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- EMDB-0472: Structure of the TM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0472
タイトルStructure of the TM domain
マップデータMembrane protein
試料
  • 細胞器官・細胞要素: co-transporter without N-terminal
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter), member 2
機能・相同性
機能・相同性情報


swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / salt transmembrane transporter activity / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / chloride ion homeostasis / ear development / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis ...swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / salt transmembrane transporter activity / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / chloride ion homeostasis / ear development / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / inner ear morphogenesis / potassium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 12 member 1/2 / Solute carrier family 12 member 2 / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter family / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 2 / Solute carrier family 12 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Feng L / Liao MF / Orlando B / Zhang JR
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of the cation-chloride cotransporter NKCC1.
著者: Thomas A Chew / Benjamin J Orlando / Jinru Zhang / Naomi R Latorraca / Amy Wang / Scott A Hollingsworth / Dong-Hua Chen / Ron O Dror / Maofu Liao / Liang Feng /
要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ion absorption and secretion across epithelia, and maintaining intracellular chloride homeostasis. These transporters are primary targets for some of the most commonly prescribed drugs. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of the Na-K-Cl cotransporter NKCC1, an extensively studied member of the CCC family, from Danio rerio. The structure defines the architecture of this protein family and reveals how cytosolic and transmembrane domains are strategically positioned for communication. Structural analyses, functional characterizations and computational studies reveal the ion-translocation pathway, ion-binding sites and key residues for transport activity. These results provide insights into ion selectivity, coupling and translocation, and establish a framework for understanding the physiological functions of CCCs and interpreting disease-related mutations.
履歴
登録2019年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年7月31日-
更新2019年8月28日-
現状2019年8月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6npk
  • 表面レベル: 0.0728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Membrane protein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0728 / ムービー #1: 0.0728
最小 - 最大-0.27694282 - 0.43752167
平均 (標準偏差)0.00016303221 (±0.014153492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 202.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0551.0551.055
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z202.560202.560202.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2770.4380.000

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添付データ

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追加マップ: Membrane protein

ファイルemd_0472_additional.map
注釈Membrane protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : co-transporter without N-terminal

全体名称: co-transporter without N-terminal
要素
  • 細胞器官・細胞要素: co-transporter without N-terminal
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter), member 2

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超分子 #1: co-transporter without N-terminal

超分子名称: co-transporter without N-terminal / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter),...

分子名称: Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter), member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 50.618133 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KFGWIKGVLV RCMLNIWGVM LFIRMTWIVG QAGIAYSCII VIMATVVTTI TGCSTSAIAT NGFVRGGGAY YLISRSLGPE FGGSIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLMDSGLLM IDQTNDIRVI GTITVILLLG ISVAGMEWEA KAQIFLLVIL I TAIFNYFI ...文字列:
KFGWIKGVLV RCMLNIWGVM LFIRMTWIVG QAGIAYSCII VIMATVVTTI TGCSTSAIAT NGFVRGGGAY YLISRSLGPE FGGSIGLIF AFANAVAVAM YVVGFAETVV ELLMDSGLLM IDQTNDIRVI GTITVILLLG ISVAGMEWEA KAQIFLLVIL I TAIFNYFI GSFIAVDSKK KFGFFSYDAG ILAENFGPDF RGQTFFSVFS IFFPAATGIL AGANISGDLA DPQMAIPKGT LL AILITGL VYVGVAISAG ACIVRDATGI ESNFTLISNC TDAACKYGYD FSSCRPTVEG EVSSCKFGLH NDFQVMSVVS GFS PLISAG IFSATLSSAL ASLVSAPKVF QALCKDNIYP GIAIFGKGYG KNNEPLRGYF LTFGIALAFI LIAELNVIAP IISN FFLAS YALINFSVFH ASLANSPGWR PSFKYYNMWA SLAGAILCCV VMFIINWWAA LLTNVIVLSL YIYVSYK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227231
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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