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万見
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基本情報

登録情報データベース: PDB化学物質要素 / ID: ROC
名称名称: (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1
別称: Fortovase; SAQUINAVIR; RO 31-8959 / 日化辞名称: サキナビル
コメント薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM

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BIRD information

タイプペプチド様 / 阻害剤
ダウンロードMolecular definition / Chemical definition / Family definition
別称
  • (2S)-N~1~ -{(1S,2R)-1-Benzyl-3-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octah ydroisochinolin-2(1H)-yl]-2-hydroxypropyl}-2-[(chinolin-2-ylcar bonyl)amino]butandiamid (ChemSpider)
  • (2S)-N~1~ -{(1S,2R)-1-benzyl-3-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octah ydroisoquinolin-2(1H)-yl]-2-hydroxypropyl}-2-[(quinolin-2-ylcar bonyl)amino]butanediamide (ChemSpider)
  • (2S)-N~1~ -{(1S,2R)-1-benzyl-3-[(3S,4aS,8aS)-3-[(1,1-dimthylthyl)carbam oyl]octahydroisoquinolin-2(1H)-yl]-2-hydroxypropyl}-2-[(quinol in-2-ylcarbonyl)amino]butanediamide (ChemSpider)
  • (S)-N%1&-[(1S,2R)-1-Benzyl-3-((3S,4aS,8aS)-3-tert-butylcarbamoyl-octahydro-isoquinolin-2-yl)-2-hydroxy-propyl]-2-[(quinoline-2-carbonyl)-amino]-succinamide (Beilstein)
  • (S)-N-[(a S)-a-[(1R)-2-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydro-2(1 H)-isoquinolyl]-1-hydroxyethyl]phenethyl]-2-quinaldamidosuccina midecarbonyl)amino]butanediamide (ChemSpider)
  • (S)-N-[(alphaS)-alpha-[(1R)-2-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-Butylcarbamoyl)octahydro-2(1H)-isoquinolyl]-1-hydroxyethyl] phenethyl]-2-quinaldamidosuccinamide (Scifinder)
  • (S)-N-[(alphaS)-alpha-[(1R)-2-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydro-2(1H)-isoquinolyl]-1-hydroxyethyl] phenethyl]-2-quinaldamido succinamide (Merck)
  • (S)-N-[(alphaS)-alpha-[(1R)-2-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydro-2(1H)-isoquinolyl]-1-hydroxyethyl] phenethyl]-2-quinaldamidosuccinamide (ChemBank)
  • (S)-N-[(alphaS)-alpha-[(1R)-2-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydro-2(1H)-isoquinolyl]-1-hydroxyethyl] phenethyl]-2-quinaldamidosuccinamide monomethanesulfonate (salt) (ChemBank)
  • 2S)-N1[(1S,2R)-3-[(3S,4aS,8aS)-3-[[(1,1-Dimethylethyl)amino]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoquinolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-[(2-quinolinylcarbonyl)amino]butanediamide (Merck)
  • Butanediamide, N1-((1S,2R)-3-((3S,4aS,8aS)-3-(((1,1-dimethylethyl)amino)carbonyl)octahydro-2(1H)-isoquinolinyl)-2-hydroxy-1-(phenylmeth yl)propyl)-2-((2-quinolinylcarbonyl)amino)-, (2S)-e (ChemSpider)
  • Butanediamide, N1-[(1S,2R)-3-[(3S,4aS,8aS)-3-[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoquinolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-[(2-quinolinylcarbonyl)amino]-, (2S)- (Scifinder)
  • Butanediamide, N1-[3-[3-[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoquinolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-[(2-quinolinylcarbonyl)amino]-, [3S-[2[1R*(R*),2S*],3alpha,4alpha beta,8alpha beta]]- (Scifinder)
  • Fortovase (PDB, Scifinder, Beilstein, KEGG, DrugBank, PubChem)
  • Invirase (DrugBank, ChemBank)
  • L-aspartamide, N~1~-[(1S,2R)-3-[(3S,4aS,8aS)-3-[[(1,1-dimethylethyl)amin o]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoquinolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-N~2~-(2-quinolinylcarbonyl)-)-, (2S)-e (ChemSpider)
  • N-tert-Bu tyldecahydro-2-[2(R)-hydroxy-4-phenyl-3(S)-[[N-(2-quinolylcarbonyl)-L-asparaginyl]amino]butyl](4aS,8aS)-isoquinoline-3(S)-carboxamidespartamide-(2-quinolinylcarbonyl)-)-, (2S)-e (ChemSpider)
  • N-tert-butyldecahydro-2-[2(R)-hydroxy-4-phenyl-3(S)-[[N-(2-quinolylcarbonyl)-L-asparaginyl]amino]butyl](4aS,8aS)-isoquinoline-3(S)-carboxamide (Merck)
  • N~1~-{(1R,2R)-1-benzyl-3-[(3S,4aR,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydroisoquinolin-2(1H)-yl]-2-hydroxypropyl}-N~2~-(quinolin-2-ylcarbonyl)-D-aspartamide (ChemBank)
  • N~1~-{(1S ,2R)-1-benzyl-3-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydroisoquinolin-2(1H)-yl]-2-hydroxypropyl}-N~2~-(quinolin-2-ylcarbon yl)-L-aspartamide-(2-quinolinylcarbonyl)-)-, (2S)-e (ChemSpider)
  • N~1~-{1-benzyl-3-[3-(tert-butylcarbamoyl)octahydroisoquinolin-2(1H)-yl]-2-hydroxypropyl}-N~2~-(quinolin-2-ylcarbonyl)aspartamide (ChemBank)
  • ROC (DrugBank)
  • Ro 31-8959 (Scifinder, Beilstein)
  • Ro 31-8959/000 (Beilstein)
  • Ro-31-8959 (Merck, Beilstein)
  • Ro31-8959 (Beilstein)
  • Ro318959 (Beilstein)
  • SAQUINAVIR (eMolecules)
  • SQV (DrugBank)
  • Saquinavir (Scifinder, KEGG, PubChem, eMolecules)
  • Saquinavir Mesylate (DrugBank)
  • Saquinavir, Mesylate (eMolecules)
  • Saquinavir-d9 (eMolecules)
  • Sch 52852 (Scifinder)
  • Sequinavir (Scifinder)
  • [3S-[2[1R *(R*),2S*],3a,4ab,8ab]]-N1[3-[3-[[(1,1-Dimethylethyl)amino]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoqu inolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-[(2-quinolinylcar bonyl)amino]butanediamide (ChemSpider)
  • butanediamide,N1-[3-[3-[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoquinolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-[(2-quinolinylcarbonyl)amino]-,[3S-[2[1R*(R*) ,2S*],3alpha,4abeta,8abeta]]- (ChemBank)
  • butanediamide,N1-[3-[3-[[(1,1-dimethylethyl)amino]carbonyl]octahydro-2(1H)-isoquinolinyl]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-[(2-quinolinylcarbonyl)amino]-,[3S-[2[1R*(R*),2S*],3alpha,4abeta,8abeta]]-, monomethanesulfonate (salt) (ChemBank)
  • saquinavir (Beilstein, DrugBank, ChemBank, eMolecules)
  • saquinavir mesilate (ChemBank)
  • saquinavir mesylate (ChemBank)
Annotation
  • 分子機能: Inhibitor of HIV-1 PROTEASE, EC: 3.4.23.16EC: Inhibitor of HIV-1 PROTEASE, EC: 3.4.23.16 / 情報源: PubMed: 1956054
  • 分子機能: Antiviral activity [HIV protease inhibitor] / 情報源: KEGG
  • 分子機能: protease inhibitor with activity against Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) / 情報源: DrugBank
  • 分子機能: antiretroviral drug used in HIV therapy. It falls in the protease inhibitor class. / 情報源: Wikipedia
  • 分子機能: An HIV protease inhibitor which acts as an analog of an HIV protease cleavage site. It is a highly specific inhibitor of HIV-1 and HIV-2 proteases. (Description, from PubChem) / 情報源: DrugBank
  • Pharmacological action: Saquinavir is a protease inhibitor with activity against Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1). Protease inhibitors block the part of HIV called protease. HIV-1 protease is an enzyme required for the proteolytic cleavage of the viral polyprotein precursors into the individual functional proteins found in infectious HIV-1. Saquinavir binds to the protease active site and inhibits the activity of the enzyme. This inhibition prevents cleavage of the viral polyproteins resulting in the formation of immature non-infectious viral particles. Protease inhibitors are almost always used in combination with at least two other anti-HIV drugs. (Pharmacodynamics) / 情報源: DrugBank
  • 作用機序: Saquinavir inhibits the HIV viral proteinase enzyme which prevents cleavage of the gag-pol polyprotein, resulting in noninfectious, immature viral particles. (Mechanism of action) / 情報源: DrugBank
External info
FamilySAQUINAVIR

Saquinavir

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Chemical information

組成
組成式: C38H50N6O5 / 原子数: 99 / 化学式量: 670.841 / 形式電荷: 0
その他

1hxb

QNC

ASN

HP0

NTB

タイプ: peptide-like / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: ROC / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 1HXB / モデル座標の詳細: not provided / 子要素: QNC, ASN, HP0, NTB
履歴
Other modification2000年1月4日
Other modification2010年10月17日
aromatic_flag"を修正2011年6月4日
記述子を修正2011年6月4日
Other modification2011年11月15日
Modify synonyms2020年6月5日
Modify synonyms2020年7月2日
Other modification2020年8月12日
外部リンクUniChem / ChemSpider / BindingDB / Brenda / ChEBI / ChEMBL / ChemicalBook / CompTox / DailyMed / DrugBank / GtoPharmacology / 日化辞 / PubChem / PubChem_TPharma / SureChEMBL / ZINC / Wikipedia search / Google search

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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詳細

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SMILES

ACDLabs 12.01O=C(N)CC(NC(=O)c1nc2c(cc1)cccc2)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(O)CN5C(C(=O)NC(C)(C)C)CC4C(CCCC4)C5
CACTVS 3.370CC(C)(C)NC(=O)[CH]1C[CH]2CCCC[CH]2CN1C[CH](O)[CH](Cc3ccccc3)NC(=O)[CH](CC(N)=O)NC(=O)c4ccc5ccccc5n4
OpenEye OEToolkits 1.7.0CC(C)(C)NC(=O)C1CC2CCCCC2CN1CC(C(Cc3ccccc3)NC(=O)C(CC(=O)N)NC(=O)c4ccc5ccccc5n4)O

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SMILES CANONICAL

CACTVS 3.370CC(C)(C)NC(=O)[C@@H]1C[C@@H]2CCCC[C@@H]2CN1C[C@@H](O)[C@H](Cc3ccccc3)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)c4ccc5ccccc5n4
OpenEye OEToolkits 1.7.0CC(C)(C)NC(=O)[C@@H]1C[C@@H]2CCCC[C@@H]2C[N@]1C[C@H]([C@H](Cc3ccccc3)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)c4ccc5ccccc5n4)O

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InChI

InChI 1.03InChI=1S/C38H50N6O5/c1-38(2,3)43-37(49)32-20-26-14-7-8-15-27(26)22-44(32)23-33(45)30(19-24-11-5-4-6-12-24)41-36(48)31(21-34(39)46)42-35(47)29-18-17-25-13-9-10-16-28(25)40-29/h4-6,9-13,16-18,26-27,30-33,45H,7-8,14-15,19-23H2,1-3H3,(H2,39,46)(H,41,48)(H,42,47)(H,43,49)/t26-,27+,30-,31-,32-,33+/m0/s1

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InChIKey

InChI 1.03QWAXKHKRTORLEM-UGJKXSETSA-N

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SYSTEMATIC NAME

ACDLabs 12.01N~1~-{(2S,3R)-4-[(3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)octahydroisoquinolin-2(1H)-yl]-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl}-N~2~-(quinolin-2-ylcarbonyl)-L-aspartamide
OpenEye OEToolkits 1.7.0(2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1-phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide

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PDBエントリ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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