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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8117 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc | |||||||||||||||
![]() | TRPV1 in complex with DkTx and RTX | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / TRP channels / cellular response to temperature stimulus ...temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / TRP channels / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH / ion channel regulator activity / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / fever generation / thermoception / detection of temperature stimulus involved in thermoception / glutamate secretion / negative regulation of systemic arterial blood pressure / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / response to pH / monoatomic cation transmembrane transporter activity / cellular response to ATP / negative regulation of heart rate / temperature homeostasis / response to pain / cellular response to alkaloid / calcium ion import across plasma membrane / diet induced thermogenesis / behavioral response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / ligand-gated monoatomic ion channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / sensory perception of pain / : / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / lipid metabolic process / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / microglial cell activation / calcium channel activity / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / calcium ion transport / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to heat / response to heat / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / toxin activity / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / lipid binding / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||||||||
![]() | Gao Y / Cao E / Julius D / Cheng Y | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TRPV1 structures in nanodiscs reveal mechanisms of ligand and lipid action. 著者: Yuan Gao / Erhu Cao / David Julius / Yifan Cheng / ![]() 要旨: When integral membrane proteins are visualized in detergents or other artificial systems, an important layer of information is lost regarding lipid interactions and their effects on protein structure. ...When integral membrane proteins are visualized in detergents or other artificial systems, an important layer of information is lost regarding lipid interactions and their effects on protein structure. This is especially relevant to proteins for which lipids have both structural and regulatory roles. Here we demonstrate the power of combining electron cryo-microscopy with lipid nanodisc technology to ascertain the structure of the rat TRPV1 ion channel in a native bilayer environment. Using this approach, we determined the locations of annular and regulatory lipids and showed that specific phospholipid interactions enhance binding of a spider toxin to TRPV1 through formation of a tripartite complex. Furthermore, phosphatidylinositol lipids occupy the binding site for capsaicin and other vanilloid ligands, suggesting a mechanism whereby chemical or thermal stimuli elicit channel activation by promoting the release of bioactive lipids from a critical allosteric regulatory site. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 24.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.6 KB 26.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 209.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 17.8 MB 17.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5irxMC ![]() 8118C ![]() 8119C ![]() 8120C ![]() 5irzC ![]() 5is0C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 93.8 Data #1: Motion corrected, dose-weighted sum of micrographs of TRPV1-DkTx/RTX embedded in lipid nanodisc [micrographs - single frame] Data #2: Raw particle image stack of TRPV1-DkTx/RTX embedded in lipid nanodisc [picked particles - multiframe - unprocessed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TRPV1 in complex with DkTx and RTX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 1
ファイル | emd_8117_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 2
ファイル | emd_8117_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | TRPV1 in complex with DkTx and RTX, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX
全体 | 名称: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX
超分子 | 名称: TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Two molecules of DkTx and 4 molecules of RTX bound to one TRPV1 homo-tetramer |
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-超分子 #2: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
超分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Tau-theraphotoxin-Hs1a
超分子 | 名称: Tau-theraphotoxin-Hs1a / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 72.959297 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AMGSRLYDRR SIFDAVAQSN CQELESLLPF LQRSKKRLTD SEFKDPETGK TCLLKAMLNL HNGQNDTIAL LLDVARKTDS LKQFVNASY TDSYYKGQTA LHIAIERRNM TLVTLLVENG ADVQAAANGD FFKKTKGRPG FYFGELPLSL AACTNQLAIV K FLLQNSWQ ...文字列: AMGSRLYDRR SIFDAVAQSN CQELESLLPF LQRSKKRLTD SEFKDPETGK TCLLKAMLNL HNGQNDTIAL LLDVARKTDS LKQFVNASY TDSYYKGQTA LHIAIERRNM TLVTLLVENG ADVQAAANGD FFKKTKGRPG FYFGELPLSL AACTNQLAIV K FLLQNSWQ PADISARDSV GNTVLHALVE VADNTVDNTK FVTSMYNEIL ILGAKLHPTL KLEEITNRKG LTPLALAASS GK IGVLAYI LQREIHEPEC RHLSRKFTEW AYGPVHSSLY DLSCIDTCEK NSVLEVIAYS SSETPNRHDM LLVEPLNRLL QDK WDRFVK RIFYFNFFVY CLYMIIFTAA AYYRPVEGLP PYKLKNTVGD YFRVTGEILS VSGGVYFFFR GIQYFLQRRP SLKS LFVDS YSEILFFVQS LFMLVSVVLY FSQRKEYVAS MVFSLAMGWT NMLYYTRGFQ QMGIYAVMIE KMILRDLCRF MFVYL VFLF GFSTAVVTLI EDGKYNSLYS TCLELFKFTI GMGDLEFTEN YDFKAVFIIL LLAYVILTYI LLLNMLIALM GETVNK IAQ ESKNIWKLQR AITILDTEKS FLKCMRKAFR SGKLLQVGFT PDGKDDYRWC FRVDEVNWTT WNTNVGIINE DPG |
-分子 #2: Tau-theraphotoxin-Hs1a
分子 | 名称: Tau-theraphotoxin-Hs1a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.552988 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DCAKEGEVCS WGKKCCDLDN FYCPMEFIPH CKKYKPYVPV TTNCAKEGEV CGWGSKCCHG LDCPLAFIPY CEKYR |
-分子 #3: (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)meth...
分子 | 名称: (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 6O8 |
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分子量 | 理論値: 440.489 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6O8: |
-分子 #4: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoylo...
分子 | 名称: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: 6OE |
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分子量 | 理論値: 411.428 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6OE: |
-分子 #5: resiniferatoxin
分子 | 名称: resiniferatoxin / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 6EU |
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分子量 | 理論値: 628.708 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6EU: |
-分子 #6: (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy...
分子 | 名称: (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: 6O9 |
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分子量 | 理論値: 341.295 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6O9: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 290.0 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
詳細 | Grid screening was performed manually. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 5 frames per second for 6 seconds. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.7 µm / 倍率(補正後): 41132 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |