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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7whp | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Pentameric turret of Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus after spike detaches. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Structural protein VP3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Capping enzyme | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / Reovirus VP3 protein, guanylyltransferase (GTase) / Reovirus turret protein, bridge domain / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 1 / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 2 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Cui, Y. / Sun, J. / Zhou, Z.H. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 10件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Multiple conformations of trimeric spikes visualized on a non-enveloped virus. 著者: Yinong Zhang / Yanxiang Cui / Jingchen Sun / Z Hong Zhou / 要旨: Many viruses utilize trimeric spikes to gain entry into host cells. However, without in situ structures of these trimeric spikes, a full understanding of this dynamic and essential process of viral ...Many viruses utilize trimeric spikes to gain entry into host cells. However, without in situ structures of these trimeric spikes, a full understanding of this dynamic and essential process of viral infections is not possible. Here we present four in situ and one isolated cryoEM structures of the trimeric spike of the cytoplasmic polyhedrosis virus, a member of the non-enveloped Reoviridae family and a virus historically used as a model in the discoveries of RNA transcription and capping. These structures adopt two drastically different conformations, closed spike and opened spike, which respectively represent the penetration-inactive and penetration-active states. Each spike monomer has four domains: N-terminal, body, claw, and C-terminal. From closed to opened state, the RGD motif-containing C-terminal domain is freed to bind integrins, and the claw domain rotates to expose and project its membrane insertion loops into the cellular membrane. Comparison between turret vertices before and after detachment of the trimeric spike shows that the trimeric spike anchors its N-terminal domain in the iris of the pentameric RNA-capping turret. Sensing of cytosolic S-adenosylmethionine (SAM) and adenosine triphosphate (ATP) by the turret triggers a cascade of events: opening of the iris, detachment of the spike, and initiation of endogenous transcription. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7whp.cif.gz | 376.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7whp.ent.gz | 304.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7whp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/7whp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/7whp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120145.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q914N6 #2: 化合物 | ChemComp-SAM / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Bombyx mori | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3152 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JB3 PDB chain-ID: A / Accession code: 3JB3 / Pdb chain residue range: 1-1057 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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