFAFSNP SSNVSATSFT FQIPNKKAQI SCISSKKLHT QKSFNFHDAV TPMNKPSFGR DLMVAQATEA VAPTTEEAA TSQPKTSKKA KKLKYPRRIL DVYQILQSPI ITEAAIKNIA DENSLLFTVD VRADKKMIRE AISNFFGVKV R KVNTLIRP DGTKKAYIML NKEYNASELA KKIGIFPGGN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23c

+
分子 #30: plastid ribosomal protein uL24c

分子名称: plastid ribosomal protein uL24c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.417945 KDa
配列文字列: MAAMAALQSS FTSLSLSSNS FLGQRLFPSP TTLQVKTEGH SPCLIVMRIK RWERKDCKPN SLPKLHKMHV KVGDTVKVIS GGEKGKIGE ISKIHKHNST VIIKDLNLKT KHVKSKEEGE QGQIIKIEAA IHSSNVMLYS KEQEVASRVG HKILEDGRKV R YLIKTGEI ...文字列:
MAAMAALQSS FTSLSLSSNS FLGQRLFPSP TTLQVKTEGH SPCLIVMRIK RWERKDCKPN SLPKLHKMHV KVGDTVKVIS GGEKGKIGE ISKIHKHNST VIIKDLNLKT KHVKSKEEGE QGQIIKIEAA IHSSNVMLYS KEQEVASRVG HKILEDGRKV R YLIKTGEI VDTPDRWKEI QNKKESETAV AVAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24c

+
分子 #32: plastid ribosomal protein bL27c

分子名称: plastid ribosomal protein bL27c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.366447 KDa
配列文字列: MAVTTSMSFN LMASFRGMSL SSSSSSSFFK GEFGPSSLRL PNKSPLSVSP FPLTIESAHK KGAGSTKNGR DSKGQRLGVK IYGDQVAKP GAIIIRQRGT KFHPGKNVGI GKDHTIFALI DGLVKFEKYG PDKKKVSVYP REIQPENPNS YRARKRENFR L QREKKKAR ...文字列:
MAVTTSMSFN LMASFRGMSL SSSSSSSFFK GEFGPSSLRL PNKSPLSVSP FPLTIESAHK KGAGSTKNGR DSKGQRLGVK IYGDQVAKP GAIIIRQRGT KFHPGKNVGI GKDHTIFALI DGLVKFEKYG PDKKKVSVYP REIQPENPNS YRARKRENFR L QREKKKAR REGYSFQPQL ILASAATDNA DESAVC

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27c

+
分子 #33: plastid ribosomal protein bL28c

分子名称: plastid ribosomal protein bL28c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.460488 KDa
配列文字列:
MAASGMLISN PSNVCFRKPQ FSCSLKPKAT VSELGFLTSQ LSGIQISPSP LFPIISKPIS APLKPSLQPV ARRICPFTGK KSNKANRVS HSNHKTKRLQ FVNLQYKRVW WEAGKRFVKL RLSTKALKTI EKNGLDAVAK KAGIDLRKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28c

+
分子 #34: plastid ribosomal protein uL29c

分子名称: plastid ribosomal protein uL29c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 19.083385 KDa
配列文字列:
MLAIHSLSST PCSSGLTSPP KSTLLTKSSF HGLRLPSVNL SSSLRLRVQT PPSSVVVMVK KEDELKELRT KTNEQLNEEI LQLKGELFM LRLQRSAREN FKPSDFGRMR KRVARMLTVK REREIEQGVG KRLSRKLDKA WKRSIVVRPP PSLKKLQEKA T AEAEAEKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29c

+
分子 #9: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 911.34425 KDa
配列文字列: UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC ...文字列:
UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC CUGGCGAACU GAAACAUCUU AGUAGCCAGA GGAAAAGAAA GCAAAAGCGA UUCCCGUAGU AGCGGCGAGC GA AAUGGGA GCAGCCUAAA CCGUGAAAAC GGGGUUGUGG GAGAGCAAUA CAAGCGUCGU GCUGCUAGGC GAAUCAGUGG AGU GCGGAA CCCUAGAUGG UGAAAGUCCA GUAGCCGAAA GCAUCACUAG CUUAUGCUCU GACCCGAGUA GCAUGGGGCA CGUG GAAUC CCGUGUGAAU CAGCAAGGAC CACCUUGCAA GGCUAAAUAC UCCUGGGUGA CCGAUAGCGA AGUAGUACCG UGAGG GAAG GGUGAAAAGA ACCCCCAUCG GGGAGUGAAA UAGAACAUGA AACCGUAAGC UCUCAAGCAG UGGGAGGGGG ACCAGA CCC UGACCGCGUG CCUGUUGAAG AAUGAGCCGG CGACUCAUAG GCAGUGGCUU GGUUAAGGGA ACCCACCGGA GCCGUAG CG AAAGCGAGUC UUCAUAGGGC AAUUGUCACU GCUUAUGGAC CCGAACCUGG GUGAUCUAUC CAUGACCAGG AUGAAGCU U GGGUGAAACU AAGUGGAGGU CCGAACCGAC UGAUGUUGAA GAAUCAGCGG AUGAGUUGUG GUUAGGGGUG AAAUGCCAC UCGAACCCAG AGCUAGCUGG UUCUCCCCGA AAUGCGUUGA GGCGCAGCAG UUGACUGGAC AUCUAGGGGU AAAGCACUGU UUCGGUGCG GGCCGCGAGA GCGGUACCAA AUCGAGGCAA ACUCUGAAUA CUAGAUAUGA CCUCCAAAUA ACAGGGGUCA A GGUCGGCC AGUGAGACGA UGGGGGAUAA GCUUCAUCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCGGA UCACCAGCUA AGGCCCCUAA AU GACCGCU CAGUGAUAAA GGAGGUAGGG GUGCAGAGAC AGCCAGGAGG UUUGCCUAGA AGCAGCCACC CUUGAAAGAG UGC GUAAUA GCUCACUGAU CGAGCGCUCU UGCGCCGAAG AUGAACGGGG CUAAGCGGUC UGCCGAAGCU GUGGGAUGUA AAAA AACAU CGGUAGGGGA GCGUUCCGUG UUAGGGAGAA ACGCGUGCGU GAGCCGCGUU GGACGAAGCG GAAGCGAGAA UGUCG GCUU GAGUAACGCA AACAUUGGUG AGAAUCCAAU GCCCCGAAAA CCUAAGGGUU CCUCCGCAAG GUUCGUCCAC GGAGGG UGA GUCAGGGCCU AAGAUCAGGC CGAAAGGCGU AGUCGAUGGA CAACAGGUGA AUAUUCCUGU ACUACCCCUU GUUGGUC CC GAGGGACGGA GGAGGCUAGG UUAGCCGAAA GAUGGUUAUC GGUUCAAGGA CGCAAGGUGA CCCUGUUUUU CAGGGUAA G AAGGGGUAGA GAAAAUGCCU CGAGCCAAUG UUCGAGUACC AGGCGCUACG GCGCUGAAGU AACCGAUGCC AUACUCCCA GGAAAAGCUC GAACGACCUU CAACAAAAGG GUACCUGUAC CCGAAACCGA CACAGGUAGG UAGGUAGAGA AUACCUAGGG GCGCGAGAC AACUCUCUCU AAGGAACUCG GCAAAAUAGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCCCCCU CACAAAGGGG G UCGAAGUG ACCAGGCCCG GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGGUCUCC GCAAAGUCGU AAGACCAUGU AUGGGGGCUG AC GCCUGCC CAGUGCCGGA AGGUCAAGGA AGUUGGUGAC CUGAUGACAG GGGAGCCGGC GACCGAAGCC CCGGUGAACG GCG GCCGUA ACUAUAACGG UCCUAAGGUA GCGAAAUUCC UUGUCGGGUA AGUUCCGACC CGCACGAAAG GCGUAACGAU CUGG GCACU GUCUCGGAGA GAGGCUCGGU GAAAUAGACA UGUCUGUGAA GAUGCGGACU ACCUGCACCU GGACAGAAAG ACCCU AUGA AGCUUUACUG UUCCCUGGGA UUGGCUUUGG GCUUUUCCUG CGCAGCUUAG GUGGAAGGCG AAGAAGGCCC CCUUCC GGG GGGGCCCGAG CCAUCAGUGA GAUACCACUC UGGAAGAGCU AGAAUUCUAA CCUUGUGUCA GGACCUACGG GCCAAGG GA CAUUCUCAGG UAGACAGUUU CUAUGGGGCG UAGGCCUCCC AAAAGGUAAC GGAGGCGUGC AAAGGUUUCC UCGGGCCG G ACGGAGAUUG GCCCUCGAGU GCAAAGGCAG AAGGGAGCUU GACUGCAAGA CCCACCCGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGG CCUUAGUGAU CCGACGGUGC CGAGUGGAAG GGCCGUCGCU CAACGGAUAA AAGUUACUCU AGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGAAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC UUCGCCACCU GGGGCUGUAG UAUGUUCCAA G GGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGUGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC AUAUCCGGUG UG GGCGUUA GAGCAUUGAG AGGACCUUUC CCUAGUACGA GAGGACCGGG AAGGACGCAC CUCUGGUGUA CCAGUUAUCG UGC CCACGG UAAACGCUGG GUAGCCAAGU GCGGAGCGGA UAACUGCUGA AAGCAUCUAA GUAGUAAGCC CACCCCAAGA UGAG UGCUC UCCUA

GENBANK: GENBANK: AJ400848.1

+
分子 #10: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 39.014184 KDa
配列文字列:
UAUUCUGGUG UCCUAGGCGU AGAGGAACCA CACCAAUCCA UCCCGAACUU GGUGGUUAAA CUCUACUGCG GUGACGAUAC UGUAGGGGA GGUCCUGCGG AAAAAUAGCU CGACGCCAGG AU

+
分子 #31: 4.5S ribosomal RNA

分子名称: 4.5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 34.334488 KDa
配列文字列:
AGAGAAGGUC ACGGCGAGAC GAGCCGUUUA UCAUUACGAU AGGUGUCAAG UGGAAGUGCA GUGAUGUAUG CAGCUGAGGC AUCCUAACA GACCCACAGA CUUGAAC

GENBANK: GENBANK: X04977.1

+
分子 #35: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 35 / 詳細: CA-3' end of E-site tRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 589.43 Da
配列文字列:
CA

+
分子 #36: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 501 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris hydrochloride
25.0 mMKClPotassium chloride
25.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
2.0 mMDTTDithiothreitol
0.05 mMSpermine
2.0 mMSpermidine
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 実像数: 2796 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 326094
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2847

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 154332
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 56.9
得られたモデル

PDB-5mmi:
Structure of the large subunit of the chloroplast ribosome

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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