[日本語] English
万見
- PDB-3rlf: Crystal structure of the maltose-binding protein/maltose transpor... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rlf
タイトルCrystal structure of the maltose-binding protein/maltose transporter complex in an outward-facing conformation bound to MgAMPPNP
要素
  • (Maltose transport system permease protein ...) x 2
  • Maltose-binding periplasmic protein
  • Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / integral membrane protein / ATPase / ABC transporter / membrane / transmembrane / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor binding / periplasmic space / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain ...MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / MetI-like fold / MetI-like / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / : / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Nucleic acid-binding proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Periplasmic binding protein-like II / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-PGV / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oldham, M.L. / Chen, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Snapshots of the maltose transporter during ATP hydrolysis.
著者: Oldham, M.L. / Chen, J.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Maltose-binding periplasmic protein
F: Maltose transport system permease protein malF
G: Maltose transport system permease protein malG
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,46215
ポリマ－215,5675
非ポリマー4,89610
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28580 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area75560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.098, 95.812, 109.983
Angle α, β, γ (deg.)86.70, 82.68, 76.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 EAB

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 41898.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAR1000 / 参照: UniProt: P0AEX9
#4: タンパク質 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK


分子量: 42184.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malK, b4035, JW3995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAR1000 / 参照: UniProt: P68187, EC: 3.6.3.19

-
Maltose transport system permease protein ... , 2種, 2分子 FG

#2: タンパク質 Maltose transport system permease protein malF


分子量: 57052.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malF, b4033, JW3993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAR1000 / 参照: UniProt: P02916
#3: タンパク質 Maltose transport system permease protein malG


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malG, b4032, JW3992 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAR1000 / 参照: UniProt: P68183

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 348分子

#6: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE


分子量: 496.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 4000, 0.1M sodium hepes pH 7.5, 0.2M sodium chloride, 0.05M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 127961 / Num. obs: 127961 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 1.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 56.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R6G

2r6g


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 14.118 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25406 6209 5 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
all0.22481 117902 --
obs0.22481 117902 86.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.56 Å20.83 Å2
2---0.3 Å2-0.85 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14672 0 212 339 15223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02215267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.98120752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.53451900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76524.254630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.156152522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5991579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2521.59435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.482215211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.68535832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1494.55538
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 239 -
Rwork0.29 4396 -
obs--43.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41780.49030.06363.7677-0.07151.6734-0.0023-0.3798-0.16960.38290.02220.39750.4089-0.2228-0.01980.1889-0.0309-0.00720.27780.1460.214251.807-4.91815.817
21.31270.9257-0.59414.93040.72722.25130.0177-0.4311-0.12280.50280.1668-0.65210.18330.5706-0.18450.13660.0453-0.17380.39310.05910.312368.9833.82316.486
31.40330.31170.29173.19411.31912.8781-0.09370.0665-0.1345-0.2499-0.02430.09640.0181-0.14110.11790.1885-0.0454-0.0370.12070.07630.226756.882-17.891-12.177
45.94850.93930.28467.0140.53674.0534-0.26510.58020.0182-0.93190.04950.26550.3908-0.26690.21560.2905-0.11170.00360.23810.08250.190364.437-6.327-24.243
53.53262.4129-0.68565.9851-0.92282.7134-0.05090.1415-0.1143-0.466-0.0059-0.33730.20680.10180.05680.205-0.02690.00040.10730.00980.196663.704-15.071-16.954
61.89490.14-0.4912.6132-0.21081.53640.0760.0640.1861-0.3250.03870.0194-0.3107-0.0718-0.11470.201-0.0381-0.03630.15130.07950.168757.17321.193-3.573
73.1449-0.883-0.53932.08830.39011.09440.04370.11390.0486-0.1719-0.0157-0.2844-0.14910.0699-0.0280.1337-0.1160.00790.19150.07190.286673.29710.962-9.8
85.60523.6461-1.14734.9709-1.29282.6520.0544-0.3398-0.58630.0025-0.2312-1.15550.20830.74430.17680.03430.0342-0.0250.36620.07370.583690.463-2.136-8.016
91.4939-0.7068-1.5052.59561.3164.83160.12790.2778-0.21080.0036-0.37510.208-0.2776-0.68090.24720.08290.0247-0.0470.2825-0.00460.1423.87852.67964.68
104.1318-0.1921-1.39452.91410.72613.89590.63630.37450.3948-0.4363-0.59590.3048-1.647-1.1916-0.04041.00130.80290.01930.74670.06930.206115.42172.10340.316
110.8924-0.274-0.50980.91660.30993.87180.38220.20550.0637-0.0895-0.37030.0818-1.1616-1.017-0.01190.47290.36320.0230.43530.0050.171320.14964.87952.563
1211.348-9.6065-10.16039.1018.40814.0229-1.3242-1.84280.35591.73181.29020.23542.60311.28880.03391.5230.04430.6570.5222-0.07620.531437.68310.90555.285
130.7177-0.5195-1.55581.11631.24373.5097-0.10850.4-0.25740.1819-0.41890.3290.2596-0.81580.52740.0545-0.111-0.00320.3549-0.10220.287419.9440.58259.288
140.6715-0.7335-1.50791.25681.57383.42980.14150.5062-0.169-0.3667-0.51070.1912-0.3246-1.24710.36920.20120.1702-0.13210.7363-0.09420.244328.12541.03523.794
150.8151-1.1232-1.07122.45812.12974.1570.25050.00960.1757-0.2477-0.0286-0.3621-0.80420.0652-0.2220.2176-0.02620.02830.23630.07780.249945.76449.52636.328
164.19521.11342.12525.05026.194610.9563-0.07530.0704-0.59720.9013-0.47610.51451.3268-0.68980.55140.296-0.19860.18860.2438-0.06340.369230.38525.01244.497
170.4273-0.8637-1.11282.33422.54123.0614-0.00160.0029-0.03980.0489-0.08290.07910.0701-0.08920.08450.1667-0.0075-0.03290.24330.05940.221544.98232.27435.584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 94
2X-RAY DIFFRACTION1A1501
3X-RAY DIFFRACTION1A2501
4X-RAY DIFFRACTION2A95 - 194
5X-RAY DIFFRACTION3A195 - 291
6X-RAY DIFFRACTION4A292 - 329
7X-RAY DIFFRACTION5A330 - 372
8X-RAY DIFFRACTION6B2 - 167
9X-RAY DIFFRACTION6B1502
10X-RAY DIFFRACTION6B2502
11X-RAY DIFFRACTION7B168 - 248
12X-RAY DIFFRACTION8B249 - 372
13X-RAY DIFFRACTION9E1 - 114
14X-RAY DIFFRACTION10E115 - 216
15X-RAY DIFFRACTION11E217 - 374
16X-RAY DIFFRACTION11E5004
17X-RAY DIFFRACTION12F10 - 57
18X-RAY DIFFRACTION13F58 - 344
19X-RAY DIFFRACTION14F345 - 503
20X-RAY DIFFRACTION14F2000
21X-RAY DIFFRACTION14F4001
22X-RAY DIFFRACTION15G11 - 114
23X-RAY DIFFRACTION16G115 - 155
24X-RAY DIFFRACTION17G156 - 296
25X-RAY DIFFRACTION17F4002
26X-RAY DIFFRACTION17G4006
27X-RAY DIFFRACTION17G4009

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る