+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30084 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film | |||||||||||||||
マップデータ | Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | Apoferritin heavy chain / Homo sapiens / METAL TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Huang X / Zhang L | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Prog Biophys Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Amorphous nickel titanium alloy film: A new choice for cryo electron microscopy sample preparation. 著者: Xiaojun Huang / Lei Zhang / Zuoling Wen / Hui Chen / Shuoguo Li / Gang Ji / Chang-Cheng Yin / Fei Sun / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryoEM) has become one of the most important approach for structural biology. However, barriers are still there for an increased successful rate, a better resolution and ...Cryo-electron microscopy (cryoEM) has become one of the most important approach for structural biology. However, barriers are still there for an increased successful rate, a better resolution and improved efficiency from sample preparation, data collection to image processing. CryoEM sample preparation is one of the bottlenecks with many efforts made recently, including the optimization of supporting substrate (e.g. ultra-thin carbon, graphene, pure gold, 2d crystal of streptavidin, and affinity modification), which was aimed to solve air-water interface problem, or reduce beam induced motion (BIM), or change particle distribution in the grid hole. Here, we report another effort of developing a new supporting substrate, the amorphous nickel-titanium alloy (ANTA) film, for cryoEM sample preparation as a layer of holey supporting film covering on TEM grid. Our investigations showed advantages of ANTA film in comparison with conventional carbon film, including much better electron conductivity and trace non-specific interaction with protein. These advantages yield less BIM and significantly improved particle distribution during cryoEM experiment of human apo-ferritn, thus resulting an improved reconstruction resolution from a reduced number of micrographs and particles. Unlike the pure gold film, the usage of the ANTA film is just same with the carbon film, compatible to conventional automatic cryoEM data collection procedure. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30084.map.gz | 14.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30084-v30.xml emd-30084.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30084_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30084.png | 250.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30084.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30084 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30084_validation.pdf.gz | 409.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30084_full_validation.pdf.gz | 409.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30084_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30084_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30084 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6m54MC 6m52C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10386 (タイトル: Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film Data size: 134.5 Data #1: Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Human apo ferritin frozen on TEM grid with Amorphous nickel titanium alloy supporting film | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : apoferritin heavy chain, 24 homologous polymer
全体 | 名称: apoferritin heavy chain, 24 homologous polymer |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: apoferritin heavy chain, 24 homologous polymer
超分子 | 名称: apoferritin heavy chain, 24 homologous polymer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: frozen on TEM grid with amorphous nickel titanium alloy supporting film |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-分子 #1: Ferritin heavy chain
分子 | 名称: Ferritin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.255656 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTTASTSQVR QNYHQDSEAA INRQINLELY ASYVYLSMSY YFDRDDVALK NFAKYFLHQS HEEREHAEKL MKLQNQRGGR IFLQDIKKP DCDDWESGLN AMECALHLEK NVNQSLLELH KLATDKNDPH LCDFIETHYL NEQVKAIKEL GDHVTNLRKM G APESGLAE YLFDKHTLGD SDNES UniProtKB: Ferritin heavy chain |
-分子 #2: FE (II) ION
分子 | 名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: FE2 |
---|---|
分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.3 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 25 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |