ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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AMoRE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SE-MET STRUCTURE OF THE SAME PROTEIN SOLVED BY MAD PHASING FROM A FOUR-WAVELENGTH MAD DATASET COLLECTED AT CHESS F2 BEAMLINE (UNPUBLISHED DATA) 解像度: 1.9→15.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1423020.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.275 | 1352 | 10.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.219 | - | - | - |
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all | 0.24 | 14639 | - | - |
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obs | 0.219 | 13175 | 90 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.57 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 11.72 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.48 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -8.24 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.31 Å | 0.24 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.27 Å | 0.36 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1534 | 0 | 0 | 91 | 1625 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d20 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.98 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.339 | 181 | 9.4 % |
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Rwork | 0.304 | 1754 | - |
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obs | - | 1965 | 81.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.3 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg20 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.98 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.339 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.304 |
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