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- PDB-7sfu: CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfu
タイトルCryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP
要素
  • Capsid protein
  • Spike glycoprotein E1
  • Spike glycoprotein E2
キーワードVIRUS / VLP / VEEV / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Binshtein, E. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2022
タイトル: Neutralizing antibodies protect mice against Venezuelan equine encephalitis virus aerosol challenge.
著者: Natasha M Kafai / Lauren E Williamson / Elad Binshtein / Soila Sukupolvi-Petty / Christina L Gardner / Jaclyn Liu / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Nurgun Kose / Robert H Carnahan / Ana Jung ...著者: Natasha M Kafai / Lauren E Williamson / Elad Binshtein / Soila Sukupolvi-Petty / Christina L Gardner / Jaclyn Liu / Samantha Mackin / Arthur S Kim / Nurgun Kose / Robert H Carnahan / Ana Jung / Lindsay Droit / Douglas S Reed / Scott A Handley / William B Klimstra / James E Crowe / Michael S Diamond /
要旨: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) remains a risk for epidemic emergence or use as an aerosolized bioweapon. To develop possible countermeasures, we isolated VEEV-specific neutralizing ...Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) remains a risk for epidemic emergence or use as an aerosolized bioweapon. To develop possible countermeasures, we isolated VEEV-specific neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) from mice and a human immunized with attenuated VEEV strains. Functional assays and epitope mapping established that potently inhibitory anti-VEEV mAbs bind distinct antigenic sites in the A or B domains of the E2 glycoprotein and block multiple steps in the viral replication cycle including attachment, fusion, and egress. A 3.2-Å cryo-electron microscopy reconstruction of VEEV virus-like particles bound by a human Fab suggests that antibody engagement of the B domain may result in cross-linking of neighboring spikes to prevent conformational requirements for viral fusion. Prophylaxis or postexposure therapy with these mAbs protected mice against lethal aerosol challenge with VEEV. Our study defines functional and structural mechanisms of mAb protection and suggests that multiple antigenic determinants on VEEV can be targeted for vaccine or antibody-based therapeutic development.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-25102
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein E1
B: Spike glycoprotein E2
C: Capsid protein
D: Spike glycoprotein E1
E: Spike glycoprotein E2
F: Capsid protein
G: Spike glycoprotein E1
H: Spike glycoprotein E2
I: Capsid protein
J: Spike glycoprotein E1
K: Spike glycoprotein E2
L: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,70124
ポリマ－453,04712
非ポリマー2,65412
水00
1
A: Spike glycoprotein E1
B: Spike glycoprotein E2
C: Capsid protein
D: Spike glycoprotein E1
E: Spike glycoprotein E2
F: Capsid protein
G: Spike glycoprotein E1
H: Spike glycoprotein E2
I: Capsid protein
J: Spike glycoprotein E1
K: Spike glycoprotein E2
L: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,342,0661440
ポリマ－27,182,796720
非ポリマー159,270720
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Spike glycoprotein E1
B: Spike glycoprotein E2
C: Capsid protein
D: Spike glycoprotein E1
E: Spike glycoprotein E2
F: Capsid protein
G: Spike glycoprotein E1
H: Spike glycoprotein E2
I: Capsid protein
J: Spike glycoprotein E1
K: Spike glycoprotein E2
L: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.28 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,278,506120
ポリマ－2,265,23360
非ポリマー13,27260
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Spike glycoprotein E1
B: Spike glycoprotein E2
C: Capsid protein
D: Spike glycoprotein E1
E: Spike glycoprotein E2
F: Capsid protein
G: Spike glycoprotein E1
H: Spike glycoprotein E2
I: Capsid protein
J: Spike glycoprotein E1
K: Spike glycoprotein E2
L: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.73 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,734,207144
ポリマ－2,718,28072
非ポリマー15,92772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Spike glycoprotein E1 / E1 envelope glycoprotein


分子量: 47952.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05674
#2: タンパク質
Spike glycoprotein E2 / E2 envelope glycoprotein


分子量: 47113.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05674
#3: タンパク質
Capsid protein / Coat protein / C


分子量: 18195.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
株: TC-83 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05674, togavirin
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K / 詳細: Lacey Carbon

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8.14 sec. / 電子線照射量: 40.05 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5939
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 13537
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7514 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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