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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v83 | ||||||
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Title | The 2.1 angstrom crystal structure of diferric human transferrin | ||||||
![]() | Serotransferrin | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / iron binding domain / iron carrier/transporter / transferrin receptor / serum | ||||||
Function / homology | ![]() iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / ferric iron binding / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / actin filament organization / cellular response to iron ion / Post-translational protein phosphorylation / Iron uptake and transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ferrous iron binding / regulation of protein stability / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / blood microparticle / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Noinaj, N. / Steere, A. / Mason, A.B. / Buchanan, S.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria. Authors: Noinaj, N. / Easley, N.C. / Oke, M. / Mizuno, N. / Gumbart, J. / Boura, E. / Steere, A.N. / Zak, O. / Aisen, P. / Tajkhorshid, E. / Evans, R.W. / Gorringe, A.R. / Mason, A.B. / Steven, A.C. / Buchanan, S.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 77153.906 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 2415 molecules ![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-BCT / #3: Chemical | ChemComp-FE / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-P6G / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 100mM HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, and 2% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 4, 2011 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 297056 / Num. obs: 297056 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 2.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 91.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.368 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.102→29.947 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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