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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5778 | |||||||||
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タイトル | Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy | |||||||||
マップデータ | Structure of the capsaicin receptor, TRPV1. This map is direct output from RELION without sharpening using a negative temperature factor. The map was normalized using the program MAPMAN. | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRPV1 channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / TRP channels ...temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to temperature stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / TRP channels / cellular response to acidic pH / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / thermoception / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / glutamate secretion / negative regulation of systemic arterial blood pressure / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / response to pH / monoatomic cation transmembrane transporter activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to ATP / negative regulation of heart rate / temperature homeostasis / response to pain / cellular response to alkaloid / behavioral response to pain / diet induced thermogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / ligand-gated monoatomic ion channel activity / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / sensory perception of pain / : / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / calcium ion transmembrane transport / phosphoprotein binding / microglial cell activation / calcium channel activity / lipid metabolic process / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / transmembrane signaling receptor activity / calcium ion transport / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to heat / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.275 Å | |||||||||
データ登録者 | Liao M / Cao E / Julius D / Cheng Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Structure of the TRPV1 ion channel determined by electron cryo-microscopy. 著者: Maofu Liao / Erhu Cao / David Julius / Yifan Cheng / 要旨: Transient receptor potential (TRP) channels are sensors for a wide range of cellular and environmental signals, but elucidating how these channels respond to physical and chemical stimuli has been ...Transient receptor potential (TRP) channels are sensors for a wide range of cellular and environmental signals, but elucidating how these channels respond to physical and chemical stimuli has been hampered by a lack of detailed structural information. Here we exploit advances in electron cryo-microscopy to determine the structure of a mammalian TRP channel, TRPV1, at 3.4 Å resolution, breaking the side-chain resolution barrier for membrane proteins without crystallization. Like voltage-gated channels, TRPV1 exhibits four-fold symmetry around a central ion pathway formed by transmembrane segments 5-6 (S5-S6) and the intervening pore loop, which is flanked by S1-S4 voltage-sensor-like domains. TRPV1 has a wide extracellular 'mouth' with a short selectivity filter. The conserved 'TRP domain' interacts with the S4-S5 linker, consistent with its contribution to allosteric modulation. Subunit organization is facilitated by interactions among cytoplasmic domains, including amino-terminal ankyrin repeats. These observations provide a structural blueprint for understanding unique aspects of TRP channel function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5778.map.gz | 46.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5778-v30.xml emd-5778.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5778_1.jpg | 141.1 KB | ||
その他 | emd_5778_additional_1.map.gz emd_5778_additional_2.map.gz emd_5778_additional_3.map.gz emd_5778_half_map_1.map.gz emd_5778_half_map_2.map.gz | 45.8 MB 5.7 MB 60.2 MB 45.8 MB 45.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5778 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5778_validation.pdf.gz | 352.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5778_full_validation.pdf.gz | 352.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5778_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5778 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3j5pMC 3j9jM M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10005 (タイトル: TRPV1 dataset taken on a K2 direct electron detector Data size: 6.3 TB / Data #1: TRPV1 picked particles [tilt series] Data #2: TRPV1 raw multi-frame micrographs [micrographs - multiframe] Data #3: TRPV1 summed frame micrographs [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the capsaicin receptor, TRPV1. This map is direct output from RELION without sharpening using a negative temperature factor. The map was normalized using the program MAPMAN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 5778 additional 1.map
ファイル | emd_5778_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 5778 additional 2.map
ファイル | emd_5778_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 5778 additional 3.map
ファイル | emd_5778_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 5778 half map 1.map
ファイル | emd_5778_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 5778 half map 2.map
ファイル | emd_5778_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rat TRPV1
全体 | 名称: Rat TRPV1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rat TRPV1
超分子 | 名称: Rat TRPV1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: TRPV1
分子 | 名称: TRPV1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Functional minimal construct containing residues 110-603 and 627-764. コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat / 細胞中の位置: Plasma membrane |
分子量 | 実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI / 組換プラスミド: pFastBac1 |
配列 | UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 6 sec |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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詳細 | Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods. |
日付 | 2013年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 946 / 平均電子線量: 21 e/Å2 詳細: Every image is the average of 30 frames recorded using the K2 Summit. The final reconstruction was calculated from images averaged from frames #3-#16. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 31000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cooled to Liquid Nitrogen temperature / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.275 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 35645 |