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- PDB-3puv: Crystal Structure of an outward-facing MBP-Maltose transporter co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3puv
タイトルCrystal Structure of an outward-facing MBP-Maltose transporter complex bound to ADP-VO4
要素
  • (Maltose transport system permease protein ...) x 2
  • Maltose-binding periplasmic protein
  • Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / ATP Binding Cassette / Nucleotide Binding Domain / Substrate Binding Protein / ABC Transporter / importer / ATPase / ATP binding / Maltodextrin binding / transmembrane integral membrane / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor binding / periplasmic space / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain ...MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / MetI-like fold / MetI-like / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / : / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Nucleic acid-binding proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Periplasmic binding protein-like II / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-PGV / VANADATE ION / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Oldham, M.L. / Chen, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Snapshots of the maltose transporter during ATP hydrolysis.
著者: Oldham, M.L. / Chen, J.
履歴
登録2010年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Maltose-binding periplasmic protein
F: Maltose transport system permease protein malF
G: Maltose transport system permease protein malG
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,75223
ポリマ－215,2905
非ポリマー9,46218
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34960 Å2
ΔGint-299 kcal/mol
Surface area76190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.786, 97.125, 112.791
Angle α, β, γ (deg.)85.58, 78.71, 72.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 EAB

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 41622.047 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4034, ECDH10B_4223, JW3994, malE / プラスミド: pJF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#4: タンパク質 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK


分子量: 42184.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4035, ECDH10B_4224, JW3995, malK / プラスミド: pKJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68187, EC: 3.6.3.19

-
Maltose transport system permease protein ... , 2種, 2分子 FG

#2: タンパク質 Maltose transport system permease protein malF


分子量: 57052.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4033, ECDH10B_4222, JW3993, malF / プラスミド: pFG23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02916
#3: タンパク質 Maltose transport system permease protein malG


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4032, ECDH10B_4221, JW3992, malG / プラスミド: pFG23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68183

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 197分子

#6: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 27% PEG 400, 0.1M HEPES, 10 mM magnesium chloride, 50 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97965 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 77414 / Num. obs: 77414 / % possible obs: 58.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 14.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2R6G

2r6g


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 24.152 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.619 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25335 4002 5 %RANDOM
Rwork0.22278 ---
obs0.2243 76178 63.22 %-
all-77414 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å2-1.8 Å2-0.67 Å2
2--1.13 Å21.29 Å2
3---1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14602 0 262 180 15044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02215234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9364.88420678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.23751885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82424.226627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.226152513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3481579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.22362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1821.59380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.345215120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.42135854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7234.55557
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 68 -
Rwork0.284 1217 -
obs--13.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.8942-1.8804-0.04927.2231.65176.59530.06560.4969-0.3610.4503-0.21830.8651.1021-0.46640.15270.7254-0.16070.17890.2640.00170.155-22.451-10.40117.164
21.28620.02480.82954.70581.88464.2789-0.0729-0.2458-0.08190.73640.06170.31420.9244-0.3180.01120.47880.06450.08380.19310.03140.0649-15.196-1.70921.739
30.91340.7823-1.44513.50.71894.0879-0.11-0.3854-0.08570.54210.3409-0.90040.70630.9482-0.23090.46880.2268-0.09350.4325-0.15470.39111.0523.5421
41.45540.00040.07656.52374.15935.02240.18640.1847-0.2209-0.481-0.20690.21990.2674-0.27360.02050.68190.09880.01470.0811-0.02920.0796-14.23-17.067-6.946
54.04652.9939-0.34297.7244-1.07235.59170.07250.5629-0.1614-1.51750.1172-0.46640.48880.4537-0.18971.42840.2160.23130.2813-0.13650.1786-7.119-11.572-16.527
613.37280.3202-0.78616.8527-1.80126.24640.2099-0.53361.1330.0823-0.0195-0.7638-0.19371.1064-0.19040.8635-0.01710.46270.2321-0.04920.65984.95927.653-0.896
73.6959-0.6578-1.12594.16630.67793.00340.21460.34760.402-0.9855-0.052-0.3204-0.3982-0.1065-0.16250.62450.06570.14390.14210.02620.0789-9.89517.159-2.367
84.89393.1699-0.95495.99-1.78921.58520.1550.2459-0.5932-0.7197-0.1445-1.93960.46391.0121-0.01050.92470.37080.43681.0111-0.3021.331419.255-4.69-4.409
91.32350.0901-0.67543.7149-0.29224.147-0.0454-0.0667-0.09930.3467-0.18490.2583-0.2938-0.56670.23030.4990.1366-0.0460.3094-0.22580.2151-43.91353.61868.525
103.69890.1059-0.75713.36510.32184.0048-0.11620.33520.3372-0.2542-0.10170.5779-1.3114-1.01210.21791.16410.6624-0.22410.4794-0.15250.3338-51.38672.78444.61
110.9481-0.2566-0.18332.16330.24623.15210.15060.07170.08670.0573-0.25830.2522-1.1283-0.71550.10770.80220.3531-0.07760.3314-0.2040.2202-47.20765.16457.358
1217.5817-6.2721-3.138110.15013.690610.9532-1.1475-1.7088-0.11162.30810.88490.69911.9630.4730.26261.43590.14250.41150.35370.00520.1335-30.29311.2560.345
130.6241-0.6922-1.33081.72981.61134.2563-0.22420.2445-0.2840.7243-0.43720.61520.6419-0.98250.66130.6081-0.18560.20960.3224-0.25210.3425-52.27637.91874.932
141.241-1.1622-1.13012.62571.49093.20250.06670.2909-0.0338-0.4634-0.3990.111-0.4324-0.61420.33230.41780.1667-0.12060.2756-0.11870.1198-36.69443.02727.904
151.0179-0.67-0.35853.45791.03763.68260.14160.02750.1225-0.1083-0.2436-0.096-0.463-0.03190.1020.17560.0486-0.00420.145-0.07620.2059-25.23144.14341.128
161.179-1.4758-1.02874.00282.74173.7417-0.0328-0.04410.0510.1033-0.0388-0.06760.17920.02210.07160.1980.0082-0.04610.1528-0.02080.1637-23.02531.83441.825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 94
3X-RAY DIFFRACTION2A1501
4X-RAY DIFFRACTION2A2501
5X-RAY DIFFRACTION2A3001
6X-RAY DIFFRACTION2A382 - 383
7X-RAY DIFFRACTION3A95 - 188
8X-RAY DIFFRACTION4A189 - 289
9X-RAY DIFFRACTION5A290 - 372
10X-RAY DIFFRACTION6B2 - 29
11X-RAY DIFFRACTION7B30 - 228
12X-RAY DIFFRACTION7B3002
13X-RAY DIFFRACTION7B2502
14X-RAY DIFFRACTION7B1502
15X-RAY DIFFRACTION7B382 - 383
16X-RAY DIFFRACTION8B229 - 369
17X-RAY DIFFRACTION9E1 - 118
18X-RAY DIFFRACTION10E119 - 218
19X-RAY DIFFRACTION11E219 - 374
20X-RAY DIFFRACTION11F5004
21X-RAY DIFFRACTION12F10 - 53
22X-RAY DIFFRACTION13F54 - 274
23X-RAY DIFFRACTION14F275 - 503
24X-RAY DIFFRACTION14F2000
25X-RAY DIFFRACTION14F4001
26X-RAY DIFFRACTION14F4010
27X-RAY DIFFRACTION15G9 - 145
28X-RAY DIFFRACTION16G146 - 296
29X-RAY DIFFRACTION16G4003 - 4009
30X-RAY DIFFRACTION16F4002 - 4008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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