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- PDB-7shf: Cryo-EM structure of GPR158 coupled to the RGS7-Gbeta5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7shf
タイトルCryo-EM structure of GPR158 coupled to the RGS7-Gbeta5 complex
要素
  • G-protein coupled receptor 158
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
  • Isoform 2 of Regulator of G-protein signaling 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled glycine receptor activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK ...G protein-coupled glycine receptor activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / dark adaptation / light adaption / G-protein gamma-subunit binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / G-protein activation / G alpha (s) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / rod photoreceptor outer segment / GPER1 signaling / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cell tip / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of neurotransmitter secretion / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of synapse organization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / G-protein alpha-subunit binding / photoreceptor inner segment / positive regulation of GTPase activity / response to amphetamine / GTPase activator activity / enzyme activator activity / protein localization to plasma membrane / cell projection / postsynaptic density membrane / brain development / cognition / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / G-protein beta-subunit binding / myelin sheath / presynapse / protein-folding chaperone binding / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / response to ethanol / postsynaptic membrane / neuron projection / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / dendrite / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / G-protein coupled receptor 158/179 / : / : / : / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / GPR158/179 extracellular domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin ...Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / G-protein coupled receptor 158/179 / : / : / : / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / GPR158/179 extracellular domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-EIJ / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Regulator of G-protein signaling 7 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / Metabotropic glycine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Patil, D.N. / Singh, S. / Singh, A.K. / Martemyanov, K.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of human GPR158 receptor coupled to the RGS7-Gβ5 signaling complex.
著者: Dipak N Patil / Shikha Singh / Thibaut Laboute / Timothy S Strutzenberg / Xingyu Qiu / Di Wu / Scott J Novick / Carol V Robinson / Patrick R Griffin / John F Hunt / Tina Izard / Appu K Singh ...著者: Dipak N Patil / Shikha Singh / Thibaut Laboute / Timothy S Strutzenberg / Xingyu Qiu / Di Wu / Scott J Novick / Carol V Robinson / Patrick R Griffin / John F Hunt / Tina Izard / Appu K Singh / Kirill A Martemyanov /
要旨: GPR158 is an orphan G protein–coupled receptor (GPCR) highly expressed in the brain, where it controls synapse formation and function. GPR158 has also been implicated in depression, carcinogenesis, ...GPR158 is an orphan G protein–coupled receptor (GPCR) highly expressed in the brain, where it controls synapse formation and function. GPR158 has also been implicated in depression, carcinogenesis, and cognition. However, the structural organization and signaling mechanisms of GPR158 are largely unknown. We used single-particle cryo–electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of human GPR158 alone and bound to an RGS signaling complex. The structures reveal a homodimeric organization stabilized by a pair of phospholipids and the presence of an extracellular Cache domain, an unusual ligand-binding domain in GPCRs. We further demonstrate the structural basis of GPR158 coupling to RGS7-Gβ5. Together, these results provide insights into the unusual biology of orphan receptors and the formation of GPCR-RGS complexes.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年12月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Data processing / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / em_ctf_correction / em_imaging / em_single_particle_entity / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct / struct_asym / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_ctf_correction.type / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _em_software.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct.title / _struct_asym.entity_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Isoform 2 of Regulator of G-protein signaling 7
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
B: G-protein coupled receptor 158
A: G-protein coupled receptor 158
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,18128
ポリマ－270,0444
非ポリマー10,13824
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 CDBA

#1: タンパク質 Isoform 2 of Regulator of G-protein signaling 7 / RGS7


分子量: 54761.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49802
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / Gbeta5 / Transducin beta chain 5


分子量: 38778.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnb5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62881
#3: タンパク質 G-protein coupled receptor 158 / GPR


分子量: 88251.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPR158, KIAA1136 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T848

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非ポリマー , 3種, 24分子

#4: 化合物...
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-EIJ / (2S)-1-{[(S)-hydroxy{[(1s,2R,3R,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,14E)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate


分子量: 887.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#6: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPCR complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.270 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151954 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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