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- PDB-5xjb: The Crystal Structure of the Minimal Core Domain of the Microtubu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xjb
タイトルThe Crystal Structure of the Minimal Core Domain of the Microtubule Depolymerizer KIF2C Complexed with ADP-Mg-BeFx
要素Kinesin-like protein KIF2C
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Kinesin / Microtubule / tubulin / KIF2 / MCAK / depolymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Kinesins / metaphase chromosome alignment / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Kinesins / metaphase chromosome alignment / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / MHC class II antigen presentation / microtubule plus-end binding / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / microtubule-based movement / mitotic metaphase chromosome alignment / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / chromosome, centromeric region / kinetochore / presynapse / postsynapse / cell division / glutamatergic synapse / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Kinesin-like protein KIF2C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ogawa, T. / Jiang, X. / Hirokawa, N.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministriy of Education, Culture, Sports, Science and Technology23000013, 16H06372 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Mechanism of Catalytic Microtubule Depolymerization via KIF2-Tubulin Transitional Conformation
著者: Ogawa, T. / Saijo, S. / Shimizu, N. / Jiang, X. / Hirokawa, N.
履歴
登録2017年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF2C
B: Kinesin-like protein KIF2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9428
ポリマ－96,9072
非ポリマー1,0356
水905
1
A: Kinesin-like protein KIF2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9714
ポリマ－48,4541
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
2
B: Kinesin-like protein KIF2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9714
ポリマ－48,4541
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.452, 166.593, 75.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF2C / Mitotic centromere-associated kinesin / MCAK


分子量: 48453.543 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 184-585 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q922S8
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: potassium sodium tartrate tetrahydrate, MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 21151 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1561 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V8K

1v8k


解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 19.877 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 1061 5 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2042 20045 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 172.98 Å2 / Biso mean: 79.629 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.25 Å20 Å2-0 Å2
2---6.08 Å20 Å2
3----4.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5275 0 64 5 5344
Biso mean--87.22 59.92 -
残基数----674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9827296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27312147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9315666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54123.475236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.92115996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7641545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021239
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 81 -
Rwork0.297 1433 -
all-1514 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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