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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xqn | |||||||||
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タイトル | Structure of a mitochondrial calcium uniporter holocomplex (MICU1, MICU2, MCU, EMRE) in low Ca2+ | |||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN/CALCIUM BINDING PROTEIN / ion channel / calcium channel / mitochondrial calcium uniporter / MCU / EMRE / mitochondria / TRANSPORT PROTEIN-CALCIUM BINDING PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniporter activity / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport ...mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniporter activity / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium ion sensor activity / cellular response to calcium ion starvation / calcium ion import / calcium channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / cellular response to calcium ion / mitochondrial membrane / defense response / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / calcium channel activity / mitochondrial inner membrane / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Long, S.B. / Wang, C. / Baradaran, R. / Jacewicz, A. / Delgado, B. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures reveal gatekeeping of the mitochondrial Ca uniporter by MICU1-MICU2. 著者: Chongyuan Wang / Agata Jacewicz / Bryce D Delgado / Rozbeh Baradaran / Stephen Barstow Long / ![]() 要旨: The mitochondrial calcium uniporter is a Ca-gated ion channel complex that controls mitochondrial Ca entry and regulates cell metabolism. MCU and EMRE form the channel while Ca-dependent regulation ...The mitochondrial calcium uniporter is a Ca-gated ion channel complex that controls mitochondrial Ca entry and regulates cell metabolism. MCU and EMRE form the channel while Ca-dependent regulation is conferred by MICU1 and MICU2 through an enigmatic process. We present a cryo-EM structure of an MCU-EMRE-MICU1-MICU2 holocomplex comprising MCU and EMRE subunits from the beetle Tribolium castaneum in complex with a human MICU1-MICU2 heterodimer at 3.3 Å resolution. With analogy to how neuronal channels are blocked by protein toxins, a uniporter interaction domain on MICU1 binds to a channel receptor site comprising MCU and EMRE subunits to inhibit ion flow under resting Ca conditions. A Ca-bound structure of MICU1-MICU2 at 3.1 Å resolution indicates how Ca-dependent changes enable dynamic response to cytosolic Ca signals. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7372.190 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TcasGA2_TC012057 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 23634.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TcasGA2_TC013837 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 45422.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 44980.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: 化合物 | ChemComp-CA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 2 second blot, blot force of 0 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 21115 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 17440131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 350160 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 124 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |